Пакет: bali-phy (3.6.1+dfsg-2 и другие)

[ Источник: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Другие пакеты, относящиеся к bali-phy

• dep: libboost-chrono1.71.0 [x32]

  Пакет недоступен

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [не ia64, x32]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-filesystem1.71.0 [x32]

  Пакет недоступен

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [не ia64, x32]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-program-options1.71.0 [x32]

  Пакет недоступен

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [не ia64, x32]

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.71.0 [x32]

  Пакет недоступен

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [не ia64, x32]

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, ia64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  библиотека для двухмерной векторной графики Cairo

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64el, s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не alpha, ia64, x32]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• rec: gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  система статистических расчетов и построения графиков GNU R

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Загрузка bali-phy

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-2+b1	6 091,7 Кб	39 083,0 Кб	[список файлов]
amd64	3.6.1+dfsg-2+b1	6 382,7 Кб	37 532,0 Кб	[список файлов]
arm64	3.6.1+dfsg-2+b1	5 733,5 Кб	35 384,0 Кб	[список файлов]
armel	3.6.1+dfsg-2+b1	4 895,0 Кб	31 410,0 Кб	[список файлов]
armhf	3.6.1+dfsg-2+b1	4 485,1 Кб	23 018,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-2	6 090,5 Кб	36 336,0 Кб	[список файлов]
i386	3.6.1+dfsg-2+b1	6 163,5 Кб	36 222,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-1	9 006,8 Кб	69 870,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-2+b1	5 523,4 Кб	34 831,0 Кб	[список файлов]
mips64el	3.6.1+dfsg-2+b1	5 714,9 Кб	43 529,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-2+b1	5 936,4 Кб	42 892,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	3.6.1+dfsg-2+b1	6 244,1 Кб	41 282,0 Кб	[список файлов]
riscv64	3.6.1+dfsg-2+b3	6 366,5 Кб	30 588,0 Кб	[список файлов]
s390x	3.6.1+dfsg-2+b1	5 010,0 Кб	35 052,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	3.6.1+dfsg-2+b1	5 065,6 Кб	63 553,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	3.5.0.1+dfsg-1	5 788,7 Кб	33 442,0 Кб	[список файлов]