Paketti: bali-phy (3.6.1+dfsg-2 ja muut)

[ Source: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Muut pakettiin bali-phy liittyvät paketit

• dep: libboost-chrono1.71.0 [x32]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [ei ia64, x32]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-filesystem1.71.0 [x32]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [ei ia64, x32]

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-program-options1.71.0 [x32]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [ei ia64, x32]

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.71.0 [x32]

  Paketti ei saatavilla

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0) [ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [ei ia64, x32]

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo 2D vector graphics library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [ppc64el, s390x]

  GCC:n apukirjasto

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC:n apukirjasto

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ei alpha, ia64, x32]

  GNU standardi C++ -kirjasto, versio 3

  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R statistical computation and graphics system

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Imuroi bali-phy

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Versio	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	3.6.1+dfsg-2+b1	6,091.7 kt	39,083.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	3.6.1+dfsg-2+b1	6,382.7 kt	37,532.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	3.6.1+dfsg-2+b1	5,733.5 kt	35,384.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	3.6.1+dfsg-2+b1	4,895.0 kt	31,410.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	3.6.1+dfsg-2+b1	4,485.1 kt	23,018.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	3.6.1+dfsg-2	6,090.5 kt	36,336.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	3.6.1+dfsg-2+b1	6,163.5 kt	36,222.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	3.6.1+dfsg-1	9,006.8 kt	69,870.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	3.6.1+dfsg-2+b1	5,523.4 kt	34,831.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	3.6.1+dfsg-2+b1	5,714.9 kt	43,529.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	3.6.1+dfsg-2+b1	5,936.4 kt	42,892.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	3.6.1+dfsg-2+b1	6,244.1 kt	41,282.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	3.6.1+dfsg-2+b3	6,366.5 kt	30,588.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	3.6.1+dfsg-2+b1	5,010.0 kt	35,052.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	3.6.1+dfsg-2+b1	5,065.6 kt	63,553.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	3.5.0.1+dfsg-1	5,788.7 kt	33,442.0 kt	[tiedostoluettelo]