Пакет: bali-phy (4.0~beta16+dfsg-1 и другие)

[ Источник: bali-phy  ]

Экспериментальный пакет

Предупреждение: данный пакет находится в экспериментальной ветке дистрибутива. Это означает, что он нестабилен или содержит ошибки, и даже может вызвать потерю данных. Перед использованием внимательно прочитайте файл changelog и другую доступную документацию.

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Другие пакеты, относящиеся к bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [не armhf, ia64]

  C++ representation of time duration, time point, and clocks

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0) [не armhf, ia64]

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [не armhf, ia64]

  program options library for C++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [не armhf, ia64]

  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.34) [armhf]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [не armhf, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  библиотека для двухмерной векторной графики Cairo

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [не armhf, ia64]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [armhf, ia64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не armhf, ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  утилита для построения графиков с интерфейсом командной строки
  также виртуальный пакет, предоставляемый gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  система статистических расчетов и построения графиков GNU R

• sug: figtree

  graphical phylogenetic tree viewer

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

Загрузка bali-phy

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	4.0~beta16+dfsg-1	9 700,1 Кб	52 351,0 Кб	[список файлов]
arm64	4.0~beta16+dfsg-1	8 619,4 Кб	47 527,0 Кб	[список файлов]
armhf	4.0~beta2+dfsg-1	5 779,1 Кб	26 400,0 Кб	[список файлов]
i386	4.0~beta16+dfsg-1	9 147,2 Кб	50 652,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	4.0~beta2+dfsg-1	11 619,3 Кб	82 739,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	4.0~beta16+dfsg-1	7 741,1 Кб	44 869,0 Кб	[список файлов]
mips64el	4.0~beta16+dfsg-1	8 687,3 Кб	57 950,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	4.0~beta16+dfsg-1	9 475,9 Кб	55 642,0 Кб	[список файлов]
riscv64	4.0~beta16+dfsg-1	10 037,2 Кб	41 016,0 Кб	[список файлов]
s390x	4.0~beta16+dfsg-1	7 449,4 Кб	47 780,0 Кб	[список файлов]