Paket: bali-phy (3.6.1+dfsg-2 und andere)

[ Quellcode: bali-phy  ]

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

Andere Pakete mit Bezug zu bali-phy

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  Dateisystemoperationen (portable Pfade, Iterationen über Verzeichnisse, usw.) in C++

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0) [nicht ia64, x32]

  Dateisystemoperationen (portable Pfade, Iterationen über Verzeichnisse, usw.) in C++

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  C++-Bibliothek für Programmoptionen

• dep: libboost-random1.71.0 [x32]

  Paket nicht verfügbar

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  Boost Random Number Library

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  Boost Random Number Library

• dep: libc6 (>= 2.29) [x32]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  2D-Vektorgrafikbibliothek Cairo

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  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

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• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht alpha, ia64, x32]

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  dep: libstdc++6 (>= 14-20240221-2.1) [alpha]

  dep: libstdc++6 (>= 9) [ia64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

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  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  Kommandozeilengesteuertes, interaktives Plot-Programm
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R - ein System für statistische Berechnungen und Grafiken

• sug: figtree

  Grafischer Betrachter für phylogenetische Bäume

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

bali-phy herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-2+b1	6.091,7 kB	39.083,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	3.6.1+dfsg-2+b1	6.382,7 kB	37.532,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	3.6.1+dfsg-2+b1	5.733,5 kB	35.384,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	3.6.1+dfsg-2+b1	4.895,0 kB	31.410,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	3.6.1+dfsg-2+b1	4.485,1 kB	23.018,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-2	6.090,5 kB	36.336,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	3.6.1+dfsg-2+b1	6.163,5 kB	36.222,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-1	9.006,8 kB	69.870,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-2+b1	5.523,4 kB	34.831,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	3.6.1+dfsg-2+b1	5.714,9 kB	43.529,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-2+b1	5.936,4 kB	42.892,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	3.6.1+dfsg-2+b1	6.244,1 kB	41.282,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	3.6.1+dfsg-2+b3	6.366,5 kB	30.588,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	3.6.1+dfsg-2+b1	5.010,0 kB	35.052,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	3.6.1+dfsg-2+b1	5.065,6 kB	63.553,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	3.5.0.1+dfsg-1	5.788,7 kB	33.442,0 kB	[Liste der Dateien]