Пакунок: flye (2.9.6+dfsg-2 and others)

[ Source: flye  ]

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads, such as those produced by PacBio and Oxford Nanopore Technologies. It is designed for a wide range of datasets, from small bacterial projects to large mammalian-scale assemblies. The package represents a complete pipeline: it takes raw PacBio / ONT reads as input and outputs polished contigs. Flye also has a special mode for metagenome assembly.

Інші пакунки пов'язані з flye

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, ia64, riscv64]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [not ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-six [ia64]

  Python 2 and 3 compatibility library

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити flye

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	2.9.6+dfsg-2	22,602.3 kB	36,991.0 kB	[список файлів]
amd64	2.9.6+dfsg-2	22,652.5 kB	36,901.0 kB	[список файлів]
arm64	2.9.6+dfsg-2+b1	22,573.4 kB	36,733.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	2.9.3+dfsg2-1	22,763.6 kB	38,428.0 kB	[список файлів]
loong64	2.9.6+dfsg-2	22,597.0 kB	36,796.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	2.9.6+dfsg-2	22,629.3 kB	37,180.0 kB	[список файлів]
ppc64el	2.9.6+dfsg-2	22,642.8 kB	37,116.0 kB	[список файлів]
riscv64	2.9.6+dfsg-2	22,623.4 kB	36,448.0 kB	[список файлів]
s390x	2.9.6+dfsg-2	22,663.5 kB	37,008.0 kB	[список файлів]