Пакет: flye (2.9.6+dfsg-2 и другие)

[ Источник: flye  ]

de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs

Flye is a de novo assembler for single molecule sequencing reads, such as those produced by PacBio and Oxford Nanopore Technologies. It is designed for a wide range of datasets, from small bacterial projects to large mammalian-scale assemblies. The package represents a complete pipeline: it takes raw PacBio / ONT reads as input and outputs polished contigs. Flye also has a special mode for metagenome assembly.

Другие пакеты, относящиеся к flye

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, loong64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [не alpha, ia64, riscv64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [ia64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: minimap2

  versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: python3-six [ia64]

  Python 2 and 3 compatibility library

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

Загрузка flye

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.9.6+dfsg-2	22 602,3 Кб	36 991,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.9.6+dfsg-2	22 652,5 Кб	36 901,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.9.6+dfsg-2+b1	22 573,4 Кб	36 733,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.9.3+dfsg2-1	22 763,6 Кб	38 428,0 Кб	[список файлов]
loong64	2.9.6+dfsg-2	22 597,0 Кб	36 796,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.9.6+dfsg-2	22 629,3 Кб	37 180,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.9.6+dfsg-2	22 642,8 Кб	37 116,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.9.6+dfsg-2	22 623,4 Кб	36 448,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.9.6+dfsg-2	22 663,5 Кб	37 008,0 Кб	[список файлов]