パッケージ: bali-phy (4.0~beta16+dfsg-1 など)

[ ソース: bali-phy  ]

試験的な (experimental の) パッケージ

警告: このパッケージは experimental ディストリビューションのものです。つまり、おそらく不安定でバグがあり、それどころかデータの損失を起こすかもしれません。使用前には、変更履歴やその他の参照可能なドキュメントを必ず調べてください。

Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny

BAli-Phy estimates multiple sequence alignments and evolutionary trees from unaligned DNA, amino acid, or codon sequences. BAli-Phy uses MCMC to estimate evolutionary trees, positive selection, and branch lengths while averaging over alternative alignments. BAli-Phy can display alignment ambiguity graphically in an alignment uncertainty (AU) plot.

BAli-Phy can also estimate phylogenies from a fixed alignment (like MrBayes and BEAST) using substitution models like GTR+gamma. BAli-Phy automatically estimates relative rates for each gene.

その他の bali-phy 関連パッケージ

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  時間、時刻、クロックの C++ 表現

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [armhf, ia64 以外]

  時間、時刻、クロックの C++ 表現

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0) [armhf, ia64 以外]

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  C++ 用プログラムオプションライブラリ

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [armhf, ia64 以外]

  C++ 用プログラムオプションライブラリ

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  Boost 乱数ライブラリ

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [armhf, ia64 以外]

  Boost 乱数ライブラリ

• dep: libc6 (>= 2.34) [armhf]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [armhf, ia64 以外]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Cairo 二次元ベクトルグラフィックライブラリ

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [armhf, ia64 以外]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11) [armhf, ia64]

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [armhf, ia64, m68k 以外]

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  GNU R 統計計算・グラフィックスシステム

• sug: figtree

  グラフィカルな系統樹ビューア

• sug: seaview

  Multiplatform interface for sequence alignment and phylogeny

bali-phy のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	4.0~beta16+dfsg-1	9,700.1 kB	52,351.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	4.0~beta16+dfsg-1	8,619.4 kB	47,527.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	4.0~beta2+dfsg-1	5,779.1 kB	26,400.0 kB	[ファイル一覧]
i386	4.0~beta16+dfsg-1	9,147.2 kB	50,652.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	4.0~beta2+dfsg-1	11,619.3 kB	82,739.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	4.0~beta16+dfsg-1	7,741.1 kB	44,869.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	4.0~beta16+dfsg-1	8,687.3 kB	57,950.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	4.0~beta16+dfsg-1	9,475.9 kB	55,642.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	4.0~beta16+dfsg-1	10,037.2 kB	41,016.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	4.0~beta16+dfsg-1	7,449.4 kB	47,780.0 kB	[ファイル一覧]