Paquet : bali-phy (4.0~beta16+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : bali-phy  ]

Paquet « expérimental »

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inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie

BAli-Phy évalue plusieurs alignements de séquence et d’arbres évolutionnaires à partir d’ADN non aligné, d’acide aminé ou de séquences de codons. BAli-Phy utilise MCMC pour évaluer les arbres évolutionnaires, la sélection positive et les longueurs de branches tout en moyennant d’autres alignements possibles. BAli-Phy peut afficher graphiquement l’ambiguïté d’alignement dans un graphe d’incertitude d’alignement (AU).

BAli-Phy peut également évaluer les phylogénies à partir d’un alignement fixé (comme MrBayes et BEAST) grâce à des modèles de substitution tels que GTR+gamma. BAli-Phy évalue automatiquement les taux relatifs de chaque gène.

Autres paquets associés à bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  représentation⋅C++ d'intervalle de temps, de point temporel et d'horloges

• dep: libboost-chrono1.83.0t64 (>= 1.83.0) [non armhf, ia64]

  représentation⋅C++ d'intervalle de temps, de point temporel et d'horloges

• dep: libboost-json1.83.0 (>= 1.83.0) [non armhf, ia64]

  C++ containers and algorithms that implement JSON

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [non armhf, ia64]

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0+ds1) [armhf, ia64]

  bibliothèque Boost de nombres aléatoires

• dep: libboost-random1.83.0 (>= 1.83.0) [non armhf, ia64]

  bibliothèque Boost de nombres aléatoires

• dep: libc6 (>= 2.34) [armhf]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [non armhf, ia64]

• dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  Bibliothèque graphique vectorielle Cairo 2D

• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1) [non armhf, ia64]

  fast type-safe C++ formatting library -- library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [armhf, ia64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non armhf, ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• rec: gnuplot

  programme de tracé interactif en ligne de commande
  un paquet virtuel est également fourni par gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  système de calcul statistique et de graphique GNU R

• sug: figtree

  visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique

• sug: seaview

  interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	4.0~beta16+dfsg-1	9 700,1 ko	52 351,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	4.0~beta16+dfsg-1	8 619,4 ko	47 527,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	4.0~beta2+dfsg-1	5 779,1 ko	26 400,0 ko	[liste des fichiers]
i386	4.0~beta16+dfsg-1	9 147,2 ko	50 652,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	4.0~beta2+dfsg-1	11 619,3 ko	82 739,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	4.0~beta16+dfsg-1	7 741,1 ko	44 869,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	4.0~beta16+dfsg-1	8 687,3 ko	57 950,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	4.0~beta16+dfsg-1	9 475,9 ko	55 642,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	4.0~beta16+dfsg-1	10 037,2 ko	41 016,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	4.0~beta16+dfsg-1	7 449,4 ko	47 780,0 ko	[liste des fichiers]