Paket: mipe (1.1-3)

[ Quellcode: mipe  ]

Werkzeuge zum Speichern von PCR-abgeleiteten Daten

MIPE bietet ein Standardformat zum Austausch und/oder Speichern aller Daten, die mit PCR-Experimenten zusammenhängen, wobei eine einfache Textdatei verwendet wird. Dies erlaubt:

 * den Austausch von PCR-Daten zwischen Forschern/Laboren
 * eine Rückverfolgbarkeit von Daten
 * Vermeidung von Problemen beim Veröffentlichen der Daten zum dbSTS
   oder dbSNP
 * das Schreiben von Standardskripten, um Daten zu extrahieren (z.B. eine
   Liste aller PCR-Primer, SNP-Positionen oder Haplotypen
   unterschiedlicher Tiere)

Obwohl dieses Werkzeug für die Datenspeicherung verwendet werden kann, liegt der primäre Fokus auf dem Datenaustausch. Für die Speicherung größerer Datenmengen sind relationale Datenbanken geeigneter. Das MIPE-Format könnte in dem Fall als Standardformat zum Im- und/oder Export in/aus diesen Datenbanken dienen.

MIPE wurde veröffentlicht in: Aerts J & Veenendaal T. MIPE - a XML-format to facilitate the storage and exchange of PCR-related data. Online Journal of Bioinformatics 6(2): 114-120 (2005).

Markierungen: Feld: Biologie, Bioinformatik, Molekularbiologie, Implementiert in: Perl, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: Dokumentation, Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: Daten-Organisation, Unterstützt Formate: XML

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• dep: libxml-perl

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  Perl module for processing huge XML documents in tree mode

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