Paquet : mipe (1.1-3)

Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR

MIPE fournit un format standard pour échanger et/ou enregistrer toutes les informations associées aux expérimentations PCR en utilisant un fichier texte simple. Cela permet :

 - d'échanger des données PCR entre chercheurs/laboratoires ;
 - de fournir une traçabilité des données ;
 - d'éviter des problèmes lors de la soumission de données à dbSTS ou
    dbSNP ;
 - d'écrire des scripts standards d'extraction de données (par exemple une
    liste de « PCR primers », positions SNP ou haplotypes pour différents
    animaux).

Bien que cet outil puisse être utilisé pour enregistrer des données, son but principal est l'échange de données. Pour de plus grands dépôts de données, des bases de données relationnelles sont plus appropriées pour leur enregistrement. Le format MIPE pourrait alors être utilisé pour importer et/ou exporter vers ces bases de données.

MIPE a été publié dans Aerts J & Veenendaal T. MIPE - a XML-format to facilitate the storage and exchange of PCR-related data. Online Journal of Bioinformatics 6(2): 114-120 (2005).

Étiquettes: Field: Biology, Bioinformatics, Molecular Biology, Implemented in: Perl, User Interface: Command Line, Role: Documentation, Program, Scope: Utility, Purpose: Data Organisation, Supports Format: XML