Package: mipe (1.1-3)

strumenti per archiviare dati derivanti da PCR

MIPE fornisce un formato standard per scambiare o archiviare, usando un file di testo semplice, tutte le informazioni associate ad esperimenti con PCR. Può:

 * permettere lo scambio di dati PCR tra ricercatori e laboratori,
 * rendere possibile la tracciabilità dei dati,
 * prevenire problemi in fase di invio dei dati a dbSTS o dbSNP,
 * rendere possibile la scrittura di script standard per estrarre dati
   (per esempio un elenco di primer per PCR, posizioni SNP o aplotipi per
   animali diversi).

Questo strumento, anche se può essere usato per l'archiviazione dei dati, è pensato principalmente per lo scambio dei dati. Per quantità di dati più grandi, i database relazionali sono più adatti alla archiviazione di questi dati. Il formato MIPE dovrebbe quindi essere usato come formato standard per importare dati in questi database o esportare da essi.

MIPE è stato pubblicato in Aerts J & Veenendaal T. MIPE - a XML-format to facilitate the storage and exchange of PCR-related data. Online Journal of Bioinformatics 6(2): 114-120 (2005).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Molecular Biology, Implemented in: Perl, User Interface: Command Line, Role: Documentation, Program, Scope: Utility, Purpose: Data Organisation, Supports Format: XML