パッケージ: mipe (1.1-3)

PCR 派生データ保存用ツール

MIPE はフラットなテキストファイルを使って PCR 実験に関する全ての情報を交換又は 保存するための標準フォーマットを提供します。次の機能が実行可能です:

 * 研究者/研究所間での PCR データの交換が可能
 * データのトレーサビリティが可能
 * dbSTS や dbSNP への投稿時に発生しうる問題を防止
 * データ (すなわち、PCR プライマのリスト、SNP 位置又は異なる動物のハプロタイプ)
   抽出用標準スクリプトの作成が可能

このツールはデータ保存に利用できますが、データ交換に一番の重きを置いています。 より大規模なリポジトリについては、リレーショナルデータベースがデータ保存により適して います。MIPE フォーマットはこれらのデータベースからのインポートやデータベースへの エクスポートのための標準的なフォーマットとしても利用できます。

MIPE は以下の論文で公開されました: Aerts J & Veenendaal T. MIPE - a XML-format to facilitate the storage and exchange of PCR-related data. Online Journal of Bioinformatics 6(2): 114-120 (2005)

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 分子生物学, 実装言語: Perl, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: ドキュメント, プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: データの編成, サポート形式: XML