Pakiet: clonalframeml (1.13-1)

[ Pakiet źródłowy: clonalframeml  ]

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

Inne pakiety związane z clonalframeml

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

Pobieranie clonalframeml

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	95,5 KiB	344,0 KiB	[lista plików]
amd64	103,9 KiB	283,0 KiB	[lista plików]
arm64	88,0 KiB	279,0 KiB	[lista plików]
armel	90,4 KiB	254,0 KiB	[lista plików]
armhf	86,3 KiB	182,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	97,9 KiB	252,0 KiB	[lista plików]
i386	103,4 KiB	286,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	126,4 KiB	545,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	92,9 KiB	262,0 KiB	[lista plików]
mips64el	94,0 KiB	349,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	100,4 KiB	343,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	103,3 KiB	343,0 KiB	[lista plików]
riscv64	98,2 KiB	207,0 KiB	[lista plików]
s390x	103,4 KiB	283,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	126,3 KiB	278,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	86,3 KiB	1 050,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	108,1 KiB	286,0 KiB	[lista plików]