все параметры
buster  ] [  sid  ]
[ Источник: clonalframeml  ]

Пакет: clonalframeml (1.11-3 и другие)

Ссылки для clonalframeml

Screenshot

Ресурсы Debian:

Исходный код clonalframeml:

Сопровождающие:

Внешние ресурсы:

Подобные пакеты:

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

Другие пакеты, относящиеся к clonalframeml

  • зависимости
  • рекомендации
  • предложения
  • enhances

Загрузка clonalframeml

Загрузить для всех доступных архитектур
Архитектура Версия Размер пакета В установленном виде Файлы
alpha (неофициальный перенос) 1.11-3 90,2 Кб282,0 Кб [список файлов]
amd64 1.11-3 92,4 Кб249,0 Кб [список файлов]
arm64 1.11-3 78,4 Кб209,0 Кб [список файлов]
armel 1.11-3 78,5 Кб216,0 Кб [список файлов]
armhf 1.11-3 74,9 Кб152,0 Кб [список файлов]
hppa (неофициальный перенос) 1.11-3 89,5 Кб230,0 Кб [список файлов]
i386 1.11-3 92,3 Кб248,0 Кб [список файлов]
m68k (неофициальный перенос) 1.11-3 83,5 Кб240,0 Кб [список файлов]
mips 1.11-3 84,9 Кб270,0 Кб [список файлов]
mips64el 1.11-3 85,6 Кб271,0 Кб [список файлов]
mipsel 1.11-3 86,5 Кб270,0 Кб [список файлов]
powerpcspe (неофициальный перенос) 1.11-2 89,2 Кб272,0 Кб [список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос) 1.11-3 89,1 Кб273,0 Кб [список файлов]
ppc64el 1.11-3 92,0 Кб273,0 Кб [список файлов]
riscv64 (неофициальный перенос) 1.11-3 86,4 Кб189,0 Кб [список файлов]
s390x 1.11-3 79,9 Кб241,0 Кб [список файлов]
sh4 (неофициальный перенос) 1.11-3 115,4 Кб232,0 Кб [список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос) 1.11-3 77,8 Кб228,0 Кб [список файлов]
x32 (неофициальный перенос) 1.11-3 91,7 Кб244,0 Кб [список файлов]