всички настройки
buster  ] [  bullseye  ] [  sid  ]
[ Източник: clonalframeml  ]

Пакет: clonalframeml (1.11-3 и други)

Връзки за clonalframeml


Ресурси за Debian:

Изтегляне на пакет-източник clonalframeml.


Външни препратки:

Подобни пакети:

Efficient Inference of Recombination in Whole Bacterial Genomes

ClonalFrameML is a software package that performs efficient inference of recombination in bacterial genomes. ClonalFrameML was created by Xavier Didelot and Daniel Wilson. ClonalFrameML can be applied to any type of aligned sequence data, but is especially aimed at analysis of whole genome sequences. It is able to compare hundreds of whole genomes in a matter of hours on a standard Desktop computer. There are three main outputs from a run of ClonalFrameML: a phylogeny with branch lengths corrected to account for recombination, an estimation of the key parameters of the recombination process, and a genomic map of where recombination took place for each branch of the phylogeny.

ClonalFrameML is a maximum likelihood implementation of the Bayesian software ClonalFrame which was previously described by Didelot and Falush (2007). The recombination model underpinning ClonalFrameML is exactly the same as for ClonalFrame, but this new implementation is a lot faster, is able to deal with much larger genomic dataset, and does not suffer from MCMC convergence issues

Други пакети, свързани с clonalframeml

  • зависимости
  • препоръчани
  • предложени
  • enhances

Изтегляне на clonalframeml

Изтегляне за всички налични архитектури
Архитектура Версия Големина на пакета Големина след инсталиране Файлове
alpha (неофициална архитектура) 1.11-3 90,2 кБ282,0 кБ [списък на файловете]
amd64 1.11-3 92,4 кБ249,0 кБ [списък на файловете]
arm64 1.11-3 78,4 кБ209,0 кБ [списък на файловете]
armel 1.11-3 78,5 кБ216,0 кБ [списък на файловете]
armhf 1.11-3 74,9 кБ152,0 кБ [списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура) 1.11-3 89,5 кБ230,0 кБ [списък на файловете]
i386 1.11-3 92,3 кБ248,0 кБ [списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура) 1.11-3 83,5 кБ240,0 кБ [списък на файловете]
mips 1.11-3 84,9 кБ270,0 кБ [списък на файловете]
mips64el 1.11-3 85,6 кБ271,0 кБ [списък на файловете]
mipsel 1.11-3 86,5 кБ270,0 кБ [списък на файловете]
powerpcspe (неофициална архитектура) 1.11-2 89,2 кБ272,0 кБ [списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура) 1.11-3 89,1 кБ273,0 кБ [списък на файловете]
ppc64el 1.11-3 92,0 кБ273,0 кБ [списък на файловете]
riscv64 (неофициална архитектура) 1.11-3 86,4 кБ189,0 кБ [списък на файловете]
s390x 1.11-3 79,9 кБ241,0 кБ [списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура) 1.11-3 115,4 кБ232,0 кБ [списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура) 1.11-3 77,8 кБ228,0 кБ [списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура) 1.11-3 91,7 кБ244,0 кБ [списък на файловете]