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efficiente inferenza di ricombinazione in genomi interi di batteri

ClonalFrameML è un pacchetto software che esegue un'efficiente inferenza di ricombinazione in genomi di batteri. ClonalFrameML è stato creato da Xavier Didelot e Daniel Wilson. ClonalFrameML può essere applicato a qualsiasi tipo di dati di sequenze allineate, ma è specialmente orientato all'analisi di sequenze di genomi interi. È in grado di confrontare centinaia di genomi interi nell'arco di ore su un normale computer da ufficio. Ci sono tre output principali da un'esecuzione di ClonalFrameML: una filogenia con lunghezze dei rami corrette per tenere conto della ricombinazione, una stima dei parametri chiave del processo di ricombinazione e una mappa genomica di dove la ricombinazione è avvenuta per ogni ramo della filogenia.

ClonalFrameML è un'implementazione di massima verosimiglianza del software bayesiano ClonalFrame che è stato precedentemente descritto da Didelot e Falush (2007). Il modello di ricombinazione alla base di ClonalFrameML è esattamente lo stesso di ClonalFrame, ma questa nuova implementazione è molto più veloce, è in grado di affrontare insiemi di dati genomici molto più grandi e non soffre dei problemi di convergenza di MCMC.

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armhf 1.11-3 74.9 kB152.0 kB [list of files]
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mipsel 1.11-3 86.5 kB270.0 kB [list of files]
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ppc64 (unofficial port) 1.11-3 89.1 kB273.0 kB [list of files]
ppc64el 1.11-3 92.0 kB273.0 kB [list of files]
riscv64 (unofficial port) 1.11-3 86.4 kB189.0 kB [list of files]
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sparc64 (unofficial port) 1.11-3 77.8 kB228.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 1.11-3 91.7 kB244.0 kB [list of files]