Package: clonalframeml (1.13-1)
Links for clonalframeml
Debian Resources:
Download Source Package clonalframeml:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [github.com]
Similar packages:
Effektiv følgeslutning for rekombination i hele bakterielle genomer
ClonalFrameML er en programpakke, der udfører effektiv følgeslutning af rekombination i bakterielle genomer. ClonalFrameML blev oprettet af Xavier Didelot og Daniel Wilson. ClonalFrameML kan anvendes til enhver form for justerede sekvensdata, men er specielt rettet mod helhedsanalyse af genomsekvenser. Det er i stand til at sammenligne hundredvis af hele genomer i et spørgsmål om timer på en stationær standardcomputer. Der er tre vigtige resultater fra en kørsel med ClonalFrameML: en fylogeni med grenlængder korrigeret til at tage højde for rekombination, et estimat af nøgleparametrene for rekombinationsprocessen og et genomisk kort over hvor rekombination fandt sted for hver gren af fylogenien.
ClonalFrameML er en maksimal sandsynlighedsimplementering af Bayesian-programmet ClonalFrame, som tidligere blev beskrevet af Didelot og Falush (2007). Rekombinationsmodellen under ClonalFrameML er nøjagtigt den samme som for ClonalFrame, men denne nye implementering er meget hurtigere og er i stand til at håndtere meget større genomdatasæt samt gør det uden at lide af MCMC-konvergensproblemer.
Other Packages Related to clonalframeml
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, sh4]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]
- GCC støttebibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC støttebibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 13.1)
- GNU Standard C++ bibliotek v3
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid
Download clonalframeml
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| alpha (unofficial port) | 95.5 kB | 344.0 kB | [list of files] |
| amd64 | 103.9 kB | 283.0 kB | [list of files] |
| arm64 | 88.0 kB | 279.0 kB | [list of files] |
| armel | 90.4 kB | 254.0 kB | [list of files] |
| armhf | 86.3 kB | 182.0 kB | [list of files] |
| hppa (unofficial port) | 97.9 kB | 252.0 kB | [list of files] |
| i386 | 103.4 kB | 286.0 kB | [list of files] |
| ia64 (unofficial port) | 126.4 kB | 545.0 kB | [list of files] |
| m68k (unofficial port) | 92.9 kB | 262.0 kB | [list of files] |
| mips64el | 94.0 kB | 349.0 kB | [list of files] |
| ppc64 (unofficial port) | 100.4 kB | 343.0 kB | [list of files] |
| ppc64el | 103.3 kB | 343.0 kB | [list of files] |
| riscv64 | 98.2 kB | 207.0 kB | [list of files] |
| s390x | 103.4 kB | 283.0 kB | [list of files] |
| sh4 (unofficial port) | 126.3 kB | 278.0 kB | [list of files] |
| sparc64 (unofficial port) | 86.3 kB | 1,050.0 kB | [list of files] |
| x32 (unofficial port) | 108.1 kB | 286.0 kB | [list of files] |