all options
buster  ] [  sid  ]
[ Source: clonalframeml  ]

Package: clonalframeml (1.11-3 and others)

Links for clonalframeml

Screenshot

Debian Resources:

Download Source Package clonalframeml:

Maintainers:

External Resources:

Similar packages:

Effektiv følgeslutning for rekombination i hele bakterielle genomer

ClonalFrameML er en programpakke, der udfører effektiv følgeslutning af rekombination i bakterielle genomer. ClonalFrameML blev oprettet af Xavier Didelot og Daniel Wilson. ClonalFrameML kan anvendes til enhver form for justerede sekvensdata, men er specielt rettet mod helhedsanalyse af genomsekvenser. Det er i stand til at sammenligne hundredvis af hele genomer i et spørgsmål om timer på en stationær standardcomputer. Der er tre vigtige resultater fra en kørsel med ClonalFrameML: en fylogeni med grenlængder korrigeret til at tage højde for rekombination, et estimat af nøgleparametrene for rekombinationsprocessen og et genomisk kort over hvor rekombination fandt sted for hver gren af ​​fylogenien.

ClonalFrameML er en maksimal sandsynlighedsimplementering af Bayesian-programmet ClonalFrame, som tidligere blev beskrevet af Didelot og Falush (2007). Rekombinationsmodellen under ClonalFrameML er nøjagtigt den samme som for ClonalFrame, men denne nye implementering er meget hurtigere og er i stand til at håndtere meget større genomdatasæt samt gør det uden at lide af MCMC-konvergensproblemer.

Other Packages Related to clonalframeml

  • depends
  • recommends
  • suggests
  • enhances

Download clonalframeml

Download for all available architectures
Architecture Version Package Size Installed Size Files
alpha (unofficial port) 1.11-3 90.2 kB282.0 kB [list of files]
amd64 1.11-3 92.4 kB249.0 kB [list of files]
arm64 1.11-3 78.4 kB209.0 kB [list of files]
armel 1.11-3 78.5 kB216.0 kB [list of files]
armhf 1.11-3 74.9 kB152.0 kB [list of files]
hppa (unofficial port) 1.11-3 89.5 kB230.0 kB [list of files]
i386 1.11-3 92.3 kB248.0 kB [list of files]
m68k (unofficial port) 1.11-3 83.5 kB240.0 kB [list of files]
mips 1.11-3 84.9 kB270.0 kB [list of files]
mips64el 1.11-3 85.6 kB271.0 kB [list of files]
mipsel 1.11-3 86.5 kB270.0 kB [list of files]
powerpcspe (unofficial port) 1.11-2 89.2 kB272.0 kB [list of files]
ppc64 (unofficial port) 1.11-3 89.1 kB273.0 kB [list of files]
ppc64el 1.11-3 92.0 kB273.0 kB [list of files]
riscv64 (unofficial port) 1.11-3 86.4 kB189.0 kB [list of files]
s390x 1.11-3 79.9 kB241.0 kB [list of files]
sh4 (unofficial port) 1.11-3 115.4 kB232.0 kB [list of files]
sparc64 (unofficial port) 1.11-3 77.8 kB228.0 kB [list of files]
x32 (unofficial port) 1.11-3 91.7 kB244.0 kB [list of files]