Paquet : examl (3.0.22-5)

[ Paquet source : examl  ]

code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) est un code pour les inférences phylogénétiques utilisant MPI. Ce code met en œuvre l’algorithme populaire de recherche RAxML pour l’inférence basée sur le maximum de vraisemblance dans les arbres phylogénétiques.

ExaML est une version légère réduite à l’essentiel de RAxML pour l’inférence phylogénétique d’ensembles de données énormes. Il ne peut exécuter que quelques fonctions basiques et est destiné aux utilisateurs avertis pouvant écrire de petits scripts Perl et ayant une expérience sur les scripts de mise en file d’attente pour des grappes. ExaML ne met en œuvre que les modèles CAT et GAMMA d’hétérogénéité de taux pour des données binaires d’ADN et protéines.

ExaML utilise une approche radicalement nouvelle de parallélisation MPI apportant une meilleure capacité parallèle, en particulier sur des ensembles de données partitionnés multi-gènes ou du génome entier. Il met en œuvre aussi un nouvel algorithme de répartition de charge qui apporte une meilleure capacité parallèle.

Il est quatre fois plus rapide que son prédécesseur RAxML-Light et s’étend à un plus grand nombre de processeurs.

Autres paquets associés à examl

• dep: libc6 (>= 2.34) [non alpha, ia64, sh4, x32]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Télécharger examl

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	834,3 ko	1 919,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	931,6 ko	5 969,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	780,5 ko	1 663,0 ko	[liste des fichiers]
armel	796,9 ko	1 872,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	785,1 ko	1 520,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	813,5 ko	1 750,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1 078,8 ko	7 035,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	955,5 ko	2 818,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	763,5 ko	1 780,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	816,6 ko	1 811,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	836,8 ko	1 919,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	845,9 ko	1 919,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	840,2 ko	1 591,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	818,0 ko	1 995,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	889,8 ko	1 852,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	826,9 ko	3 716,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	782,7 ko	1 744,0 ko	[liste des fichiers]