Paquets logiciels dans « sid », Sous-section science

3depict (0.0.23-2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 0.0.23-1+b3 [alpha, m68k, x32])
visualisation et analyse pour des données de point à valeurs uniques
abacas (1.3.1-9)
fermeture d'espaces dans des alignements génomiques depuis des lectures courtes
abacas-examples (1.3.1-9)
données d’exemple pour abacas pour combler les trous dans les alignements génomiques
abinit (9.6.2-1+b1 [riscv64], 9.6.2-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64], 9.6.1-1 [m68k], 8.10.3-3 [ia64, sh4, x32])
paquet pour les calculs de structure électronique
abpoa (1.4.1-3+b2)
adaptive banded Partial Order Alignment
abyss (2.3.5+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32], 2.3.3-2 [m68k, sh4], 2.2.2-1 [sparc64], 2.1.0-1 [hppa])
assembleur de séquences de novo parallèles pour les lectures courtes
acedb-other (4.9.39+dfsg.02-7+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 4.9.39+dfsg.02-7 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
Récupération d'ADN ou de séquences de protéines
acedb-other-belvu (4.9.39+dfsg.02-7)
paquet de transition pour belvu
acedb-other-belvu
paquet virtuel fourni par belvu
acedb-other-dotter (4.9.39+dfsg.02-7)
paquet de transition pour dotter
acedb-other-dotter
paquet virtuel fourni par dotter
aces3 (3.0.8-9)
concepts avancés en structure électronique III
aces3-data (3.0.8-9)
concepts avancés en structure électronique III
achilles (2-12+b1 [riscv64], 2-12 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
simulateur de vie artificielle et d'évolution
adapterremoval (2.3.3-2)
découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes
adapterremoval-examples (2.3.3-2)
découpe d'adaptateur rapide, identification et fusion de lectures de séquences de gènes – données d'exemple
adms (2.3.7-1+b1 [riscv64], 2.3.7-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
synthétiseur automatique de modèle de périphérique pour Verilog-AMS
adun-core (0.81-14+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.81-14+b2 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
simulateur moléculaire
aegean (0.16.0+dfsg-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, x32], 0.15.1+dfsg-1 [hppa], 0.14.1+dfsg2-2 [m68k], 0.14.1+dfsg-1 [alpha])
boîte d’amalgame d’outils d'analyse de génome
aeskulap (0.2.2-beta2+git20190406.ef77f01-4+b2 [riscv64, sparc64], 0.2.2-beta2+git20190406.ef77f01-4+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32])
Afficheur d'images médicales et client réseau DICOM
aevol (5.0+ds-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 5.0+ds-3 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
modèle numérique de génétique pour lancer des expériences d'évolution in silico
aghermann (1.1.2-3+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.1.2-3+b2 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
gestionnaire d'expérimentation de recherche sur le sommeil
aladin (12.001+dfsg-1)
atlas interactif du ciel pour des images et ensembles de données astronomiques
alfa (2.2-1+b2 [riscv64], 2.2-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
algorithme d'ajustement de ligne automatisé
algotutor (0.8.6-6)
programme d'observation des étapes intermédiaires d'un algorithme
alien-hunter (1.7-10)
Distribution des motifs d'ordre variable (IVOM) pour identifier l'ADN acquis par transfert horizontal
allelecount (4.3.0-2)
algorithmes pour le compte de copies NGS
altree (1.3.2-1+b3)
programme pour faire de l'association basée sur la phylogénétique et l'analyse de localisation
altree-examples (1.3.2-1)
fichiers d'exemple pour ALTree
amap-align (2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2+b1 [riscv64], 2.2+git20080214.600fc29+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement multiple de séquences protéiques par appariement
ampliconnoise (1.29-10+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.29-10+b1 [hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32], 1.29-8+b1 [alpha])
suppression du bruit pour les amplicons PCR séquencés 454
andi (0.14-2+b1 [riscv64], 0.14-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
estimation efficace de distances d'évolution
anfo (0.98-9)
aligneur/mappeur de lectures courtes à partir de MPG
ants (2.1.0-5+b1 [amd64, i386], 1.9.2+svn680.dfsg-4 [alpha, ppc64, x32], 1.9+svn532-5 [hppa])
outils de normalisation élaborés pour l'analyse d'images du cerveau
any2fasta (0.4.2-2)
convert various sequence formats to FASTA
any2fasta-examples (0.4.2-2)
convert various sequence formats to FASTA (example data)
aoflagger (3.1.0-2+b6 [riscv64], 3.1.0-2+b5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32], 3.1.0-2+b3 [hppa, sparc64])
découverte des RFI dans les observations radioastronomiques
apbs (3.4.1-5)
solveur adaptatif de Poisson Boltzmann
apbs-data (3.4.1-5)
fichiers de données pour APBS (solveur adaptatif de Poisson Boltzmann)
apbs-doc (3.4.1-5)
Adaptive Poisson Boltzmann Solver
apertium-af-nl (0.3.0-3)
paquet factice de transition pour apertium-afr-nld
apertium-afr-nld (0.3.0-3)
données Apertium pour les traductions entre l'afrikaans et le néerlandais
apertium-all-dev (3.8.1-2)
Metapackage for all tools required for Apertium development
apertium-anaphora (1.1.1-1+b1)
module de résolution d'anaphores pour Apertium
apertium-apy (0.11.7-2.1)
service APY d'Apertium
apertium-arg-cat (0.2.0-3)
données Apertium pour les traductions entre l'aragonais et le catalan
apertium-bel-rus (0.2.1-2)
données d’Apertium pour les traductions entre le biélorusse et le russe
apertium-br-fr (0.5.1-1)
données linguistiques Apertium pour les traductions entre le breton et le français
apertium-ca-it (0.2.2-1)
paquet factice de transition pour apertium-cat-ita
apertium-cat-ita (0.2.2-1)
données Apertium pour les traductions entre le catalan et l'italien
apertium-cat-srd (1.1.0-2)
données d'Apertium pour les traductions entre le catalan et le sarde
apertium-crh-tur (0.3.0-2)
données Apertium pour les traductions entre le tatar de Crimée et le turc
apertium-cy-en (0.1.1~r57554-9)
données linguistiques Apertium pour les traductions entre le gallois et l'anglais
apertium-dan-nor (1.5.0-2)
données Apertium pour les traductions entre le danois et le norvégien
apertium-dev (3.8.3-1+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 3.8.3-1+b1 [riscv64])
outils et bibliothèque de développement pour Apertium
apertium-en-gl (0.5.4-1)
données Apertium pour les traductions entre l'anglais et le galicien
apertium-eng-cat (1.0.1-5)
données Apertium pour les traductions entre l'anglais et le catalan
apertium-eng-spa (0.8.1-2)
données Apertium pour les traductions entre l'anglais et l'espagnol
apertium-eo-en (1.0.2-1)
données Apertium pour les traductions entre l'espéranto et l'anglais
apertium-eo-fr (0.9.1-1)
données Apertium pour les traductions entre l'espéranto et le français
apertium-es-ast (1.1.1-2)
Transitional dummy package for apertium-spa-ast
apertium-es-it (0.2.1-3)
paquet factice de transition pour apertium-spa-ita
apertium-eu-en (0.3.3-1)
données Apertium pour les traductions entre le basque et l'anglais
apertium-eval-translator (1.2.1-3)
évaluation de sortie de traduction automatique par rapport à une référence
apertium-fra-cat (1.10.0-1)
données Apertium pour les traductions entre le français et le catalan
apertium-fra-frp (1.1.0-1)
données d’Apertium pour les traductions entre le français et l'arpitan
apertium-get (1.0.0-3)
assistant pour les langues et les pairs d'Apertium et Giellateckno
apertium-hbs-eng (0.5.1-2)
données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et l'anglais
apertium-hbs-mkd (0.1.1-1)
données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et le macédonien
apertium-hbs-slv (0.5.1-2)
données Apertium pour les traductions entre le serbo-croate et le slovénien
apertium-hin (0.1.0~r59158-4)
données simples Apertium pour le hindi
apertium-id-ms (0.1.2-3)
paquet factice de transition pour apertium-ind-zlm
apertium-ind-zlm (0.1.2-3)
données Apertium pour les traductions entre l'indonésien et le malais
apertium-is-sv (0.1.1-2)
Transitional dummy package for apertium-isl-swe
apertium-isl-eng (0.1.2-1)
données Apertium pour les traductions entre l'islandais et l'anglais
apertium-isl-swe (0.1.1-2)
données Apertium pour les traductions entre l'islandais et le suédois
apertium-kaz-tat (0.2.1-1)
données Apertium pour les traductions entre le kazakh et le tatar
apertium-lex-tools (0.4.2-1+b2)
Constraint-based lexical selection module
apertium-lex-tools-dev (0.4.2-1+b2)
Development library for Apertium lexical selection module
apertium-mk-bg (0.2.1-2)
Transitional dummy package for apertium-mkd-bul
apertium-mk-en (0.1.3-2)
Transitional dummy package for apertium-mkd-eng
apertium-mkd-bul (0.2.1-2)
données Apertium pour les traductions entre le macédonien et le bulgare
apertium-mkd-eng (0.1.3-2)
données Apertium pour les traductions entre le macédonien et l'anglais
apertium-mlt-ara (0.2.0~r62623-3)
données Apertium pour les traductions entre le maltais et l'arabe
apertium-nno-nob (1.5.0-1)
données linguistiques Apertium pour les traductions entre le norvégien Nynorsk et le norvégien Bokmål
apertium-oci-fra (1.0.0-1)
données de traduction d’Apertium pour la paire occitan-français
apertium-pol-szl (0.2.1-3)
données d’Apertium pour les traductions entre le polonais et le silésien
apertium-por-cat (0.10.1-2)
données Apertium pour les traductions entre le portugais et le catalan
apertium-recursive (1.1.2-1+b1)
module de transfert structural récursif pour Apertium
apertium-regtest (0.9.1-3)
Regression test suite for Apertium languages and pairs
apertium-rus-ukr (0.2.1-4)
données d’Apertium pour les traductions entre le russe et l'ukrainien
apertium-separable (0.6.1-1+b1)
réordonnancement de multimots séparables ou non contigus
apertium-sme-nob (0.6.1+ds.1-2)
données Apertium pour les traductions entre le sámi et le bokmål
apertium-spa-arg (0.5.0-2)
données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'aragonais
apertium-spa-ast (1.1.1-2)
données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'asturien
apertium-spa-ast
paquet virtuel fourni par apertium-spa-ast
apertium-spa-cat (2.2.0-3)
données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et le catalan
apertium-spa-ita (0.2.1-3)
données Apertium pour les traductions entre l'espagnol et l'italien
apertium-srd-ita (1.1.0-2)
données Apertium pour les traductions entre le sarde et l'italien
apertium-swe-dan (0.8.1-3)
données linguistiques Apertium pour les traductions entre le suédois et le danois
apertium-swe-nor (0.4.0-1)
données Apertium pour les traductions entre le suédois et le norvégien
apertium-urd (0.1.0~r61311-3)
données simples Apertium pour l’ourdou
apertium-urd-hin (0.1.0~r64379-4)
données Apertium pour les traductions entre l'ourdou et le hindi
aragorn (1.2.38-4+b1 [riscv64], 1.2.38-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
détection ARNt et ARNtm dans les séquences de nucléotides
arb (6.0.6-5) [non-free]
phylogenetic sequence analysis suite - main program
arb-common (6.0.6-5) [non-free]
phylogenetic sequence analysis suite - common files
arden (1.0-5)
contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle
ariba (2.14.6+ds-5+b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64], 2.14.6+ds-2+b1 [m68k])
identification de résistance antibiotique par assemblage
art-nextgen-simulation-tools (20160605+dfsg-4+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 20160605+dfsg-4+b2 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
outils de simulation pour créer des lectures de séquençage synthétiques de nouvelle génération
art-nextgen-simulation-tools-profiles (20160605+dfsg-4)
profils pour les outils de simulation ART
artemis (18.2.0+dfsg-3)
navigateur de génome et outil d'annotation
artfastqgenerator (0.0.20150519-4)
création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence
artfastqgenerator-examples (0.0.20150519-4)
création de fichiers FASTQ artificiels dérivés d'un génome de référence –⋅exemples
asdftool (2.14.3-1)
outil en ligne de commande pour manipuler les fichiers de données scientifiques ASDF
ase (3.22.1-3)
environnement de simulation atomique
assembly-stats (1.0.1+ds-6)
obtention des statistiques d'assemblage à partir de fichiers FASTA et FASTQ
assemblytics (1.2.1+dfsg-1)
détection et analyse de variantes structurelles à partir d’un assemblage de génome
astap (2022.12.09-1)
solveur astrométrique, empilement d'images, photométrie et visionneur FITS
astap-cli (2022.12.09-1)
solveur astrométrique, version en ligne de commande
astro-tasks (3.1)
mélange exclusif Debian Astronomy (tâches de tasksel)
astromatic (1.3)
collection logicielle d'infrastructure astronomique
astrometry-data-2mass (1.1) [contrib]
Astrometry.net 2MASS index files downloader
astrometry-data-2mass-00 (1.1) [contrib]
Astrometry.net 2MASS index files downloader (2'-2.8')
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Astrometry.net 2MASS index files downloader (8'-11')
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Astrometry.net 2MASS index files downloader (22'-30')
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Astrometry.net 2MASS index files downloader (30'-2000')
astrometry-data-tycho2 (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net
astrometry-data-tycho2-07 (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes
astrometry-data-tycho2-07-bigendian (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes
astrometry-data-tycho2-07-littleendian (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 22 à 30 arcminutes
astrometry-data-tycho2-08 (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes
astrometry-data-tycho2-08-bigendian (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes
astrometry-data-tycho2-08-littleendian (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 30 à 44 arcminutes
astrometry-data-tycho2-09 (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes
astrometry-data-tycho2-09-bigendian (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes
astrometry-data-tycho2-09-littleendian (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 44 à 60 arcminutes
astrometry-data-tycho2-10-19 (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes
astrometry-data-tycho2-10-19-bigendian (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 gros-boutistes d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes
astrometry-data-tycho2-10-19-littleendian (2-4)
fichiers d'index Tycho-2 petits-boutistes d'Astrometry.net − de 60 à 2000 arcminutes
astrometry.net (0.93+dfsg-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.93+dfsg-1 [alpha])
solveur de plaque photographique astrométrique
astronomical-almanac (5.6-7+b1 [riscv64], 5.6-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
almanach astronomique - calcul de positions d'étoiles et de planètes
astropy-utils (5.2.1-2)
outils en ligne de commande d'astropy
atac (0~20150903+r2013-8+b3)
comparaison de génomes d'assemblage en assemblage
ataqv (1.3.0+ds-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 1.3.0+ds-1 [hppa])
contrôle de qualité et visualisation pour ATAC-seq
atropos (1.1.31+dfsg-3+b3)
Outil de taille de lecture NGS spécifique, sensible et rapide
augur (20.0.0-1)
composants pipeline pour l'analyse de virus en temps réel
augustus (3.5.0+dfsg-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 3.4.0+dfsg2-3+b2 [hppa, ppc64, sparc64], 3.4.0+dfsg2-3 [ia64], 3.3.3+dfsg-4 [alpha])
prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes
augustus-data (3.5.0+dfsg-2)
fichiers de données pour AUGUSTUS
autodock (4.2.6-9+b1 [riscv64], 4.2.6-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine
autodock-getdata (4.2.6-9)
instructions pour collecter des données pour getData
autodock-test (4.2.6-9)
fichiers de test pour AutoDock
autodock-vina (1.2.3-2+b1 [riscv64], 1.2.3-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
chargement de petites molécules jusqu'aux protéines
autogrid (4.2.6-9+b1 [riscv64], 4.2.6-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur
autogrid-test (4.2.6-9)
fichiers de test pour AutoGrid
avce00 (2.0.0-9)
conversion de couverture vectorielle Arcinfo d’ESRI (binaire) au format E00
avogadro (1.97.0-1+b1 [riscv64], 1.97.0-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
système de modélisation et d'imagerie moléculaire
avogadro-utils (1.97.0-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.97.0-3 [x32], 1.96.0-2 [alpha])
système de modélisation et d'imagerie moléculaire –⋅bibliothèque
axe-demultiplexer (0.3.3+dfsg-3+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.3.3+dfsg-3+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
démultiplexeur de lecture de séquence ADN basé sur les arbres préfixes
bagel (1.2.2-5)
paquet de chimie computationnelle
baitfisher (1.2.7+git20211020.de26d5c+dfsg-1+b1 [riscv64], 1.2.7+git20211020.de26d5c+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
paquet logiciel de conception de sondes d'enrichissement hybrides
bali-phy (3.6.1+dfsg-1+b1 [riscv64], 3.6.1+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64], 3.5.0.1+dfsg-1 [x32])
inférence bayésienne d’alignement et de phylogénie
ballview (1.5.0+git20180813.37fc53c-11 [alpha, amd64, arm64, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.5.0+git20180813.37fc53c-10+b2 [x32])
modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire
bamclipper (1.0.0-3)
Remove gene-specific primer sequences from SAM/BAM alignments
bamkit (0.0.1+git20170413.ccd079d-3)
tools for common BAM file manipulations
bamtools (2.5.2+dfsg-4)
boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
bandage (0.9.0-2)
application de bio-informatique pour navigation simple dans les graphes d’assemblage De novo
bandage-examples (0.9.0-2)
Bioinformatics Application for Navigating De novo Assembly Graphs Easily (data)
barrnap (0.9+dfsg-3)
prédiction ribosomale rapide d'ARN
bart (0.8.00-3)
outils pour l'imagerie par résonance magnétique computationnelle
bart
paquet virtuel fourni par bart-cuda
bart-cuda (0.8.00-2) [contrib]
tools for computational magnetic resonance imaging
bart-view (0.2.00-1)
visualisateur de données multidimensionnelles et de valeur complexe
bbmap (39.01+dfsg-2)
BBTools genomic aligner and other tools for short sequences
bbmap-jni (39.01+dfsg-2)
short read aligner and other bioinformatic tools - JNI library
bcalm (2.2.3-3)
de Bruijn compaction in low memory
bcbio (1.2.9-2) [contrib]
toolkit for analysing high-throughput sequencing data
bcftools (1.16-1)
appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF
beads (1.1.22-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 1.1.20-3 [alpha, m68k], 1.1.20-2 [x32])
détection par électrophorèse bidimensionnelle de tache d’images de gel
beagle (220722-1)
appel de génotype, phasage de génotype et attribution de marqueurs non génotypés
beast-mcmc (1.10.4+dfsg-5)
inférence phylogénétique bayésienne MCMC
beast2-mcmc (2.7.3+dfsg-1)
inférence phylogénétique bayésienne MCMC
bedops (2.4.41+dfsg-1+b1 [riscv64], 2.4.41+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 2.4.26+dfsg-1 [sh4])
opérations génomiques à haute performance
bedtools (2.30.0+dfsg-2+b1 [riscv64], 2.30.0+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32], 2.26.0+dfsg-5 [sparc64])
suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes
bedtools-test (2.30.0+dfsg-2)
données de test pour le paquet bedtools
belvu (4.44.1+dfsg-7+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 4.44.1+dfsg-7+b1 [alpha])
visualisateur d’alignements de séquences multiples et outil phylogénétique
berkeley-express (1.5.3+dfsg-3+b1)
quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé
bio-eagle (2.4.1-3+b1)
phasage d'haplotype au sein d'une cohorte génotypée ou grâce à un panel phasé de référence
bio-eagle-examples (2.4.1-3)
exemples pour bio-eagle
bio-rainbow (2.0.4+dfsg-2+b1 [riscv64], 2.0.4+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
partitionnement et assemblage de séquences courtes pour la bio-informatique
bio-vcf (0.9.5-3)
domain specific language (DSL) for processing the VCF format
bioawk (1.0-4+b1 [riscv64], 1.0-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
extension of awk for biological sequence analysis
biobambam2 (2.0.185+ds-1 [alpha, amd64, arm64, i386, ppc64el, riscv64, x32], 2.0.164+ds-1 [ia64])
tools for early stage alignment file processing
biogenesis (0.8-3.1)
programme de vie artificielle pour simuler l’évolution d’organismes
bioperl (1.7.8-1)
outils en Perl pour la bio-informatique
bioperl-run (1.7.3-9)
scripts d'enveloppe BioPerl
biosig-tools (2.5.0-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.4.0-2+b1 [m68k, sh4], 2.4.0-2 [x32])
outils de conversion entre différents formats de données médicales
biosquid (1.9g+cvs20050121-12)
utilitaire d'analyse de séquences biologiques
biosyntax (1.0.0b-4)
coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – métapaquet
biosyntax-common (1.0.0b-4)
coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – fichiers communs
biosyntax-example (1.0.0b-4)
coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – exemple
biosyntax-gedit (1.0.0b-4)
coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon gedit
biosyntax-less (1.0.0b-4)
coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon less
biosyntax-vim (1.0.0b-4)
coloration syntaxique pour la biologie computationnelle – greffon vim
bist (0.5.2-1.2)
outil de dessin chimique
bitseq (0.7.5+dfsg-6+b1 [riscv64], 0.7.5+dfsg-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
inférence bayésienne de transcripts à partir de données de séquençage
bitwise (0.43-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.43-1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
opérations bit à bit interactives en ncurses
bkchem (0.14.0~pre4+git20211228-3)
éditeur de structures chimiques
blasr (5.3.5+dfsg-6 [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64], 5.3.5+dfsg-1 [ia64], 5.3.3+dfsg-1+b1 [m68k, sh4], 5.3-1+b1 [x32], 0~20150724+git3ca7fe8-1+b2 [hppa, ppc64])
correspondance de lectures de séquençage de molécules simples
blimps-utils (3.9+ds-1) [non-free]
blocks database improved searcher
blixem (4.44.1+dfsg-7+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 4.44.1+dfsg-7+b1 [alpha])
navigateur interactif d’alignements de séquences
bluebrain-hpc-coding-conventions (1.0.0+git20221201-2)
BlueBrain HPC Team C++ Development Guidelines
bmt (0.6-1.1)
boîte à outils de mesure de performances d'analyse logicielle
bodr (10-2)
dépôt de données Blue Obelisk
boinc-app-eah-brp (0.20170426+dfsg-10+b3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 0.20170426+dfsg-10 [hppa], 0.20170426+dfsg-2+b2 [sh4])
extension BOINC pour la recherche de pulsars binaires Einstein@Home
bolt-lmm (2.4.0+dfsg-1)
test efficace d’association de modèles mixtes bayésiens sur tout le génome de grandes cohortes
bolt-lmm-example (2.4.0+dfsg-1)
exemples pour bolt-lmm
boolector (1.5.118.6b56be4.121013-1.3)
solveur SMT pour les vecteurs de bits et les tableaux
bornagain (1.19.0-3+b5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 1.19.0-3+b2 [hppa, m68k], 1.19.0-3+b1 [alpha])
simulation et adaptation GISAS de rayons X et de neutrons – binaire
bowtie (1.3.1-1+b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 1.3.1-1 [alpha, ppc64, sparc64], 1.0.1-2 [x32], 1.0.0-6 [hppa, sh4])
aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
bowtie-examples (1.3.1-1)
exemples pour bowtie, l'aligneur de lectures courtes ultra rapide et efficace en mémoire
bowtie2 (2.5.0-3 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64], 2.4.5-1 [ppc64, sparc64], 2.4.2-2+b1 [m68k, sh4], 2.3.5.1-6 [alpha])
aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire
bowtie2-examples (2.5.0-3)
exemples pour bowtie2
boxshade (3.3.1-14+b1 [riscv64], 3.3.1-14 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Rendu élégant d'alignements multiples de séquences
bppphyview (0.6.1-4)
afficheur phylogénétique pour Bio++
bppsuite (2.4.1-6)
suite de programmes Bio++
bppsuite-examples (2.4.1-6)
exemples pour la suite de programmes Bio++
brain2mesh-demos (0.7.9-2)
sample files and demo scripts for Brain2Mesh
brig (0.95+dfsg-3)
générateur d'images circulaires BLAST
btllib-tools (1.4.10+dfsg-1 [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, riscv64], 1.4.9+dfsg-2 [mips64el])
Bioinformatics Technology Lab common code library tools
busco (5.4.4-1 [amd64, i386, m68k, ppc64], 5.4.3-2 [alpha])
benchmarking sets of universal single-copy orthologs
bustools (0.42.0+dfsg-1)
manipulation de fichiers BUS pour des ensembles de données de séquençage d’ADN de cellule unique
bwa (0.7.17-7)
dispositif d'alignement Burrows-Wheeler
c2x (2.40.d+ds-1)
converter between DFT electronic structure codes formats
cafeobj (1.6.0-2)
langage de spécification et programmation algébrique de nouvelle génération
cafeobj-mode (1.6.0-2)
mode majeur Emacs pour modifier du code source CafeOBJ
calculix-ccx (2.20-1)
programme d'éléments finis structurels en trois dimensions
calculix-cgx (2.17+dfsg-2+b1)
pré et postprocesseur tridimensionnel pour les modèles à éléments finis
callisto (1.1.0-2+b3 [riscv64], 1.1.0-2+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Daemon for e-Callisto hardware
camitk-actionstatemachine (5.0.2-4 [amd64], 3.4.0-2+b1 [sparc64], 3.4.0-2 [hppa, x32], 3.4.0-1 [alpha], 3.2.2-2 [ppc64])
application pour rejouer les flux d'actions pour la bibliothèque CamiTK
camitk-config (5.0.2-4)
boîte à outils d'intervention médicale assistée par ordinateur – configuration
camitk-imp (5.0.2-4 [amd64], 3.4.0-2+b1 [sparc64], 3.4.0-2 [hppa, x32], 3.4.0-1 [alpha], 3.2.2-2 [ppc64])
banc de test pour la bibliothèque CamiTK
canu (2.0+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 2.0+dfsg-2 [alpha, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
assembleur de séquences de molécules simples pour les génomes
casacore-data-igrf (12-1)
données de champ de référence géomagnétique international pour casacore
casacore-data-jpl-de200 (2007.07.05+ds.1-1)
éphéméride de développement DE200 du Jet Propulsion Laboratory pour casacore
casacore-data-jpl-de405 (2007.07.05+ds.1-1)
éphéméride de développement DE405 du Jet Propulsion Laboratory pour casacore
casacore-data-lines (0+git2016.11.26-2.1)
table de fréquences de ligne spectrale pour casacore
casacore-data-observatories (0+git2018.12.08-2)
table des coordonnées d'observatoires radio
casacore-data-sources (2-4)
table de coordonnées de sources de référence ICRF2 pour casacore
casacore-data-tai-utc (1.3)
table de différente entre TAI et UTC pour casacore
casacore-tools (3.5.0-2+b3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 3.5.0-2+b2 [ia64, sh4, x32], 3.5.0-2+b1 [hppa, sparc64])
outils construits avec CASA
cassbeam (1.1-3+b1 [riscv64], 1.1-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
modélisation des antennes Cassegrain
cassiopee (1.0.9-3+b3 [ia64], 1.0.9-3+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil d'indexation et de recherche dans les séquences génomiques
cat-bat (5.2.3-2)
taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs)
catfishq (1.4.0+ds-1)
concatenates fastq files
cba (0.3.6-6+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 0.3.6-6 [alpha], 0.3.6-5 [ia64, m68k, x32])
analyse de poutres continues
cbflib-bin (0.9.7+dfsg1-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.9.7+dfsg1-2+b1 [alpha, m68k])
utilitaires de manipulation de fichiers CBF
cbmc (5.12-5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 5.6-1 [alpha, hppa])
vérificateur de modèle borné pour les programmes C et C++
cclib (1.6.2-2)
analyseurs et algorithmes pour la chimie computationnelle
cclib-data (1.6.2-2) [non-free]
Parsers and algorithms for computational chemistry (data files)
cct (1:1.0.3-1)
comparaison visuelle de séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales
cct-examples (1:1.0.3-1)
données d’exemple pour tester le paquet cct
cd-hit (4.8.1-4+b1 [riscv64], 4.8.1-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
suite de programmes conçus pour grouper rapidement des séquences
cdbfasta (1.00+git20181005.014498c+dfsg-4+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.00+git20181005.014498c+dfsg-4 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA
centrifuge (1.0.3-11)
système rapide et économe en mémoire de classification de séquences ADN
cernlib (20061220+dfsg3-4.4)
suite d'analyse de données CERNLIB -- méta-packet pour usage général
cernlib-core (20061220+dfsg3-4.4)
suite d'analyse de données CERNLIB — bibliothèques et programmes principaux
cernlib-extras (20061220+dfsg3-4.4)
suite d'analyse de données CERNLIB — programmes supplémentaires
cernlib-montecarlo (20061220+dfsg3-3.1)
bibliothèques Monte Carlo CERNLIB
cg3 (1.3.9-1+b2)
outils pour utiliser la troisième édition de Constraint Grammar (CG-3)
cg3-dev (1.3.9-1)
Metapackage providing both CG-3 CLI dev tools and dev library
cgns-convert (3.4.0-3)
système de notation générale CFD — outils de conversion
cgview (0.0.20100111-7)
visionneuse de génome circulaire
ch5m3d (1.2.5+dfsg-2.1)
création et visualisation de dessins en 3D de molécules simples
changeo (1.3.0-1)
boîte à outils d’affectation clonale de répertoire – Python 3
checkit-tiff (0.4.2-1+b1 [riscv64], 0.4.2-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
vérificateur de conformité pour les images au format TIFF élémentaire
chemical-structures (2.2.dfsg.0-20)
service web fournissant des structures moléculaires dans des formats ouverts
chemical-structures-data (2.2.dfsg.0-20)
jeu de structures moléculaires dans des formats ouverts
chemps2 (1.8.12-1+b1)
exécutable pour appeler libchemps2-3 depuis la ligne de commande
chemtool (1.6.14-6+b1 [riscv64], 1.6.14-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
programme de dessin de structures chimiques
chimeraslayer (20101212+dfsg1-5)
détecte les simili-chimères dans les ADN amplifiés via réaction en chaîne par polymérase
chip-seq (1.5.5-3+b1 [riscv64], 1.5.5-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outils pour des tâches d’analyse des données ordinaires de ChIP-Seq
chip-seq-data (1.5.5-3)
tools performing common ChIP-Seq data analysis tasks (data)
chromhmm (1.24+dfsg-1)
découverte et caractérisation d’état de chromatine
chromimpute (1.0.3+dfsg-4)
attribution d’épigénome systématique à grande échelle
cif-linguist (0.4.2-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 0.4.2-2 [sh4])
transform CIF data among CIF formats and dialects
cif-tools (1.0.7-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.0.1b-1 [alpha])
Suite of tools to manipulate, validate and query mmCIF files
cif2hkl (1.4.2+ds1-1+b1 [amd64], 1.4.2+ds1-1 [arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
Convert crystallographic descriptions into HKL F^2 reflection lists
circlator (1.5.6-7)
circularisation d'assemblages de génomes
circos (0.69.9+dfsg-2)
outil de dessin pour visualiser des données
circos-tools (0.23-1)
Traceur pour visualisation de données — utilitaires auxiliaires
ckon (0.7.1-5+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, sparc64, x32], 0.7.1-5+b1 [s390x, sh4])
outil de compilation automatique pour le logiciel d'analyse de données ROOT
clearcut (1.0.9+git20211013.b799afe-1+b1 [riscv64], 1.0.9+git20211013.b799afe-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
reconstruction d'arbre phylogénétique extrêmement efficace
clonalframe (1.2-11+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.2-11+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
inférence de microévolution bactérienne en utilisant des données de séquence multilocus
clonalframeml (1.12-3)
inférence efficace de recombinaison de génomes de bactéries entières
clonalorigin (1.0-6+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 1.0-6+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, riscv64, sh4, sparc64, x32])
inférence de recombinaison homologue dans les bactéries grâce à des séquences de génomes entiers
clustalo (1.2.4-7)
General-purpose multiple sequence alignment program for proteins
clustalw (2.1+lgpl-7+b1 [riscv64], 2.1+lgpl-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement de séquences de nucléotides ou de peptides
clustalx (2.1+lgpl-9+b1 [riscv64], 2.1+lgpl-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement multiple de séquences d'acides nucléiques et de protéines - interface graphique
cluster3 (1.59+ds-5) [non-free]
Reimplementation of the Eisen-clustering software
cmor-tables (3.3-1.1)
tables MIP pour la bibliothèque de réécriture de sortie de modèle de climat
cmtk (3.3.1p2+dfsg-2+b2 [riscv64], 3.3.1p2+dfsg-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
boîte à outils de morphométrie computationnelle
cnvkit (0.9.9-2+b1)
Copy number variant detection from targeted DNA sequencing
cod-tools (3.7.0+dfsg-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 3.7.0+dfsg-1+b2 [m68k], 3.7.0+dfsg-1 [sparc64], 3.4.0+dfsg-1 [ia64], 3.1.0+dfsg-3 [alpha])
tools for manipulating CIF format files
code-saturne (6.0.2-2+b1 [m68k, riscv64, sh4], 6.0.2-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 5.2.1+repack-1 [ia64])
logiciel généraliste de dynamique des fluides informatique (CFD)
code-saturne-bin (6.0.2-2+b1 [m68k, riscv64, sh4], 6.0.2-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 5.2.1+repack-1 [ia64])
logiciel généraliste de dynamique des fluides informatique (CFD) – exécutables
code-saturne-data (6.0.2-2)
logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – données
code-saturne-doc (6.0.2-2)
logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – documentation
code-saturne-include (6.0.2-2+b1 [m68k, riscv64, sh4], 6.0.2-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 5.2.1+repack-1 [ia64])
logiciel généraliste de dynamique des fluides computationnelle (CFD) – fichiers d'inclusion
codonw (1.4.4-6+b1 [riscv64], 1.4.4-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
analyse de correspondance d'utilisation de codon
coinor-cbc (2.10.8+ds1-1)
solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR
coinor-clp (1.17.6-3)
solveur de programmation linéaire COIN-OR
coinor-csdp (6.2.0-4+b1)
Software package for semidefinite programming (binaries)
coinor-libbonmin4 (1.8.9-1)
COIN-OR mixed integer programming
coinor-libcbc3 (2.10.8+ds1-1)
solveur de programmes en variables mixtes par branch-and-cut COIN-OR – bibliothèques partagées
coinor-libcgl0 (0.55.0-1.1) [debports]
Cut Generator Library, a library of cutting-plane generators
coinor-libcgl1 (0.60.3+repack1-4)
bibliothèque de génération de coupes COIN-OR
coinor-libclp0 (1.12.0-2.1) [debports]
Coin-or linear programming solver
coinor-libclp1 (1.17.6-3)
solveur de programmation linéaire COIN-OR – bibliothèques partagées
coinor-libcoinutils0 (2.6.4-3) [debports]
Coin-or collection of utility classes
coinor-libcoinutils3v5 (2.11.4+repack1-2)
collection de classes utilitaires de COIN-OR – exécutables et bibliothèques
coinor-libosi0 (0.103.0-1) [debports]
COIN-OR Open Solver Interface
coinor-libosi1v5 (0.108.6+repack1-2)
interface de solveur ouverte COIN-OR
coinor-libsymphony0 (5.2.4-1.2) [debports]
COIN-OR solver for mixed-integer linear programs
coinor-libsymphony3 (5.6.17+dfsg-1+b1)
solveur COIN-OR pour les programmes linéaires en nombres mixtes – bibliothèques partagées
coinor-libvol1 (1.5.4-4)
Coin-or linear programming solver (libraries)
coinor-symphony (5.6.17+dfsg-1+b1)
solveur COIN-OR pour les programmes linéaires en nombres mixtes
colmap (3.8-1 [amd64, arm64, i386, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 3.7-3 [alpha, m68k, mips64el], 3.7-2+b1 [ppc64])
Structure-from-Motion et Multi-View Stereo
comet-ms (2019015+cleaned1-3+b1 [riscv64], 2019015+cleaned1-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
moteur de recherche de spectrométrie de masse en tandem (MS/MS)
concavity (0.1+dfsg.1-5+b1 [riscv64], 0.1+dfsg.1-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
prédicteur de sites de liaisons de ligands de la protéine à partir de la structure et de la conservation
conda-package-handling (2.0.1-2)
create and extract conda packages of various formats
condor (7.8.2~dfsg.1-1+deb7u1) [debports]
distributed workload management system
connectome-workbench (1.5.0-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.5.0-2 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
outil de visualisation du cerveau, d'analyse et de découverte
conservation-code (20110309.0-8)
outil de notation de la conservation des séquences de protéines
covtobed (1.3.5+dfsg-1+b1)
convert the coverage track from a BAM file into a BED file
covtobed-examples (1.3.5+dfsg-1)
example data and scripts for mindthegap
cp2k (2023.1-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 8.1-5 [ia64, ppc64], 5.1-3 [hppa])
Ab Initio Molecular Dynamics
cp2k-data (2023.1-2)
Ab Initio Molecular Dynamics (data files)
cpl-plugin-amber (4.4.3+dfsg-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 4.4.3+dfsg-1 [alpha], 4.4.0+dfsg-1+b1 [x32], 4.3.8+dfsg-1+b1 [sh4])
tuyauterie de réduction de données pour l’instrument AMBER de l’ESO
cpl-plugin-amber-calib (4.4.3+dfsg-1) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for AMBER
cpl-plugin-fors (5.5.7+dfsg-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 5.5.7+dfsg-2 [alpha], 5.5.6+dfsg-1 [x32], 5.3.32+dfsg-1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the FORS1/2 instruments
cpl-plugin-fors-calib (5.5.7+dfsg-2) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for FORS2
cpl-plugin-giraf (2.16.10+dfsg-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.16.10+dfsg-1 [alpha], 2.16.7+dfsg-1+b1 [x32], 2.16.3+dfsg-1+b1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the GIRAFFE instrument
cpl-plugin-giraf-calib (2.16.10+dfsg-1) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for GIRAFFE
cpl-plugin-hawki (2.4.11+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.4.8+dfsg-1 [x32], 2.4.3+dfsg-1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the HAWK-I instrument
cpl-plugin-hawki-calib (2.4.11+dfsg-1) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for HAWK-I
cpl-plugin-muse (2.8.7+dfsg-3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.8.7+dfsg-1 [alpha], 2.8.3+dfsg-1 [x32], 2.6+dfsg-1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the MUSE instrument
cpl-plugin-muse-calib (2.8.7+dfsg-3) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for MUSE
cpl-plugin-naco (4.4.11+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 4.4.9+dfsg-1 [x32], 4.4.6+dfsg-1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the NaCo instrument
cpl-plugin-naco-calib (4.4.11+dfsg-1) [contrib]
ESO data reduction pipeline NaCo calibration data downloader
cpl-plugin-uves (6.1.8+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 6.1.8+dfsg-1 [alpha], 6.1.3+dfsg-2+b1 [x32], 5.9.1+dfsg-1+b1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the UVES instrument
cpl-plugin-uves-calib (6.1.8+dfsg-2) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for UVES
cpl-plugin-vimos (4.1.7+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 4.1.7+dfsg-1 [alpha], 4.1.0+dfsg-1+b1 [x32], 3.2.3+dfsg-2+b1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the VIMOS instrument
cpl-plugin-vimos-calib (4.1.7+dfsg-2) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for VIMOS
cpl-plugin-visir (4.4.2+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 4.3.10+dfsg-2 [x32], 4.3.7+dfsg-1+b1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the VISIR instrument
cpl-plugin-visir-calib (4.4.2+dfsg-1) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for VISIR
cpl-plugin-xshoo (3.5.3+dfsg-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 3.5.3+dfsg-1+b2 [alpha], 3.5.0+dfsg-1+b1 [x32], 3.2.0+dfsg-1+b1 [sh4])
ESO data reduction pipeline for the XSHOOTER instrument
cpl-plugin-xshoo-calib (3.5.3+dfsg-1) [contrib]
ESO data reduction pipeline calibration data downloader for XSHOOTER
cpptraj (5.1.0+dfsg-3)
fast, parallelized molecular dynamics trajectory data analysis
cpuinfo (0.0~git20220617.082deff-1)
CPU INFOrmation library (binary utilities)
crac (2.5.2+dfsg-5+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64], 2.5.2+dfsg-5 [ia64])
integrated RNA-Seq read analysis
critterding (1.0-beta12.1-1.3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.0-beta12.1-1.3 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
évolution de la vie artificielle
ctdconverter (2.1-5)
Convert CTD files into Galaxy tool and CWL CommandLineTool files
ctsim (6.0.2-6+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 6.0.2-5 [m68k], 6.0.2-3 [alpha], 6.0.2-2 [ia64], 5.2.0-4 [x32])
Simulateur de tomographie calculée
ctsim-help (6.0.2-6)
fichier d’aide en ligne pour CTSim
cufflinks (2.2.1+dfsg.1-9) [non-free]
Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq
cutadapt (4.2-1)
Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads
cutesv (2.0.2-1)
comprehensive discovery of structural variations of genomic sequences
cwl-upgrader (1.2.4-1)
Common Workflow Language standalone document upgrader
cwlformat (2022.02.18-2)
code formatter for Common Workflow Language
cwltool (3.1.20230201224320-1)
implémentation de la référence du langage Common Workflow
daligner (1.0+git20210330.f61b8cf-1+b1 [riscv64], 1.0+git20210330.f61b8cf-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignements locaux parmi des lectures longues de séquençages de nucléotide
damapper (0.0+git20210330.ab45103-1+b1 [riscv64], 0.0+git20210330.ab45103-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
long read to reference genome mapping tool
darknet (0.0.0+git20180914.61c9d02e-2+b5 [riscv64], 0.0.0+git20180914.61c9d02e-2+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x], 0.0.0+git20180914.61c9d02e-2+b3 [alpha, m68k], 0.0.0+git20180914.61c9d02e-2+b2 [hppa], 0.0.0+git20180914.61c9d02e-2 [sparc64, x32])
réseaux neuronaux au code source ouvert en C
dascrubber (1.1-4+b1 [riscv64], 1.1-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignment-based scrubbing pipeline for DNA sequencing reads
datalad (0.18.1-2)
data files management and distribution platform
datalad-container (1.1.7-1)
DataLad extension for working with containerized environments
dawg (1.2-4+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.2-4 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
simulate the evolution of recombinant DNA sequences
dazzdb (1.0+git20220426.8a55f0e-1+b1 [riscv64], 1.0+git20220426.8a55f0e-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
manage nucleotide sequencing read data
dcl-f77 (7.5.1-1)
GFD-DENNOU Club Library (DCL) – version FORTRAN 77
dcm2niix (1.0.20220720-1)
convertisseur de dernière génération DICOM vers NIfTI
dcmtk (3.6.7-8+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 3.6.7-8 [alpha, m68k, sh4])
utilitaires en ligne de commande de la boîte à outils OFFIS DICOM
(3.1)
logo du mélange exclusif Debian Astronomie
deepnano (0.0+git20170813.e8a621e-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64], 0.0+20160706-1 [ia64, riscv64, x32])
alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences
deepnano-data (0.0+git20170813.e8a621e-4)
alternative basecaller for MinION reads of genomic sequences (data)
delly (1.1.6-1)
Structural variant discovery by read analysis
density-fitness (1.0.8-3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.0.8-2 [mips64el, mipsel], 1.0.3-1 [alpha], 1.0.0-4 [hppa, sh4], 1.0.0-3 [m68k])
Calculates per-residue electron density scores
dextractor (1.0-6)
(d)extractor and compression command library
dh-r (20230121)
outils d’aide de Debian pour empaqueter les bibliothèques R
dialign (2.2.1-11+b1 [riscv64], 2.2.1-11 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement de plusieurs séquences par segments
dialign-tx (1.0.2-14+b1 [amd64, riscv64], 1.0.2-14 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement séquentiel multiple basé sur les segments
dialign-tx-data (1.0.2-14)
alignement de plusieurs séquences par segments – fichiers de données
dials (3.12.1+dfsg3-4+b1)
Diffraction Integration for Advanced Light Sources
diamond-aligner (2.1.0-1 [amd64], 2.0.15-1+b1 [riscv64], 2.0.15-1 [arm64, ia64, ppc64, ppc64el, s390x], 0.9.32-2 [sh4], 0.9.31-2 [alpha, m68k], 0.9.31-1 [hppa, sparc64], 0.9.29+dfsg-2 [x32])
accelerated BLAST compatible local sequence aligner
dicomnifti (2.33.1-5+b1 [riscv64], 2.33.1-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Convertit les fichiers DICOM au format NIfTI
dimbl (0.15-2.1+b2 [riscv64], 0.15-2.1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
apprentissage automatique distribué
discosnp (1:2.6.2-1+b1 [riscv64], 1:2.6.2-1 [alpha, amd64, arm64, hppa, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, sparc64, x32], 1.2.6-2 [m68k, sh4])
détection du polymorphisme d'un seul nucléotide pour des ensembles bruts de lectures
disulfinder (1.2.11-12+b1 [riscv64], 1.2.11-12 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
prédiction de pont disulfure et de leur connectivité
disulfinder-data (1.2.11-12)
fichiers de données pour la prédiction de pont disulfure dans les protéines
dlmodelbox (1.1.1-1)
Swiss Army Knife of Deep Learning Models
dmrgpp (6.02-3+b1 [riscv64], 6.02-3 [amd64, arm64, armhf, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64])
algorithme de Groupe de Renormalisation de la Matrice Densité (DMRG)
dnaclust (3-7+b3 [riscv64], 3-7+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil de regroupement de millions de séquences courtes d’ADN
dnapi (1.1-3)
prédiction d’adaptateur pour de petits séquençages d’ARN – outils
dnarrange (1.5.3-1)
Method to find rearrangements in long DNA reads relative to a genome seq
doris (5.0.3~beta+dfsg-16) [contrib]
Delft object-oriented radar interferometric software
dotter (4.44.1+dfsg-7+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 4.44.1+dfsg-7+b1 [alpha])
comparaison détaillée de deux séquences génétiques
dozzaqueux (3.51-2.1)
simulateur pour des mélanges chimiques
dozzaqueux-data (3.51-2.1)
databases for chemical mixtures
dpuser (4.1+dfsg-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, riscv64, s390x], 4.1+dfsg-1+b1 [alpha, hppa, m68k, ppc64, x32], 4.1+dfsg-1 [mips64el, mipsel, sh4])
Interactive language for handling numbers, strings, and matrices
drawxtl (5.5-6)
visionneur de structures cristallographiques
drop-seq-testdata (2.5.2+dfsg-1)
analyzing Drop-seq data (testdata)
drop-seq-tools (2.5.2+dfsg-1)
analyzing Drop-seq data
drs4eb (5.0.6+git20211217+ds-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 5.0.6+git20211217+ds-2 [alpha], 5.0.6+git20211217+ds-1 [m68k, x32])
logiciel pour la carte d’évaluation de DSR4
drslib (0.3.1.p3-2)
Command-line tools for the Data Reference Syntax library
dsdp (5.8-10)
logiciel pour la programmation semi-définie positive
dssp (4.2.2-2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 4.2.1-1 [m68k, mips64el], 4.0.4-1 [alpha])
protein secondary structure assignment based on 3D structure
dwgsim (0.1.14-2)
short sequencing read simulator
dx (1:4.4.4-15+b1 [sparc64], 1:4.4.4-15 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32])
OpenDX (IBM Visualization Data Explorer) : paquet principal
dxf2gcode (20191025-2)
dessins de pièces pour des machines-outils à commande numérique
dxsamples (4.4.0-5)
Programmes d'exemples pour OpenDX Data Explorer
dyssol (1.1.0+ds1-3)
Tool for dynamic flowsheet simulation. Command line tool
dyssol-data (1.1.0+ds1-3)
Tool for dynamic flowsheet simulation. Data files
dyssol-gui (1.1.0+ds1-3)
outil pour la simulation dynamique de schéma de procédé – interface graphique
e-mem (1.0.1-5+b1 [riscv64], 1.0.1-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
calcul efficace des MEM pour de très grands génomes
e00compr (1.0.1-7)
programme de lecture et écriture de fichiers compressés E00 d’Arcinfo
ea-utils (1.1.2+dfsg-9+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.1.2+dfsg-9+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
command-line tools for processing biological sequencing data
easychem (0.6-9+b1 [riscv64], 0.6-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
trace des molécules et des formules chimiques 2D de haute qualité
ecaccess (4.0.1-1.1)
clients pour accéder aux fonctions du CEPMMT
ecflow-client (5.9.2-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 5.9.2-1 [alpha, mips64el], 5.9.0-1 [ia64], 5.8.4-2+b1 [x32], 5.8.4-2 [m68k, sh4])
outils client pour des flux de travaux météorologiques
ecflow-server (5.9.2-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 5.9.2-1 [alpha, mips64el], 5.9.0-1 [ia64], 5.8.4-2+b1 [x32], 5.8.4-2 [m68k, sh4])
contrôleur de flux de travaux météorologiques – serveur
ecopcr (1.0.1+dfsg-4+b1 [riscv64], 1.0.1+dfsg-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
estimate PCR barcode primers quality
ectrans-utils (1.1.0-4)
Spherical Harmonics Transforms library - utilities
edfbrowser (2.00+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4], 1.97+dfsg-1 [x32], 1.95+dfsg-1 [alpha, hppa, m68k, ppc64, sparc64])
visualisateur pour les fichiers de stockage biomédicaux tels que BDF et EDF
edlib-aligner (1.2.7-4+b1)
edlib sequence alignment tool using edit distance
edtsurf (0.2009-10+b1 [riscv64], 0.2009-10 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
surfaces de maillage triangulaire pour les structures de protéines
eigensoft (8.0.0+dfsg-1)
reduction of population bias for genetic analyses
elastix (5.0.1-4 [amd64], 4.5-4 [alpha, ppc64, x32], 4.4-2 [hppa])
Boîte à outils pour le recalage rigide et non-rigide d'images
elk-lapw (8.4.30-1+b1 [riscv64], 8.4.30-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
All-Electron Density-Functional Electronic Structure Code
elki (0.7.1-10.1)
cadriciel de développement pour des algorithmes d’exploration de données
elki-dev (0.7.1-10.1)
Data mining algorithm development framework - development files
elph (1.0.1-5+b1 [riscv64], 1.0.1-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
DNA/protein sequence motif finder
embassy-domainatrix (0.1.660-4+b1 [riscv64], 0.1.660-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
commandes supplémentaires EMBOSS pour manipuler un fichier de classification de domaines
embassy-domalign (0.1.660-4+b1 [riscv64], 0.1.660-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
commandes EMBOSS additionnelles pour l'alignement dans le domaine des protéines
embassy-domsearch (1:0.1.660-3)
commandes supplémentaires EMBOSS pour la recherche dans les domaines de la protéine
emboss (6.6.0+dfsg-12)
ensemble de logiciels libres pour la biologie moléculaire européenne
emboss-data (6.6.0+dfsg-12)
fichiers de données pour le paquet EMBOSS
emboss-explorer (2.2.0-11)
interface web graphique pour EMBOSS
emboss-lib (6.6.0+dfsg-12)
EMBOSS Libraries
emmax (0~beta.20100307-3)
cartographie génétique en fonction de la structure de la population
engauge-digitizer (12.1+ds.1-1+b1 [riscv64], 12.1+ds.1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
extraction interactive des valeurs depuis des images bitmap ou des cartes
ent (1.2debian-3+b1 [riscv64], 1.2debian-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
programme de test de séquences de nombres pseudo-aléatoires
epigrass (3.0.3+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 3.0.3+dfsg-2 [alpha, hppa, m68k, ppc64, sparc64], 2.6.0+dfsg-1 [x32], 2.4.7-2 [ia64, sh4])
Outil scientifique pour la simulation et l'analyse de sénarios dans des réseaux épidémiologiques
ergo (3.8-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 3.5-1 [sh4], 3.2.1-1 [x32])
Quantum chemistry program for large-scale calculations
ergo-data (3.8-1)
Quantum chemistry program for large-scale calculations - data package
eso-midas (22.02pl1.0-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 13.09pl1.4-1 [sparc64])
ESO-Midas (European Southern Observatory — Munich Image Data Analysis System)
eso-midas-testdata (22.02pl1.0-2)
Test data files for ESO-MIDAS
eso-pipelines (1.3)
ESO VLT Instrument pipeline collection
esorex (3.13.6+ds-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 3.12.3-1 [sparc64])
outils d’exécution pour des automatismes de l’Observatoire européen austral
estscan (3.0.3-6+b1 [riscv64], 3.0.3-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
détecteur indépendant du cadre de lecture ouvert pour les séquences codantes d’ADN
esys-particle (2.3.5+dfsg2-6+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 2.3.5+dfsg2-6 [alpha, hppa, m68k], 2.3.5+dfsg2-1+b2 [sh4, x32])
Software for particle-based numerical modelling (MPI version)
etsf-io (1.0.4-5)
Binary tools to check, merge and read ETSF files
examl (3.0.22-3+b1 [riscv64], 3.0.22-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
code Exascale Maximum Likelihood (ExaML) pour l’inférence phylogénétique
exonerate (2.4.0-5+b1 [riscv64], 2.4.0-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil générique pour la comparaison de deux séquences
expeyes (5.3.0+repack-2)
infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques
expeyes-clib (5.3.0+repack-2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 5.3.0+repack-1 [sparc64], 4.9.2+repack-3 [alpha], 4.9.2+repack-2 [m68k, x32], 4.8.8+repack-2 [sh4], 4.4.3+dfsg-1 [ia64])
infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques
eye (22.1201.1601~ds-1)
semantic web reasoning engine
eyes17 (5.3.0+repack-2)
infrastructure logicielle et matérielle pour développer des expériences scientifiques
eyes17-manuals-en (5.1.2+repack-1)
Eyes17 User Manuals (English version)
eyes17-manuals-es (5.1.2+repack-1)
Eyes17 User Manuals (Spanish version)
eyes17-manuals-fr (5.1.2+repack-1)
manuel d’utilisation d’EYES17 – version française
eyes17-manuals-ml (5.1.2+repack-1)
Eyes17 User Manuals (Malayalam version)
facet-analyser (0.0~git20221121142040.6be10b8+ds1-2)
ParaView plugin for facet detection and angles measurement
fast5 (0.6.5-7)
utilities for manipulating Oxford Nanopore Fast5 files
fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-1)
tools for searching collections of biological sequences
fastahack (1.0.0+dfsg-10)
utility for indexing and sequence extraction from FASTA files
fastani (1.33-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.33-2+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
Fast alignment-free computation of whole-genome Average Nucleotide Identity
fastaq (3.17.0-5)
outils de manipulation de fichiers FASTA ou FASTQ
fastdnaml (1.2.2-15+b1 [riscv64], 1.2.2-15 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil pour la construction d'arbres phylogénétiques de séquences d'ADN
fastlink (4.1P-fix100+dfsg-4+b1 [riscv64], 4.1P-fix100+dfsg-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
version plus rapide des programmes de généalogie génétique Linkage
fastml (3.11-3+b1 [riscv64], 3.11-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
reconstruction d’ancestrales séquences d’acide aminé par maximum de vraisemblance
fastp (0.23.2+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64], 0.23.2+dfsg-2 [alpha, ia64, m68k, ppc64, s390x, sh4, sparc64], 0.22.0+dfsg-2 [hppa, x32])
Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor
fastq-pair (1.0-3)
Rewrites paired end fastq so all reads have a mate to separate out singletons
fastqc (0.11.9+dfsg-6)
contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit
fastqtl (2.184+v7+dfsg-3)
mappage de LCQ (locus de caractères quantitatifs) dans cis pour les phénotypes moléculaires
fasttext (0.9.2+ds-1+b1)
bibliothèque pour l’apprentissage efficace de représentation de mots et de classification de phrases
fasttree (2.1.11-2+b1 [riscv64], 2.1.11-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines
fcc (2.8-1+b4 [mips64el], 2.8-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x], 2.8-1+b2 [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64], 2.8-1+b1 [ia64, riscv64])
Script to compile C/C++ programs and link to Fortran libraries
feedgnuplot (1.61-1)
frontal pour Gnuplot orienté tuyauterie (pipe)
feff85exafs (0.2+dfsg-2+b1 [riscv64], 0.2+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Open Source theoretical EXAFS calculations
ffindex (0.9.9.9-6)
index/base de données simple pour d'énormes quantités de petits fichiers
fiat-utils (1.0.0-4)
Fortran IFS and Arpege Toolkit - utilities
figtree (1.4.4-5)
visionneuse d'arbres phylogénétiques sous forme graphique
filtlong (0.2.1-3)
quality filtering tool for long reads of genome sequences
filtlong-data (0.2.1-3)
filtrage de lectures longues selon leur qualité de séquences de génome – données de test
finalcif (113+dfsg-2)
editor for Crystallographic Information Format
firm-phoenix-ware (4.7.5+repack-1)
microprogramme nécessaires pour les systèmes publiés par le projet PHOENIX
fitgcp (0.0.20150429-5)
fitting genome coverage distributions with mixture models
fitscut (1.4.4-5+b3 [riscv64], 1.4.4-5+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Extract cutouts from FITS image format files
fitsh (0.9.4-1+b1 [riscv64], 0.9.4-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Software package for astronomical image processing
fitspng (2.0-1+b2 [riscv64], 2.0-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
FITS to PNG converter
fitsverify (4.20-4+b2 [riscv64], 4.20-4+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil de vérification de format d’un fichier FITS
fityk (1.3.2-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.3.2-2 [alpha], 1.3.2-1 [m68k, x32], 1.3.1-5 [ia64])
ajustement de courbes et analyse de données non linéaires d’usage général
flash (1.2.11-2+b1 [riscv64], 1.2.11-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Fast Length Adjustment of SHort reads
flexbar (1:3.5.0-4)
code-barres flexible et suppression de l'adaptation pour les plateformes de séquençage
flextra (5.0-16+b1 [riscv64], 5.0-16 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
modèle de trajectoire pour tracer les phénomènes de transport aérien
flye (2.9.1+dfsg-1)
de novo assembler for single molecule sequencing reads using repeat graphs
fml-asm (0.1+git20190320.b499514-1+b1)
outil pour l’assemblage Illumina de lectures courtes pour de petites régions
foma (1:0.10.0+s311-1)
Tools for constructing various finite-state automata
foma-bin (1:0.10.0+s311-1)
Transitional package for foma
form (4.3.0+git20230104+ds-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 4.2.1+git20200217-1 [ia64])
système de manipulation symbolique
fractalnow (0.8.2-5)
générateur rapide et avancé de fractales
(3.0.17+ds-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.4.77-1.2 [alpha, hppa])
Free42 est une réimplémentation du calculateur HP-42S
freebayes (1.3.6-2)
détection bayésienne de polymorphismes basée sur les haplotypes et génotypage
freecad (0.20.2+dfsg1-3 [all], 0.16.6712+dfsg1-3 [alpha, m68k, x32], 0.16.6712+dfsg1-1+b1 [sh4, sparc64], 0.16+dfsg2-3 [hppa])
programme extensible et au code source ouvert de CFAO
freecad-common (0.20.2+dfsg1-3)
Extensible Open Source CAx program - common files
freecad-python3 (0.20.2+dfsg1-3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.19.4+dfsg1-1+b2 [ppc64])
programme extensible et au code source ouvert de CFAO – binaires en Python 3
freecontact (1.0.21-12)
prédicteur rapide de contact de protéine
freesasa (2.1.2-1)
Solvent Accessible Surface Area of biomolecules
frog (0.20-2+b3)
tagger and parser for natural languages (runtime)
frogdata (0.18-2)
Data files for Frog
fsa (1.15.9+dfsg-6+b1 [riscv64], 1.15.9+dfsg-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64])
Fast Statistical Alignment of protein, RNA or DNA sequences
fsm-lite (1.0-8)
frequency-based string mining (lite)
ftools-fv (5.5.2+dfsg-1)
outil pour afficher et éditer des fichiers au format FITS
ftools-pow (5.5.2+dfsg-1+b2 [riscv64], 5.5.2+dfsg-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Curve plotting and image display interface tool
funtools (1.4.8-1)
Minimal buy-in FITS utility package
fxt-tools (0.3.13-2)
bibliothèque de traçage multifil
g3data (1:1.5.3-3.1)
Extrait les données depuis des graphiques numérisés
gabedit (2.5.1+ds-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 2.5.1+ds-1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
interface utilisateur graphique pour paquets Ab Initio
galileo (0.5.1-9.1)
utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit avec le service web de Fitbit
galileo-daemon (0.5.1-9.1)
utilitaire pour synchroniser solidement un périphérique Fitbit – démon
gamgi (0.17.5-1)
interface graphique de modélisation atomique générale (GAMGI)
gamgi-data (0.17.5-1)
General Atomistic Modelling Graphic Interface (data)
garli (2.1-7+b1 [riscv64], 2.1-7 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood
garli-examples (2.1-7)
phylogenetic analysis of molecular sequence data (examples)
garli-mpi (2.1-7+b1 [riscv64], 2.1-7 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
phylogenetic analysis of molecular sequence data using maximum-likelihood (MPI)
garlic (1.6-3+b1 [amd64], 1.6-3 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
logiciel de visualisation de biomolécules
gasic (0.0.r19-8)
genome abundance similarity correction
gasic-examples (0.0.r19-8)
genome abundance similarity correction (example data)
gatb-core (1.4.2+dfsg-11 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sparc64, x32], 1.4.2+dfsg-10 [hppa])
Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph
gatb-core-testdata (1.4.2+dfsg-11)
Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph (test data)
gausssum (3.0.2-2)
analyse et affichage de sorties Gaussian, GAMESS…
gazebo (11.10.1+dfsg-2+b2)
simulateur de robots au source ouvert – exécutables
gazebo-common (11.10.1+dfsg-2)
simulateur de robots au source ouvert – fichiers communs
gazebo-plugin-base (11.10.1+dfsg-2+b2)
simulateur de robots au source ouvert – greffons de base
gazebo7 (7.8.1+dfsg-4+b1 [m68k, sh4], 7.5.0+dfsg-1 [hppa]) [debports]
simulateur de robots au source ouvert – exécutables
gazebo7-plugin-base (7.8.1+dfsg-4+b1 [m68k, sh4], 7.5.0+dfsg-1 [hppa]) [debports]
simulateur de robots au source ouvert – greffons de base
gbrowse (2.56+dfsg-11)
navigateur de génome générique GMOD
gbrowse-calign (2.56+dfsg-11+b1)
outil auxiliaire CAlign
gbrowse-data (2.56+dfsg-11)
données d’échantillon pour utiliser GBrowse
gbutils (6.3-1+b1 [riscv64], 6.3-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
utilities for command line econometrics
gchempaint (0.14.17-6.1+b1 [riscv64], 0.14.17-6.1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x, sh4, sparc64], 0.14.17-1+b1 [ppc64], 0.14.15-1 [alpha, x32])
éditeur 2D de structures chimiques pour le bureau GNOME2
gcrystal (0.14.17-6.1+b1 [riscv64], 0.14.17-6.1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x, sh4, sparc64], 0.14.17-1+b1 [ppc64], 0.14.15-1 [alpha, x32])
visualiseur léger de structures cristallines
gcu-bin (0.14.17-6.1+b1 [riscv64], 0.14.17-6.1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x, sh4, sparc64], 0.14.17-1+b1 [ppc64], 0.14.15-1 [alpha, x32])
outils GNOME pour la chimie – applications auxiliaires
gcu-plugin (0.14.17-1+b1 [ppc64], 0.14.15-1 [alpha, x32]) [debports]
GNOME chemistry utils (browser plugin)
gcx (1.3-1.1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 1.3-1.1+b2 [ppc64, riscv64], 1.3-1.1+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32])
application en Gtk+ de traitement d’images astronomiques et de photométrie
gdal-bin (3.6.2+dfsg-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 3.6.2+dfsg-1+b1 [alpha, m68k], 3.6.2+dfsg-1 [ia64], 3.6.1+dfsg-1+b1 [x32], 3.3.3+dfsg-2 [sh4])
Bibliothèque d'abstraction de données géospatiales - outils
gdal-data (3.6.2+dfsg-1)
Geospatial Data Abstraction Library - Data files
gdal-plugins (3.6.2+dfsg-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 3.6.2+dfsg-1+b1 [alpha, m68k], 3.6.2+dfsg-1 [ia64], 3.6.1+dfsg-1+b1 [x32])
Geospatial Data Abstraction Library - Plugins
gdis (0.90-6+b2 [riscv64], 0.90-6+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
visualisateur de modèle de molécule et de cristal
gdis-data (0.90-6)
visualisateur de modèle de molécule et de cristal — fichiers de données
gdl-astrolib (2022.06.02+dfsg-1)
Low-level astronomy software for GDL
gdl-coyote (2022.04.12-1)
GDL library from D. Fannings IDL courses
gdl-mpfit (1.85+2017.01.03-4)
Robust non-linear least squares curve fitting for GDL
gdpc (2.2.5-15+b1 [riscv64], 2.2.5-15 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, x32], 2.2.5-11 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64])
Visualisateur de simulations de dynamique moléculaire
gdpc-examples (2.2.5-15)
fichiers d’exemples pour le programme gdpc
gelemental (2.0.1-2)
visionneuse de tableau périodique des éléments
gemma (0.98.5+dfsg-2)
Genome-wide Efficient Mixed Model Association
gemma-doc (0.98.5+dfsg-2)
Example folder for GEMMA
gemmi (0.5.7+ds-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.4.9+ds-1 [ia64])
bibliothèque pour la biologie structurale – exécutable
genometester (4.0+git20200511.91cecb5+dfsg-1+b1 [riscv64], 4.0+git20200511.91cecb5+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
toolkit for performing set operations on k-mer lists
genomethreader (1.7.3+dfsg-7)
software tool to compute gene structure predictions
genometools (1.6.2+ds-3)
boîte à outils polyvalente d'analyse du génome
genometools-common (1.6.2+ds-3)
shared data files for GenomeTools
genomicsdb-tools (1.4.4-2+b2)
sparse array storage library for genomics (tools)
gentle (1.9+cvs20100605+dfsg1-10+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.9+cvs20100605+dfsg1-10 [alpha], 1.9+cvs20100605+dfsg1-9 [m68k, x32], 1.9+cvs20100605+dfsg1-8 [ia64])
ensemble de logiciels pour planifier le clonage génétique
geographiclib-tools (2.1.2-1)
bibliothèque C++ pour résoudre des problèmes géodésiques –⋅outils
geotiff-bin (1.7.1-2+b1)
bibliothèque GeoTIFF (geografic enabled TIFF) – outils
gerris (20131206+dfsg-19+b1 [m68k, sh4], 20131206+dfsg-19 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32])
solveur hydrodynamique Gerris
getdata (0.2-4)
management of external databases
gff2aplot (2.0-14+b2 [mipsel], 2.0-14+b1 [riscv64], 2.0-14 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
tracés d'alignements par paires pour les séquences génomiques avec PostScript
gff2ps (0.98l-6)
Produit des graphiques PostScript à partir de fichiers GFF
gffread (0.12.7-3)
GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction
gfsview (20121130+dfsg-7+b1 [m68k, sh4], 20121130+dfsg-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32])
visualisateur graphique de fichiers de simulation avec Gerris
gfsview-batch (20121130+dfsg-7+b1 [m68k, sh4], 20121130+dfsg-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32])
visualisateur graphique de fichiers de simulation avec Gerris – traitement par lot
gftl-dev (1.3.0+is-really-1.2.7-1)
Containers and iterators for Fortran
gftl-shared-dev (1.0.7-2+b1 [riscv64], 1.0.7-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Common gFTL containers of Fortran intrinsic types
ggd-utils (1.0.0+ds-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.0.0+ds-1+b2 [alpha, ppc64, x32], 1.0.0+ds-1+b1 [sparc64])
programs for use in ggd
ghkl (5.0.0.3001-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 5.0.0.3001-1 [alpha, hppa, m68k, sparc64], 5.0.0.2661-1+b1 [x32], 5.0.0.2173-2+b1 [sh4])
application de contrôle de calculs de diffractomètre
ghmm (0.9~rc3-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 0.9~rc3-2 [sh4, x32])
General Hidden-Markov-Model library - tools
ginga (4.0.1-1)
Astronomical image viewer
gjh-asl-json (0.0+git20210628.867c5da-1+b1 [riscv64], 0.0+git20210628.867c5da-1 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64])
gjh solver, like solver from AMPL Library
glam2 (1064-9+b1 [riscv64], 1064-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
motifs de protéines lacunaires de séquences non alignées
gliese (3.0.95-2) [non-free]
stellar data set from the Third Catalogue of Nearby Stars
glueviz (1.0.1+dfsg-2)
Linked data visualization
gmap (2021-12-17+ds-3)
alignement d’épissage et tolérante sur les SNP pour les lectures courtes et mNRA
gmt (6.4.0+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 6.3.0+dfsg-2 [sh4])
outils de cartographie générique
gmt-common (6.4.0+dfsg-2)
Generic Mapping Tools - Architecture-independent files
gmt-dcw (2.1.1-1)
Digital Chart of the World (DCW) for GMT
gmt-gshhg (2.3.7-6)
Global Self-consistent Hierarchical High-resolution Geography (GSHHG)
gmt-gshhg-full (2.3.7-6)
trait de côte de haute résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)
gmt-gshhg-high (2.3.7-6)
traits de côte dans une haute résolution pour GMT (Generic Mapping Tools)
gmt-gshhg-low (2.3.7-6)
Low resolution coastlines for the Generic Mapping Tools
gnuastro (0.19-1+b2)
GNU Astronomy Utilities programs
goby-java (3.3.1+dfsg2-9)
next-generation sequencing data and results analysis tool
gpaw (22.8.0-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 22.8.0-1 [alpha, hppa, m68k, sparc64], 20.1.0-2 [x32], 1.3.0-1 [sh4])
DFT and beyond within the projector-augmented wave method
gpaw-data (0.9.20000-2)
gpaw datasets/setups
gperiodic (3.0.3-1)
Table périodique des éléments
gpx (2.6.8-1+b1 [riscv64], 2.6.8-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
post-traitement de conversion gcode vers x3g
grabix (0.1.7-4)
wee tool for random access into BGZF files
graphlan (1.1.3-4)
circular representations of taxonomic and phylogenetic trees
grass (8.2.1-1)
système de gestion et d’analyse de ressources géographiques – SIG GRASS
grass-core (8.2.1-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 8.2.0-3 [alpha, m68k, x32], 7.8.6-1+b2 [sh4], 7.8.3-1+b1 [ia64])
composants centraux du SIG GRASS
grass-gui (8.2.1-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 8.2.0-3 [alpha, m68k, x32], 7.8.6-1+b2 [sh4], 7.8.3-1+b1 [ia64])
interfaces utilisateur graphiques pour le SIG GRASS
gravit (0.5.1+dfsg-6)
simulateur de gravité à couper le souffle
gravit-data (0.5.1+dfsg-6)
fichiers de données pour Gravit
gri (2.12.27-1.1)
langage pour l'illustration scientifique
grinder (0.5.4-6)
simulateur polyvalent de lecture de séquençage global et d'amplicon omiques
gromacs (2022.4-2 [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 2021.4-2 [hppa, m68k, sh4, x32], 2020.5-4 [alpha])
Simulateur de dynamique moléculaire avec outils d'analyse et de préparation
gromacs-data (2022.4-2)
simulateur de dynamique moléculaire GROMACS – données et documentation
gromacs-mpi (2021.4-2) [debports]
Molecular dynamics sim, binaries for MPI parallelization
gromacs-mpich (2020.5-4) [debports]
simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec MPICH
gromacs-openmpi (2020.5-4) [debports]
simulation de dynamique moléculaire, binaires pour la parallélisation avec OpenMPI
gsort (0.1.4-3+b9 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 0.1.4-3+b6 [riscv64], 0.1.4-3+b3 [ppc64, x32], 0.1.4-3+b1 [sparc64], 0.1.4-3 [alpha])
sort genomic data
gubbins (2.4.1-5 [amd64, i386], 2.3.5-1 [alpha, m68k, ppc64, riscv64])
phylogenetic analysis of genome sequences
gvb (1.4-1.1)
visual simulator of 1 and 2-dimensional vibrations
gwama (2.2.2+dfsg-5+b1 [riscv64], 2.2.2+dfsg-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Genome-Wide Association Meta Analysis
gwyddion (2.62-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 2.59-1+b1 [ia64])
outil d'analyse et de visualisation de données SPM (« Scanning Probe Microscopy »)
gwyddion-common (2.62-1)
fichiers indépendants de l’architecture pour Gwyddion, outil d’analyse SPM
gyoto (1.4.4-8)
General relativistic geodesic integration and ray-tracing
gyoto-bin (1.4.4-8+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 1.4.4-8 [alpha], 1.4.4-7+b2 [ia64], 1.4.4-7+b1 [m68k], 1.4.4-7 [sh4], 1.2.0-4+b5 [x32])
General relativistic ray-tracing command-line interface
h5utils (1.13.2-1)
outils de visualisation de fichiers HDF5
harminv (1.4.1-4)
extraction of complex frequencies and amplitudes from time series
harvest-tools (1.3-8+b2)
archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »
hdf-compass (0.7~b8-3)
visualisateur pour les formats HDF5 et apparentés
hdf5-filter-plugin (0.0~git20221111.49e3b65-4)
external filters for HDF5: LZ4, BZip2, Bitshuffle
hdf5-filter-plugin-blosc-serial (0.0~git20220616.9683f7d-5)
blocking, shuffling and lossless compression library
hdf5-filter-plugin-zfp-serial (1.1.0+git20221021-4)
Compression plugin for the HDF5 library using ZFP compression
hdf5-helpers (1.10.8+repack1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.10.8+repack-4 [hppa], 1.10.8+repack-1 [m68k, sh4])
HDF5 – assistants
hdf5-plugin-zfp (1.1.0+git20221021-2) [debports]
Compression plugin for the HDF5 library using ZFP compression
hdf5-plugin-zfp
paquet virtuel fourni par hdf5-filter-plugin-zfp-serial
hdf5-tools (1.10.8+repack1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.10.8+repack-4 [hppa], 1.10.8+repack-1 [m68k, sh4])
HDF5 – outils d'exécution
herisvm (0.9.0-2)
machine learning tools for classification algorithms
heudiconv (0.11.6-1)
DICOM converter with support for structure heuristics
hfst (3.16.0-4+b3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 3.16.0-4+b1 [sh4], 3.15.4-2 [m68k])
technologie des transducteurs finis Helsinki
hfst-ospell (0.5.3-1+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 0.5.2-1 [sparc64])
Spell checker library and tool based on HFST
hhsuite (3.3.0+ds-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 3.3.0+ds-2 [hppa, ppc64, sparc64])
recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM
hhsuite-data (3.3.0+ds-7)
recherche de séquence de protéines basée sur l’alignement HMM-HMM – données
hilive (2.0a-3+b3 [riscv64], 2.0a-3+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement en temps réel des lectures Illumina
hinge (0.5.0-7+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64], 0.5.0-7 [m68k], 0.5.0-6 [x32], 0.5.0-2 [alpha, hppa, ppc64, sparc64])
assembleur de lectures longues de génome basé sur des « pivots »
hisat2 (2.2.1-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 2.2.1-3+b1 [m68k], 2.2.0-2 [x32])
graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
hmmer (3.3.2+dfsg-1 [amd64, i386, ppc64, x32], 3.1b2-1 [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64])
Prépare des modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
hmmer2 (2.3.2+dfsg-8)
Prépare des modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences
hodie (1.5.0-2)
affichage de la date en latin
horae (071~svn537+ds1-1) [contrib]
interactive graphical processing and analysis of EXAFS data
hpcc (1.5.0-3+b1 [riscv64], 1.5.0-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64], 1.5.0-1 [sh4])
mesureur de performance HPC Challenge
htcondor (8.6.8~dfsg.1-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 8.4.2~dfsg.1-1 [hppa], 8.2.3~dfsg.1-5 [alpha])
distributed workload management system
hts-nim-tools (0.2.1-1+b1 [riscv64], 0.2.1-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, sparc64])
tools biological sequences: bam-filter, count-reads, vcf-check
hyphy-common (2.5.46+dfsg-1)
test statistique en utilisant des phylogénies – fichiers communs
hyphy-mpi (2.5.46+dfsg-1)
Hypothesis testing using Phylogenies (MPI version)
hyphy-pt (2.5.46+dfsg-1)
Hypothesis testing using Phylogenies (pthreads version)
i2masschroq (0.4.54-1)
Successor of X!TandemPipeline
i2masschroq-tools (0.4.54-1)
X!Tandem-related utilities for timsTOF pro and modern mzML data
idba (1.1.3-8)
iterative De Bruijn Graph short read assemblers
idba-extra (1.1.3-8)
iterative De Bruijn Graph short read assemblers (extra tools)
idseq-bench (0.0~git20210602.27fb6dc-1)
Benchmark generator for the IDseq Portal
ifeffit (2:1.2.11d-12.5)
Interactive XAFS analysis program
igblast (1.19.0-1+b1)
Immunoglobulin and T cell receptor variable domain sequence analysis
igdiscover (0.11-3)
analyzes antibody repertoires to find new V genes
ignition-common-cli (4.5.1+ds-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4], 4.5.1+ds-2 [ia64])
Collection of useful code used by robotics apps - CLI tools
ignition-transport-cli (11.0.0+ds-4+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 11.0.0+ds-4 [hppa])
Ignition Robotics transport Library - CLI tools
igor (1.4.0+dfsg-4)
infers V(D)J recombination processes from sequencing data
igv (2.16.0+dfsg-1)
Integrative Genomics Viewer
iitii (0.0+git20191030.85209e0-2+b1 [riscv64], 0.0+git20191030.85209e0-2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, s390x, sh4, x32])
Implicit Interval Tree with Interpolation Index
illustrate (0.0+git20200923.217db48-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.0+git20200923.217db48-2 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
cartoonish representations of large biological molecules
imagej (1.53t-1)
programme de traitement d’image ciblant les images de microscopie
imview (1.1.9h-4+b2 [riscv64], 1.1.9h-4+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Application de visualisation et d'analyse d'images
indelible (1.03-5+b1 [riscv64], 1.03-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
powerful and flexible simulator of biological evolution
indi-aagcloudwatcher-ng (1.7+20230106180155-1)
pilote INDI pour l’appareil Cloud Watcher d’AAG
indi-aok (2.0+20221222093242-1)
pilote INDI pour AOK Skywalker
indi-apogee (1.9+20221223184417-1)
INDI driver for Apogee CCDs and Filter Wheels
indi-armadillo-platypus (1.0+20221226082641-1)
INDI driver for Lunatico Astronomia Armadillo and Platypus
indi-asi (2.2+20221225102500-1) [contrib]
INDI Driver for ZWO Optics ASI cameras
indi-astrolink4 (0.1+20221223182627-1)
INDI driver for Astrolink 4.0 devices
indi-astromechfoc (0.2+20221223181816-1)
INDI driver for Astromechanics Canon Lens Controller
indi-avalon (1.12+20221223132122-1)
INDI driver for Avalon Instruments mounts
indi-beefocus (0.1+20221222010828-1)
INDI driver for Bee Focus
indi-bresserexos2 (1.0+20221223130124-1)
pilote INDI pour la monture de télescope Exos II GoTo
indi-dreamfocuser (2.1+20221223125100-1)
INDI driver for DeamFocuser focuser
indi-dsi (0.4+20221223123028-1)
INDI driver for Meade DSI Pro I/II/III
indi-eqmod (1.0+20230126190232-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32], 1.0+20220611123707-1 [alpha, m68k, sh4, sparc64])
pilote INDI pour EQMod
indi-ffmv (0.3+20221223120905-1)
INDI driver for Point Grey Firefly MV cameras
indi-fishcamp (1.1-1) [contrib]
INDI driver for Fishcamp Engineering CCD
indi-fli (1.5+20221225141318-1)
INDI driver for FLI CCD & Focuser
indi-gige (0.1+20221223115700-1)
INDI driver for GigE machine vision cameras
indi-gphoto (3.2+20221221172841-1)
INDI driver for GPhoto (DSLR) Cameras
indi-gpsd (0.5+20221222000619-1)
INDI driver for gpsd GPS daemon
indi-gpsnmea (0.2+20221223114018-1)
pilote INDI pour les transmissions GPS NMEA
indi-inovaplx (1.4+20221221105828-1) [contrib]
INDI driver for iNova PLX Cameras
indi-limesdr (1.4+20221223110308-1)
INDI driver for LimeSDR (LMS7) Receiver
indi-maxdomeii (1.3+20221223105522-1)
INDI driver for MaxDome II dome control system
indi-mgen (0.1+20221222184336-1)
INDI driver for Lacerta MGen Autoguider
indi-mi (1.8-1) [contrib]
INDI driver for cameras made by Moravian Instruments
indi-nexdome (1.5+20221222183051-1)
pilote INDI pour NextDome
indi-nightscape (1.0.6+20221222181314-1)
INDI driver for Celestron Nightscape 8300
indi-orion-ssg3 (0.1+20221222180647-1)
INDI Driver for Orion StarShoot G3 and G4 cameras
indi-pentax (1.0+20221221102411-1) [contrib]
INDI driver for Pentax cameras
indi-playerone (0.9+20230105184731-1) [contrib]
INDI driver for cameras made by Playerone
indi-rtklib (1.0+20221222172722-1)
INDI driver for precise positioning with RTKLIB
indi-sbig (2.1+20221220234924-1) [contrib]
INDI driver for SBIG cameras
indi-shelyak (1.0+20221222171819-1)
INDI driver for Shelyak and Alpy Spectrograph
indi-spectracyber (1.3+20221222164952-1)
pilote INDI pour le spectromètre de raie à 21 cm
indi-starbook (0.8+20221222163625-1)
INDI driver for Vixen Starbook telescope controllers
indi-starbook-ten (0.1-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.1-2 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
INDI driver for Vixen Starbook Ten telescope controllers
indi-sx (1.16+20221222162728-1)
INDI driver for Starlight Xpress CCD and Filter Wheel
indi-talon6 (2.0+20221222160901-1)
INDI driver for Talon6 Roll Off Roof
indi-webcam (1.0+20221222161740-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.0+20220612092001-1 [ia64])
INDI Driver for web cameras
indi-weewx-json (1.0-1+b1 [amd64], 1.0-1 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32])
INDI driver for the WeeWX Weather Station
indigo-utils (1.2.3-3.1)
Organic Chemistry Toolkit Utilities
infernal (1.1.4-1 [amd64, i386, x32], 1.0.2-2 [alpha, m68k, ppc64, sh4, sparc64], 1.0.2-1 [hppa])
inférence d’alignements structurels secondaires d’ARN
inhomog (0.1.9.2-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 0.1.9.2-1+b2 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, riscv64, sh4, sparc64, x32])
kinematical backreaction and average scale factor evolution
inkscape-speleo (1.8-4)
Inkscape plugin to help draw surveys
inkscape-survex-export (2.0-1)
greffon d’Inkscape pour numériser les impressions de levé
insilicoseq (1.5.4-6)
sequencing simulator producing realistic Illumina reads
ipig (0.0.r5-4+b1 [riscv64], 0.0.r5-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
intégration de PSM dans des visualisations de navigateur de génome
iqtree (2.0.7+dfsg-1)
efficient phylogenetic software by maximum likelihood
iraf (2.17-4)
Image Reduction and Analysis Facility
iraf-dev (2.17-4)
Image Reduction and Analysis Facility (development files)
iraf-fitsutil (2018.07.06-4+b3 [riscv64], 2018.07.06-4+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, x32])
FITS utilities for IRAF
iraf-mscred (5.05+2018.07.09-1+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, x32], 5.05+2018.07.09-1+b3 [alpha])
CCD mosaic reduction package for IRAF
iraf-noao (2.17-4)
paquet d’IRAF du NOAO pour la réduction de données
iraf-noao-dev (2.17-4)
IRAF NOAO data reduction package (development files)
iraf-rvsao (2.8.5-1+b2 [riscv64], 2.8.5-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, x32])
IRAF package to obtain radial velocities from spectra
iraf-sptable (1.0~pre20180612-2+b3 [riscv64], 1.0~pre20180612-2+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, x32])
IRAF package for Tabular Spectra
iraf-wcstools (3.9.7-1)
prise en charge du WCS d’une image FITS – paquet pour IRAF
irstlm (6.00.05-3+b1)
boîte à outils de modélisation de langage IRST
ismrmrd-schema (1.8.0-2)
schema for ISMRMRD
ismrmrd-tools (1.8.0-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 1.8.0-2 [hppa], 1.3.2-2 [sparc64])
command-line tools for ISMRMRD
iso2mesh-demos (1.9.6+ds-7)
fichiers d’échantillon et scripts de démo pour la boite à outils Iso2Mesh
iso2mesh-tools (1.9.6+ds-7)
3D mesh generation and repairing utilities
itksnap (3.6.0-5 [amd64, i386], 2.2.0-1.1 [alpha, hppa, ppc64, x32])
segmentation semi-automatique de structures pour les images en 3D
iva (1.0.11+ds-3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4], 1.0.9+ds-10 [x32])
assemblage itératif de séquences virales
ivar (1.3.1+dfsg-7)
fonctions largement utiles pour le séquençage de virus basé sur les amplicons
jaligner (1.0+dfsg-10)
algorithme de Smith-Waterman avec l'amélioration de Gotoh
jalview (2.11.2.5+dfsg-2)
multiple alignment editor
jblas (1.2.4-3+b1 [riscv64], 1.2.4-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.2.4-1 [hppa])
bibliothèque rapide d'algèbre linéaire pour Java
jellyfish (2.3.0-15+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, ppc64el, riscv64], 2.3.0-12 [ia64])
count k-mers in DNA sequences
jellyfish-examples (2.3.0-15)
count k-mers in DNA sequences (examples for testing)
jellyfish1 (1.1.11-8+b1 [riscv64], 1.1.11-8 [amd64, arm64, hppa, ia64, mips64el, ppc64el], 1.1.11-7 [alpha, ppc64, sparc64, x32])
count k-mers in DNA sequences
jemboss (6.6.0+dfsg-12)
interface graphique pour EMBOSS
jmodeltest (2.1.10+dfsg-12)
sélection par calculs intensifs de modèle de substitution de nucléotide
jmol (14.32.83+dfsg-1)
visualisateur moléculaire
jnifti-demos (0.6-2)
sample files and demo scripts for JNIfTI toolbox
jsamp (1.3.7-1)
Java Simple Application Messaging Protocol tool for VO
jube (2.5.1-1)
JUBE Benchmarking Environment
jupyter-notebook (6.4.12-2.1)
notebook interactif de Jupyter
kalign (1:3.3.4-3)
Alignement séquentiel multiple global et progressif
kallisto (0.48.0+dfsg-3 [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 0.48.0+dfsg-2 [ia64], 0.46.2+dfsg-3 [hppa, m68k, sh4, x32])
near-optimal RNA-Seq quantification
kallisto-examples (0.48.0+dfsg-3)
near-optimal RNA-Seq quantification (example data)
kalzium (4:22.12.1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4], 4:22.12.0-2 [m68k, x32], 4:19.08.1-1 [sparc64])
outil de table périodique et de chimie
kalzium-data (4:22.12.1-1)
fichiers de données pour Kalzium
kaptive (2.0.4-1)
obtain information about K and O types for Klebsiella genome assemblies
kaptive-data (2.0.4-1)
reference data for kaptive for Klebsiella genome assemblies
kaptive-example (2.0.4-1)
données d’exemples pour kaptive pour des assemblages du génome de klebsiella
khmer (3.0.0~a3+dfsg-4+b2 [amd64], 2.1.2+dfsg-9 [ia64], 2.0+dfsg-5 [sparc64])
comptage k-mer, filtrage et parcours de graphe de séquences d’ADN en mémoire vive
khmer-common (3.0.0~a3+dfsg-4)
fichiers communs pour les outils du projet khmer
kineticstools (0.6.1+git20220223.1326a4d+dfsg-2)
detection of DNA modifications
kineticstools-data (0.6.1+git20220223.1326a4d+dfsg-2)
détection de modifications d’ADN – fichiers de données
king-probe (02.21-1+b1 [riscv64], 02.21-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Evaluate and visualize protein interatomic packing
kissplice (2.6.2-2 [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sparc64], 2.5.3-1 [x32], 2.2.1-1 [alpha, m68k], 2.1.0-1 [hppa, sh4])
détection de diverses sortes de polymorphismes dans les données du séquençage de l'ARN
kleborate (2.2.0-1+b1 [riscv64], 2.2.0-1 [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x], 2.1.0-2 [m68k])
tool to screen Klebsiella genome assemblies
kleborate-examples (2.2.0-1)
outil pour filtrer des assemblages de génome de klebsiella – exemple de données
klustakwik (3.0.2+ds-2+b1 [riscv64], 3.0.2+ds-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
classement automatique des échantillons (pics) dans des regroupements
kma (1.4.11-1 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.3.23-1 [hppa, m68k, sh4])
mapping genomic sequences to raw reads directly against redundant databases
kmc (3.2.1+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 3.1.1+dfsg-4 [ia64], 2.3+dfsg-10 [x32])
décompte de k-mers dans des séquences de génome
kmer (0~20150903+r2013-8)
suite of tools for DNA sequence analysis
kmer-examples (0~20150903+r2013-8)
sample data for kmer suite of tools for DNA sequence analysis
kmerresistance (2.2.0-4)
correlates mapped genes with the predicted species of WGS samples
konclude (0.7.0+1138+git20220514~dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.7.0+1138~dfsg-1 [alpha])
raisonneur de logique descriptive basé sur les tableaux pour le web sémantique
kraken (1.1.1-4 [alpha, amd64, arm64, hppa, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sparc64, x32], 0.10.5~beta-4 [m68k, sh4])
assigning taxonomic labels to short DNA sequences
kraken2 (2.1.2-2)
taxonomic classification system using exact k-mer matches
kst (2.0.8-5+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 2.0.8-5+b2 [hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64], 2.0.8-5+b1 [x32], 2.0.8-5 [alpha])
outil scientifique de tracé de données
kstars (5:3.6.2-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x, sh4], 5:3.5.9-1 [x32], 5:3.5.7-1 [ppc64], 4:16.08.3-2 [sparc64])
planétarium de bureau, planification d’observations et contrôle de télescope
kstars-data (5:3.6.2-2)
fichiers de données pour le planétarium KStars
kstars-data-extra-tycho2 (1.1r1-9.1) [non-free]
Tycho-2 star catalog for KStars
kxterm (20061220+dfsg3-4.4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 2006.dfsg.2-2 [m68k])
Suite d'analyse de données CERNLIB - émulateur de terminal KUIP
lagan (2.0-9+b1 [riscv64], 2.0-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
highly parametrizable pairwise global genome sequence aligner
lamarc (2.1.10.1+dfsg-7+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 2.1.10.1+dfsg-7 [alpha], 2.1.10.1+dfsg-6 [m68k, x32], 2.1.10.1+dfsg-4 [ia64])
analyse de vraisemblance avec l’algorythme de Metropolis en utilisant la théorie de la coalescence
lamassemble (1.4.2-5)
Merges overlapping "long" DNA reads into a consensus sequences
lambda-align (1.0.3-6)
Local Aligner for Massive Biological DatA
lambda-align2 (2.0.0-9 [amd64], 2.0.0-6 [hppa, m68k, ppc64, riscv64, sparc64], 2.0.0-5 [alpha])
Local Aligner for Massive Biological DatA - v2
lammps (20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b1 [hppa, sparc64], 20220106.git7586adbb6a+ds1-2 [alpha], 20210122~gita77bb+ds1-4+b2 [m68k], 20200303+dfsg1-3+b1 [x32], 0~20180510.gitaa1d815fe-4 [ia64], 0~20151117.gite3c4db7-3 [sh4])
Molecular Dynamics Simulator
last-align (1420-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1179-1 [alpha, x32])
comparaison de séquences biologiques à l'échelle du génome
lastz (1.04.22-2)
pairwise aligning DNA sequences
lastz-examples (1.04.22-2)
pairwise aligning DNA sequences (examples and test scripts)
lbt (1.2.2-7+b1 [riscv64], 1.2.2-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Convertit des formules LTL en automates Büchi
leaff (0~20150903+r2013-8+b3)
biological sequence library utilities and applications
lefse (1.1.2-1)
determine features of organisms, clades, taxonomic units, genes
lexd (1.3.1-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 1.1.0-1+b2 [hppa, m68k])
Lexicon compiler for non-suffixational morphologies
libadios-bin (1.13.1-31+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 1.13.1-31 [m68k, ppc64], 1.13.1-30+b1 [alpha], 1.13.1-6 [sparc64])
ADIOS système flexible d'entrées-sorties — exécutables
libadios-examples (1.13.1-31)
exemples pour le système flexible d'entrées-sorties ADIOS
libatlas-ecmwf-utils (0.31.1-3 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 0.29.0-1 [ppc64, sparc64], 0.20.0-1 [alpha], 0.19.0-8+b2 [x32])
Numerical weather prediction and climate modelling library - utilities
libball1.5-data (1.5.0+git20180813.37fc53c-11)
bibliothèque d'algorithmes de biochimie –⋅fichiers de données
libbio-db-hts-perl (3.01-4+b1)
Perl interface to the HTS library
libbio-tools-phylo-paml-perl (1.7.3-4)
Bioperl interface to the PAML suite
libbio-tools-run-alignment-clustalw-perl (1.7.4-3)
Bioperl interface to Clustal W
libbio-tools-run-alignment-tcoffee-perl (1.7.4-3)
Bioperl interface to T-Coffee
libcamitk3 (3.4.0-2+b1 [sparc64], 3.4.0-2 [hppa, x32], 3.4.0-1 [alpha], 3.2.2-2 [ppc64]) [debports]
boîte à outils d'intervention médicale assistée par ordinateur – exécutable
libcg3-1 (1.3.9-1+b2)
Runtime for CG-3
libchemicaltagger-java (1.6.2-2)
tool for semantic text-mining in chemistry
libclassad3 (7.8.2~dfsg.1-1+deb7u1) [debports]
Condor classads expression language - runtime library
libclblas-bin (2.6-3) [debports]
OpenCL BLAS library (executables)
libclblas-bin
paquet virtuel fourni par clblas-client
libdbcsr-dev (2.5.0-1 [alpha, amd64, arm64, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32], 2.3.0-1 [hppa])
Distributed Block Compressed Sparse Row matrix library
libdlpack-dev (0.6-1+b1 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 0.6-1 [alpha, arm64, hppa, ia64, m68k, ppc64, riscv64, sh4, sparc64, x32])
Open In Memory Tensor Structure
libdyssol1.0 (1.1.0+ds1-3)
Tool for dynamic flowsheet simulation. Shared libraries
libeccodes-data (2.27.1-1)
GRIB and BUFR enecoding/encoding software library - data
libeckit-utils (1.20.2-1 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 1.19.0-1 [ppc64, sparc64], 1.16.3-1+b1 [m68k, sh4], 1.16.3-1 [hppa, x32])
C++ toolkit for ECMWF tools and applications - development files
libfaiss-dev (1.7.3-2+b1)
efficient similarity search and clustering of dense vectors
libfckit-utils (0.10.0-2)
Library Fortran toolkit for interoperating Fortran with C/C++
libghemical-data (3.0.0-4.3)
Molecular Modelling Library (data files)
libgoby-io-java (3.3.1+dfsg2-9)
IO API for goby
libgyoto6 (1.2.0-4+b5) [debports]
Gyoto framework main library an standard plug-in
libhdf5-jni (1.10.8+repack1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.10.8+repack-1 [m68k, sh4])
native library used by libhdf5-java
libideep-dev (0.0~git20220817.77d662b-1)
Intel's mkldnn/dnnl wrapper for pytorch
libinchi-bin (1.03+dfsg-4+b2 [amd64], 1.03+dfsg-4 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
International Chemical Identifier (InChI) algorithm (executable)
libismrmrd1.3 (1.3.2-2) [debports]
ISMRM Raw Data format (ISMRMRD) - shared library
libjgrapht-java (1.5.1-3)
Java library of graph theory data structures and algorithms
libjgrapht-java
paquet virtuel fourni par libjgrapht0.8-java
liblammps-dev (20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b1 [hppa, sparc64], 20220106.git7586adbb6a+ds1-2 [alpha], 20210122~gita77bb+ds1-4+b2 [m68k], 20200303+dfsg1-3+b1 [x32])
Molecular Dynamics Simulator (dev files)
liblammps0 (20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 20220106.git7586adbb6a+ds1-2+b1 [hppa, sparc64], 20220106.git7586adbb6a+ds1-2 [alpha], 20210122~gita77bb+ds1-4+b2 [m68k], 20200303+dfsg1-3+b1 [x32])
Molecular Dynamics Simulator (shared library)
liblemon-utils (1.3.1+dfsg-6)
Library for Efficient Modeling and Optimization in Networks (utilities)
liblinear-tools (2.3.0+dfsg-5)
Standalone applications for LIBLINEAR
libmcpl-dev (1.3.2-3)
Monte Carlo Particle Lists - development files
libmcpl1 (1.3.2-3)
Monte Carlo Particle Lists - library
libmstoolkit-tools (82-7)
libraries for manipulating mass spectrometry data - tools
libncarg-bin (6.6.2.dfsg.1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 6.6.2-12 [sparc64])
NCAR command-language library - development tools
libncarg-data (6.6.2.dfsg.1-1)
NCAR command-language library - Data
libngram-tools (1.3.2-3)
OpenGRM n-gram Language Modeling toolkit
libocas-tools (0.97+dfsg-8)
Standalone applications implementing the OCAS solver
libonnx-dev (1.12.0-2+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.12.0-2+b3 [alpha, m68k, sh4], 1.7.0+dfsg-2 [ia64])
Open Neural Network Exchange (ONNX) (dev)
libonnx-testdata (1.12.0-2)
Open Neural Network Exchange (ONNX) (test data)
libonnx1 (1.12.0-2+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.12.0-2+b3 [alpha, m68k, sh4], 1.7.0+dfsg-2 [ia64])
Open Neural Network Exchange (ONNX) (libs)
libonnxifi (1.12.0-2+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.12.0-2+b3 [alpha, m68k, sh4], 1.7.0+dfsg-2 [ia64])
Open Neural Network Exchange (ONNX) (ONNXIFI)
libopm-simulators-bin (2022.10+ds-1+b2 [amd64, arm64, ppc64el], 2022.04+ds-2 [riscv64])
Parallel porous media / reservoir simulators -- applications
libopm-upscaling-bin (2022.10+ds-1+b1 [amd64, arm64, ppc64el], 2022.04+ds-2 [riscv64])
Porous media upscaling tools -- applications
liboscar4-java (5.2.0+dfsg-2)
automated annotation of chemistry in scientific articles
libotb (8.1.1+dfsg-1)
ORFEO Toolbox library metapackage
libotb-apps (8.1.1+dfsg-1)
Plugins for ORFEO Toolbox applications
libphitsmcpl1 (1.3.2-3)
Monte Carlo Particle Lists - PHITS library
libpluto-jpl-eph-dev (0.0~git20180228-1.1)
development files to interact with JPL ephemeres data
libpluto-lunar-dev (0.0~git20180825.e34c1d1-1+b1 [amd64], 0.0~git20180825.e34c1d1-1 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
development files for astronomical Lunar library
libpwiz-tools (3.0.18342-4+b2 [hppa, sparc64], 3.0.18342-4+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32])
ProteoWizard command line tools
libqgis-customwidgets (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64], 2.14.19+dfsg-1 [sparc64])
composants graphiques personnalisés de QGIS pour QT Designer
libqtpropertybrowser3 (3.4.0-2+b1 [sparc64], 3.4.0-2 [hppa, x32], 3.4.0-1 [alpha], 3.2.2-2 [ppc64]) [debports]
Qt Property Browser Library - runtime
libsilo-bin (4.11-3+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 4.11-3+b1 [alpha, m68k])
Utilities to manipulate libsilo files
libsimgrid3.11 (3.11.1-10) [debports]
Toolkit for scalable simulation of distributed applications
libsmiles-scripts-java (0.2.0+dfsg1-4)
command line tools to handle SMILES descriptors - Java libraries
libsmiles-scripts-perl (0.2.0+dfsg1-4)
command line tools to handle SMILES descriptors - Perl libraries
libssm-bin (1.4.0-2)
macromolecular superposition library - binaries
libssu-tools (0.10.0-3) [debports]
high-performance phylogenetic diversity calculations (binaries)
libssu-tools
paquet virtuel fourni par unifrac-tools
libsswmcpl1 (1.3.2-3)
Monte Carlo Particle Lists - SSW library
libstxxl1 (1.3.1-5) [debports]
C++ STL drop-in replacement for extremely large datasets
libtorch-test (1.13.1+dfsg-2 [amd64, arm64, ppc64el, s390x], 1.13.1+dfsg-1+b1 [riscv64], 1.8.1-2 [hppa])
Tensors and Dynamic neural networks in Python (Test Binaries)
libtrexio0 (2.2.3-3)
TREX I/O library for efficient data I/O in quantum chemistry.
libuhd4.3.0-dpdk-tests (4.3.0.0+ds1-4+b2)
universal hardware driver for Ettus Research products - DPDK tests
libvcflib-tools (1.0.3+dfsg-2)
C++ library for parsing and manipulating VCF files (tools)
libvdjtools-java (1.2.1+git20190311+repack-1) [non-free]
Java library of vdjtools
libwannier90-dev (3.1.0+ds-7)
Maximally Localized Wannier Functions - development library
libxgboost-dev (1.7.3-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.7.2-1 [alpha, m68k])
Scalable and Flexible Gradient Boosting (Development)
libxgboost-predictor-java (0.3.1+dfsg-2)
Java implementation of XGBoost predictor for online prediction tasks
libxgboost0 (1.7.3-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.7.2-1 [alpha, m68k])
Scalable and Flexible Gradient Boosting (Shared lib)
libxy-bin (1.6-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.6-2 [alpha], 1.6-1 [m68k, x32], 1.3-1.1 [ia64])
xylib – utilitaires
libyade (2022.01a-13 [amd64, arm64, i386, ppc64el, s390x], 2018.02b-5 [ppc64], 2018.02b-1 [x32], 2018.02a-2 [hppa], 2017.01a-9 [sparc64], 1.00.0-2 [alpha])
plateforme pour la méthode des éléments distincts — bibliothèques
liggghts (3.8.0+repack1-9+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 3.8.0+repack1-9 [sparc64], 3.8.0+repack1-7+b1 [sh4], 3.8.0+repack1-7 [alpha, x32])
Open Source DEM Particle Simulation Software.
lighter (1.1.2-7)
fast and memory-efficient sequencing error corrector
litl-tools (0.1.9-13)
Lightweight Trace Library - tools
logol (1.7.9+dfsg-6)
Pattern matching tool using Logol language
logol-bin (1.7.9+dfsg-6 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1.7.9+dfsg-1 [ia64], 1.7.9-1 [alpha, sparc64], 1.7.5-2 [m68k])
outil d'associations de modèles utilisant le langage Logol
loki (2.4.7.4-10)
analyse de déséquilibre de liaison avec des chaînes de Markov
looktxt (1.4.1-3)
Convert free format text file into scientific data formats
looptools (2.8-1+b4 [mips64el], 2.8-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x], 2.8-1+b2 [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64], 2.8-1+b1 [ia64, riscv64])
évaluation d’intégrale de diagramme de Feynman à une boucle
lorene (0.0.0~cvs20161116+dfsg-1)
framework for numerical relativity
lorene-codes-src (0.0.0~cvs20161116+dfsg-1)
source files of LORENE-based codes
ltrsift (1.0.2-9+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32], 1.0.2-9 [riscv64])
post-traitement et classification de rétrotransposons LTR
lttoolbox-dev (3.7.1-1+b2)
Development tools and library for lttoolbox
lucy (1.20-3+b1 [riscv64], 1.20-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
DNA sequence quality and vector trimming tool
lumpy-sv (0.3.1+dfsg-7 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 0.3.1+dfsg-1 [alpha, hppa, ppc64, sparc64])
general probabilistic framework for structural variant discovery
lumpy-sv-examples (0.3.1+dfsg-7)
general probabilistic framework for structural variant discovery (data)
lutefisk (1.0.7+dfsg-7+b1 [riscv64], 1.0.7+dfsg-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
interprétation de novo d’un spectre de CID de peptide
lxi-tools (2.4-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 2.1-1 [alpha, m68k, x32])
LAN eXtensions for Instrumentation (LXI) software interface
macs (2.2.7.1-6+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 2.2.7.1-6 [alpha, m68k], 2.2.7.1-5+b2 [sh4, x32], 2.2.6-3+b1 [ia64])
analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes
macsyfinder (2.0-2)
detection of macromolecular systems in protein datasets
maffilter (1.3.1+dfsg-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.1.0-1+dfsg-2+b2 [x32])
process genome alignment in the Multiple Alignment Format
maffilter-examples (1.3.1+dfsg-4)
process genome alignment in the Multiple Alignment Format (example data)
mafft (7.505-1+b1 [riscv64], 7.505-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés
malt (0.5.2-2)
sequence alignment and analysis tool to process sequencing data
mandelbrot-solver (3.2.1-7)
Solver for Mandelbrot polynomials based on MPSolve
mapdamage (2.2.1+dfsg-3)
tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences
mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-4 [amd64, arm64, ppc64el, s390x], 2.2.3+dfsg-1 [alpha, hppa, ppc64, x32], 2.1.6+dfsg-1 [m68k, sh4, sparc64])
bioinformatics targeted assembly software
maq (0.7.1-9+b1 [riscv64], 0.7.1-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
correspondance de lectures de séquences d'ADN polymorphique de longueur courte à des séquences de référence
maqview (0.2.5-11)
graphical read alignment viewer for short gene sequences
mash (2.3+dfsg-3+b1 [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.2.2+dfsg-1+b1 [hppa, m68k, sh4, sparc64, x32])
estimation rapide de distance entre génomes et métagénomes utilisant MinHash
massxpert (7.0.0-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 6.0.3-1 [alpha, m68k, sh4, x32])
modélisation pour la chimie des polymères et simulation de données de spectrométrie de masse – exécutable
massxpert-data (7.0.0-2)
modélisation pour la chimie des polymères et simulation de données de spectrométrie de masse – données
matlab-brain2mesh (0.7.9-2) [contrib]
automated brain tetrahedral mesh generation toolbox for MATLAB
matlab-gdf (0.1.3-11) [contrib]
IO library for the GDF -- Matlab interface
matlab-iso2mesh (1.9.6+ds-7) [contrib]
3D surface and volumetric mesh generator for MATLAB
matlab-jnifti (0.6-2) [contrib]
fast NIfTI-1/2 reader and NIfTI-to-JNIfTI converter for MATLAB
matlab-jsonlab (2.0-2) [contrib]
native JSON/UBJSON/MassagePack encoder/decoder for MATLAB
matlab-zmat (0.9.8+ds-7) [contrib]
in-memory data compression for MATLAB
maude (3.2-2+b1 [riscv64], 3.2-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64], 3.1-2 [x32], 2.7-2+b1 [hppa, sh4])
cadriciel logique de haute performance
mauve-aligner (2.4.0+4736-6)
multiple genome alignment
mayavi2 (4.8.0-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 4.8.0-1.1 [hppa, sparc64], 4.7.4-2 [alpha, m68k], 4.7.1-2+b1 [x32], 4.0.0-3+b1 [sh4])
paquet de visualisation scientifique de données 2D ou 3D
mbdyn (1.7.3-1)
code pour l’analyse multicorps
mbpoll (1.4.11+dfsg-2+b1 [riscv64], 1.4.11+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32])
command line utility to communicate with ModBus slave (RTU or TCP)
mbt (3.6-3)
générateur d’étiquetage basé sur la mémoire et étiqueteur
mbtserver (0.14-2)
Server extensions for the MBT tagger
mcaller (1.0.3+git20210624.b415090-3)
recherche de méthylation dans les lectures de nanopore
mcpl (1.3.2-3)
Monte Carlo Particle Lists - libraries and tools
mecat2 (0.0+git20200428.f54c542+ds-3)
ultra-fast and accurate de novo assembly tools for SMRT reads
meep (1.25.0-1+b1 [amd64], 1.25.0-1 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1.22.0-2 [sparc64], 1.12.0-3 [x32], 1.7.0-3 [ia64], 1.3-1 [sh4])
paquet logiciel pour la simulation FDTD
meep-mpi-default (1.25.0-1+b1 [amd64], 1.25.0-1 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32], 1.23.0-2 [sh4], 1.22.0-3 [sparc64])
software package for FDTD simulation, parallel (OpenMPI) version
meep-openmpi (1.25.0-1+b1 [amd64], 1.25.0-1 [arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32], 1.24.0-1 [alpha], 1.23.0-2 [sh4], 1.22.0-2 [sparc64])
software package for FDTD simulation, parallel (OpenMPI) version
megadepth (1.2.0-4+b1 [riscv64], 1.2.0-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
computes coverage from BigWig and BAM sequencing files
megahit (1.2.9-4)
ultra-fast and memory-efficient meta-genome assembler
megan-ce (6.21.1+dfsg-2)
interactive tool to explore and analyse microbiome sequencing data
melting (5.2.0-2)
calcule la température de fusion de duplex d'acide nucléique
merkaartor (0.19.0+ds-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32], 0.19.0+ds-3 [alpha], 0.18.4+ds-5+b1 [m68k, sh4])
éditeur de carte pour OpenStreetMap.org
meryl (0~20150903+r2013-8+b3)
in- and out-of-core kmer counting and utilities
metabat (2.15-4)
robust statistical framework for reconstructing genomes from metagenomic data
metaeuk (6-a5d39d9+ds-2)
sensitive, high-throughput gene discovery and annotation for metagenomics
metaeuk-examples (6-a5d39d9+ds-2)
optional resources for the metaeuk package
metaphlan (4.0.4-1)
Metagenomic Phylogenetic Analysis
metaphlan2-data (2.6.0+ds-4)
paquet de données pour l’analyse phylogénétique métagénomique
metastudent (2.0.1-9)
predictor of Gene Ontology terms from protein sequence
metastudent-data (2.0.1-8)
predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data files
metastudent-data-2 (1.0.0-6)
predictor of Gene Ontology terms from protein sequence - data #2
metview (5.17.4-1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, s390x], 5.7.0-1 [hppa], 5.6.1-3 [m68k], 5.3.0-3 [ppc64, riscv64], 5.3.0-1 [sh4], 5.0.0~beta.1-1+b1 [alpha], 4.9.1-1 [sparc64])
visualisation des données et environnement d’analyse interactifs
metview-data (5.17.4-1)
données nécessaires à l’environnement d’analyse de données, Metview
mhap (2.1.3+dfsg-3)
locality-sensitive hashing to detect long-read overlaps
mia-doctools (2.4.7-11)
Helper scripts for run-time document creation
mia-tools (2.4.7-11+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 2.4.7-11 [alpha, hppa, m68k], 2.4.7-1+b2 [x32], 2.4.6-2 [sh4])
outils en ligne de commande pour le traitement d’images en échelle de gris
mia-viewit (1.0.5-3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.0.5-1 [sh4])
programme de visualisation pour des ensembles de données en 3D créés avec MIA
mialmpick (0.2.15-2+b1 [riscv64], 0.2.15-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outils pour le choix de points de repère dans des ensembles de données de volumes en 3D
microbegps (1.0.0-5)
outil d’investigation pour le profilage taxonomique de données métagénomiques
microbiomeutil (20101212+dfsg1-5)
utilitaires d'analyse de microbiome
microbiomeutil-data (20101212+dfsg1-5)
Reference 16S sequences and NAST-alignments used by microbiomeutil tools
microhope (5.3.0+repack-2 [all], 4.4.3+dfsg-1 [ia64])
cadriciel matériel et logiciel pour apprendre les microcontrôleurs
minc-tools (2.3.00+dfsg-10)
Outils pour le format MNI d'imagerie médicale
mindthegap (2.3.0-1+b1 [riscv64], 2.3.0-1 [alpha, amd64, arm64, hppa, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, sparc64, x32])
détection et assemblage de variantes d’insertion d’ADN dans les ensembles de lectures NGS
mindthegap-examples (2.3.0-1)
optional scripts and example resources for mindthegap
minexpert2 (8.6.2-2 [amd64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel], 8.5.2-1 [arm64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 8.2.0-1 [alpha, m68k, sh4, x32])
visualisation et fouille de données de spectrométrie de masse MS^n – exécutable
minia (3.2.6-2 [alpha, amd64, arm64, hppa, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, sparc64, x32], 1.6906-2 [m68k, sh4])
short-read biological sequence assembler
miniasm (0.3+dfsg-4)
assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées
minimac4 (4.1.2-1)
Fast Imputation Based on State Space Reduction HMM
minimap (0.2-7)
correspondances approximatives de longues séquences biologiques telles que les lectures d’ADN
minimap2 (2.24+dfsg-3+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 2.24+dfsg-2+b1 [m68k, x32])
versatile pairwise aligner for genomic and spliced nucleotide sequences
minisat (1:2.2.1-5+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 1:2.2.1-5+b2 [ppc64, sparc64, x32], 1:2.2.1-5+b1 [alpha, hppa, m68k, riscv64, sh4], 1:2.2.1-5 [ia64])
solveur SAT rapide et léger
minisat+ (1.0-4+b1 [riscv64], 1.0-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
solveur de contraintes pseudo booléennes
minisat2 (1:2.2.1-5+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x], 1:2.2.1-5+b2 [ppc64, sparc64, x32], 1:2.2.1-5+b1 [alpha, hppa, m68k, riscv64, sh4], 1:2.2.1-5 [ia64])
paquet de transition pour minisat
minisat2
paquet virtuel fourni par minisat
mipe (1.1-9)
Outil de sauvegarde de données dérivées de PCR
mira-assembler (4.9.6-7+b2 [amd64, arm64, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, sparc64, x32], 4.9.6-7+b1 [alpha, armel, m68k, s390x], 4.9.6-6 [sh4])
assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale
mira-rfam-12s-rrna (4.9.6-7)
extract of RFAM 12 rRNA database
mirtop (0.4.25-2)
annotate miRNAs with a standard mirna/isomir naming
missfits (2.8.0-5+b1 [riscv64], 2.8.0-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Basic maintenance and packaging tasks on FITS files
mitools (2.0.5-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.0.5-3 [alpha, m68k], 2.0.2-0.3 [sparc64], 1.8.4-1 [sh4])
visualisation, conversion et opérations basiques pour des données d’images médicales
mldemos (0.5.1+git.1.ee5d11f-4+b1 [amd64], 0.5.1+git.1.ee5d11f-4 [alpha, arm64, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32], 0.5.1+git.1.ee5d11f-1 [sh4, sparc64])
MLDemos (Machine Learning Demos) avec visualisation
mlpack-bin (4.0.0-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 3.4.2-7+b1 [m68k], 3.4.2-7 [hppa], 3.2.2-3 [x32], 3.2.2-1 [ia64])
intuitive, fast, scalable C++ machine learning library (binaries)
mlv-smile (1.47-8+b1 [riscv64], 1.47-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Find statistically significant patterns in sequences
mmb (4.0.0+dfsg-2)
model the structure and dynamics of macromolecules
mmb-common (4.0.0+dfsg-2)
model the structure and dynamics of macromolecules (common files)
mmmulti (0.1-2)
memory backed multimap
mmseqs2 (14-7e284+ds-1 [amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, riscv64], 12-113e3+ds-3+b1 [alpha, sh4, x32], 12-113e3+ds-2+b1 [hppa, m68k, ppc64], 11-e1a1c+ds-4 [sparc64])
ultra fast and sensitive protein search and clustering
mmseqs2-examples (14-7e284+ds-1)
optional resources for the mmseqs2 package
mocassin (2.02.73.2-1+b1 [riscv64], 2.02.73.2-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
MOnte CArlo SimulationS of Ionised Nebulae
mocassin-benchmarks (2.02.73.2-1)
benchmarks for the photoionisation code MOCASSIN
mocassin-data (2.02.73.2-1)
atomic and optical data for the photoionisation code MOCASSIN
mocassin-examples (2.02.73.2-1)
Examples for the photoionisation code MOCASSIN
molds (0.3.1-1+b9 [amd64, arm64, armhf, i386, ppc64], 0.3.1-1+b8 [ppc64el], 0.3.1-1+b4 [mips64el, s390x, sparc64], 0.3.1-1+b1 [riscv64])
Semi-empirical electronic structure and molecular dynamics
molequeue (0.9.0-1+b2 [amd64], 0.9.0-1 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
Desktop integration of high performance computing resources
mona (1.4-18-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.4-18-1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
démonstration automatique de théorèmes
montage (6.0+dfsg-7+b9 [armel, i386, mips64el, s390x], 6.0+dfsg-7+b8 [alpha, amd64, arm64, armhf, hppa, ia64, m68k, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4, sparc64, x32])
Toolkit for assembling FITS images into mosaics
montage-gridtools (6.0+dfsg-7+b9 [armel, i386, mips64el, s390x], 6.0+dfsg-7+b8 [alpha, amd64, arm64, armhf, hppa, ia64, m68k, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, sh4, sparc64, x32])
Create files to run montage on the grid
montecarlo-base (20061220+dfsg3-3.1)
[Physics] Common files for CERNLIB Monte Carlo libraries
montecarlo-data (20061220+dfsg3-3.1)
[Physics] data for CERNLIB Monte Carlo libraries
mopac (22.0.6+dfsg-1+b1 [amd64], 22.0.6+dfsg-1 [arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32])
Molecular Orbital PACkage (MOPAC)
mopac7-bin (1.15-6+b4 [mips64el], 1.15-6+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x], 1.15-6+b2 [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64, x32], 1.15-6+b1 [ia64, riscv64])
bibliothèque de chimie quantique semi-empirique – fichiers binaires
morse-simulator (1.4-7+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.4-7 [alpha, m68k, mips64el])
Multi-OpenRobot Simulation Engine
morse-simulator-data (1.4-7)
Multi-OpenRobot Simulation Engine
mosdepth (0.3.3+ds-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64], 0.3.3+ds-1 [sparc64])
BAM/CRAM depth calculation biological sequencing
mosdepth-examples (0.3.3+ds-2)
Test data for mosdepth
mothur (1.48.0-2+b1 [riscv64], 1.48.0-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
ensemble pour analyse de séquences pour la recherche sur le microbiome
mpb (1.11.1-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.11.1-4 [sh4])
Photonic-Bands du MIT
mpb-mpi (1.11.1-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.11.1-4 [sh4])
programme Photonic-Bands du MIT, version parallèle (mpich)
mpb-scm (1.11.1-5)
MIT Photonic-Bands initialisation files
mpgrafic (0.3.19-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.3.19-1+b1 [alpha, hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64, x32])
MPI version of N-body initial conditions grafic package
mpqc (2.3.1-22 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 2.3.1-21 [ia64])
programme de chimie quantique massivement parallèle
mpqc-support (2.3.1-22 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 2.3.1-21 [ia64])
Massively Parallel Quantum Chemistry – outils d’assistance
mpqc3 (0.0~git20170114-4.1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, ppc64, ppc64el], 0.0~git20170114-4 [alpha])
Massively Parallel Quantum Chemistry Program
mpqc3-data (0.0~git20170114-4.1)
programme de chimie quantique massivement parallèle – fichiers de données
mpsolve (3.2.1-7)
résolveur de polynômes multiprécision – version en ligne de commande
mptp (0.2.4-3+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.2.4-3+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32], 0.2.3-1 [ppc64])
single-locus species delimitation
mrbayes (3.2.7a-6 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 3.2.6+dfsg-1+b3 [alpha], 3.2.6+dfsg-1 [sh4])
Bayesian Inference of Phylogeny
mrbayes-mpi (3.2.7a-6 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 3.2.6+dfsg-1+b3 [alpha], 3.2.6+dfsg-1 [sh4])
inférence bayésienne de phylogenèse – version MPI
mriconvert (1:2.1.0-5+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1:2.1.0-5 [alpha], 1:2.1.0-4 [ia64, m68k, x32])
utilitaire de conversion de fichier d’image médicale
mricron (1.2.20211006+dfsg-4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el], 0.20140804.1~dfsg.1-4 [ppc64])
conversion, visualisation et analyse d’images de résonance magnétique
mricron-data (1.2.20211006+dfsg-4)
data files for MRIcron
mrpt-apps (1:2.5.8+ds-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x], 1:2.5.4+ds-1 [riscv64], 1:2.5.3+ds-1 [hppa], 1:2.1.4-1 [alpha], 1:1.5.8-1+b1 [x32], 1:1.5.8-1 [m68k], 1:1.4.0-7 [sparc64], 1:0.9.5svn2563-1 [sh4])
boîte à outils pour la programmation robotique – applications graphiques et console
mrpt-common (1:2.5.8+ds-1)
boîte à outils pour la programmation robotique – exemples de fichier et d’ensembles de données
mrpt-libs (1:0.9.5svn2563-1) [debports]
Mobile Robot Programming Toolkit - All the libraries
mrtrix3 (3.0.3-3+b1 [amd64, arm64], 3.0~rc3+git135-g2b8e7d0c2-3 [x32])
tractographie de la substance blanche par IRM pondérée en diffusion
mseed2sac (2.3+ds1-1)
Convert MiniSEED time series data to SAC
mssstest (3.0-7) [non-free]
Normalisation of disease scores for patients with Multiple Sclerosis
msxpertsuite (5.8.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 5.7.3.1-2 [hppa], 4.1.0-1+b1 [ia64])
suite logicielle de spectrographie de masse – métapaquet
msxpertsuite-massxpert (5.8.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 5.7.3.1-2 [hppa])
suite de logiciels de spectrométrie de masse – massXpert
msxpertsuite-massxpert-data-doc (5.8.9-1)
mass spectrometry software suite - massXpert - data and doc
msxpertsuite-minexpert (5.8.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 5.7.3.1-2 [hppa])
suite logicielle de spectrométrie de masse – mineXpert
msxpertsuite-minexpert-data-doc (5.8.9-1)
mass spectrometry software suite - mineXpert - data and doc
multiqc (1.14+dfsg-1)
output integration for RNA sequencing across tools and samples
mumax3 (3.10-7) [contrib]
GPU-accelerated micromagnetic simulator
mummer (3.23+dfsg-8)
Alignement de séquence efficace de génomes complets
munipack (0.6.1-1)
Astronomical photometry software package
munipack-cli (0.6.1-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 0.6.1-1+b2 [sh4], 0.6.1-1 [alpha], 0.6.0-1 [m68k, x32], 0.5.14-2 [hppa], 0.5.11-2.1 [ia64])
Command line interface of Munipack
munipack-core (0.6.1-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 0.6.1-1+b2 [sh4], 0.6.1-1 [alpha], 0.6.0-1 [m68k, x32], 0.5.14-2 [hppa], 0.5.11-2.1 [ia64])
Core routines of Munipack
munipack-gui (0.6.1-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 0.6.1-1+b2 [sh4], 0.6.1-1 [alpha], 0.6.0-1 [m68k, x32], 0.5.14-2 [hppa], 0.5.11-2.1 [ia64])
interface graphique pour Munipack
murasaki (1.68.6-13+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, riscv64, x32], 1.68.6-13+b2 [alpha, ppc64el, s390x, sh4], 1.68.6-11 [sparc64])
homology detection tool across multiple large genomes
murasaki-common (1.68.6-13)
homology detection tool across multiple large genomes (common files)
murasaki-mpi (1.68.6-13+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, riscv64, x32], 1.68.6-13+b2 [alpha, ppc64el, s390x, sh4], 1.68.6-11 [sparc64])
homology detection tool across multiple large genomes (MPI-version)
muscle (1:5.1.0-1)
programme d'alignements multiples de séquences de protéine
muscle3 (3.8.1551-2)
multiple alignment program of protein sequences
music-bin (1.1.16-1.1+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.1.16-1.1+b3 [alpha, m68k, sh4], 1.1.16-1.1+b2 [ia64])
Multi-Simulation Coordinator for MPI -- Utilities
mustang (3.2.4-1)
alignement structurel multiple de protéines
mustang-testdata (3.2.4-1)
multiple structural alignment of proteins, test data
nanolyse (1.2.0-4)
remove lambda phage reads from a fastq file
nanook (1.33+dfsg-5)
pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data
nanook-examples (1.33+dfsg-5)
pre- and post-alignment analysis of nanopore sequencing data (examples)
nanopolish (0.14.0-1+b1 [riscv64], 0.14.0-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, sh4, x32], 0.13.3-2 [ppc64], 0.5.0-1+b1 [sparc64])
identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore
nanostat (1.4.0-3)
statistics on long biological sequences
nanosv (1.2.4+git20190409.c1ae30c-6)
structural variant caller for nanopore data
nast-ier (20101212+dfsg1-5+b1 [riscv64], 20101212+dfsg1-5 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 20101212+dfsg1-4 [alpha], 20101212+dfsg1-3 [m68k])
NAST-based DNA alignment tool
nastran (0.1.95-2) [non-free]
NASA Structural Analysis System
nautic (1.5-6+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.5-6 [alpha], 1.5-5 [m68k, x32], 1.5-4 [ia64])
calcul de la position de l’observateur en navigation astronomique
ncbi-acc-download (0.2.8-1)
download genome files from NCBI by accession
ncbi-blast+ (2.12.0+ds-3+b2 [riscv64], 2.12.0+ds-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 2.12.0+ds-3 [alpha, m68k])
suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération
ncbi-blast+-legacy (2.12.0+ds-3)
script d’appel de legacy de BLAST du NCBI
ncbi-cn3d (3.0.20170106+dfsg1-10 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 3.0.20170106+dfsg1-9 [m68k])
3-dimensional viewer for biological molecules
ncbi-entrez-direct (14.6.20210224+dfsg-7+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 7.40.20170928+ds-1 [alpha, ppc64, sparc64], 6.90.20170705+ds-2 [hppa, m68k, sh4, x32])
NCBI Entrez utilities on the command line
ncbi-epcr (2.3.12-1-9+b1 [riscv64], 2.3.12-1-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil pour vérifier la présence d'un marqueur dans une séquence d'ADN
ncbi-rrna-data (6.1.20170106+dfsg1-10)
grandes bases de données BLAST d'ARN ribosomique distribuées avec le kit de développement du NCBI
ncbi-seg (0.0.20000620-6+b1 [riscv64], 0.0.20000620-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
tool to mask segments of low compositional complexity in amino acid sequences
ncbi-tools-bin (6.1.20170106+dfsg1-10 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 6.1.20170106+dfsg1-9 [m68k])
bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires en mode texte
ncbi-tools-x11 (6.1.20170106+dfsg1-10 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 6.1.20170106+dfsg1-9 [m68k])
bibliothèques du NCBI pour applications de biologie –⋅utilitaires⋅X
ncl-ncarg (6.6.2.dfsg.1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 6.6.2-12 [sparc64])
NCAR Command Language and NCAR graphics
ncl-tools (2.1.21+git20210811.b1213a7-4 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 2.1.21+git20210811.b1213a7-3 [alpha])
outil pour traiter avec les fichiers NEXUS
nco (5.1.4-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 4.7.8-1 [hppa], 4.6.3-1 [x32])
opérateurs en ligne de commandes pour analyser des fichiers netCDF
ncoils (2002-9+b1 [riscv64], 2002-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
prédiction de structure secondaire de superhélice
ncview (2.1.8+ds-5+b1 [riscv64], 2.1.8+ds-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
navigateur graphique X11 pour les fichiers au format NetCDF
neat (2.3.2-2+b2 [amd64, armel, i386, mips64el, riscv64, s390x], 2.3.2-2+b1 [alpha, arm64, armhf, hppa, ia64, m68k, mipsel, ppc64, ppc64el, sh4, sparc64, x32])
Nebular Empirical Analysis Tool
neobio (0.0.20030929-6)
calcul d'alignements de séquences d'acides aminés et de nucléotides
netcdf-bin (1:4.9.0-3+b1)
Programmes pour lire et écrire des fichiers NetCDF
neurodebian (0.41.2)
neuroscience-oriented distribution - repository configuration
neurodebian-archive-keyring (0.41.2)
distribution orientée neurosciences – clés GnuPG d’archive
neurodebian-desktop (0.41.2)
neuroscience-oriented distribution - desktop integration
neurodebian-dev (0.41.2)
neuroscience-oriented distribution - development tools
neurodebian-freeze (0.41.2)
outil nd_freeze pour geler les sources APT à utiliser dans des instantanés
neurodebian-popularity-contest (0.41.2)
neuroscience-oriented distribution - popcon integration
neuron (8.2.2-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64, s390x], 8.2.2-1 [ppc64el], 7.6.3-4 [x32])
environnement de simulation pour des modèles de calcul de neurones
neuron-dev (8.2.2-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64, s390x], 8.2.2-1 [ppc64el], 7.6.3-4 [x32])
Neuron simulation environment - Development files
nexus-tools (4.4.3-5)
NeXus scientific data file format - applications
ngmlr (0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.2.7+git20210816.a2a31fb+dfsg-2 [alpha, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
CoNvex Gap-cost alignMents for Long Reads
nim-kexpr-dev (0.0.2-3)
kexpr math expressions for nim
nim-lapper-dev (0.1.7-5)
simple, fast interval searches for nim
njplot (2.4-9+b1 [riscv64], 2.4-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
programme de dessin d’arbre phylogénétique
nmodl (0.5-1)
Code generation engine for the NEURON modeling language
norsnet (1.0.17-7)
tool to identify unstructured loops in proteins
norsp (1.0.6-7)
predictor of non-regular secondary structure
nrn-mod2c (0.9+git220919-2)
NMODL to C converter for CoreNEURON
ntcard (1.2.2+dfsg-5 [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el], 1.2.2+dfsg-4 [alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64, x32])
Streaming algorithm to estimate cardinality in genomics datasets
nthash (2.3.0+dfsg-1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el], 2.2.0-2 [alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64, x32])
Methods to evaluate runtime and uniformity tests for hashing methods
numdiff (5.9.0-1+b1 [amd64, riscv64], 5.9.0-1 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
comparaison de fichiers similaires avec des champs numériques
nutsqlite (2.0.6-3)
Dietary nutrition analysis software
nwchem (7.0.2-3 [all], 6.1-6 [alpha])
logiciel de calcul de haute performance pour la chimie numérique – MPI par défaut
nwchem-data (7.0.2-3)
High-performance computational chemistry software (data files)
nwchem-mpich (7.0.2-3+b2)
High-performance computational chemistry software (MPICH build)
nwchem-openmpi (7.0.2-3+b2)
High-performance computational chemistry software (OpenMPI build)
nxtrim (0.4.3+dfsg-3)
Optimized trimming of Illumina mate pair reads
oar-common (2.5.9-1+b1 [riscv64], 2.5.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
paquet commun pour l’ordonnanceur OAR
oar-node (2.5.9-1+b1 [riscv64], 2.5.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
OAR batch scheduler node package
oar-server (2.5.9-1+b1 [riscv64], 2.5.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
OAR batch scheduler server package
oar-server-mysql (2.5.9-1+b1 [riscv64], 2.5.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
OAR batch scheduler MySQL server backend package
oar-server-pgsql (2.5.9-1+b1 [riscv64], 2.5.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
OAR batch scheduler PostgreSQL server backend package
oar-user (2.5.9-1+b1 [riscv64], 2.5.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
OAR batch scheduler user package
oar-user-mysql (2.5.9-1+b1 [riscv64], 2.5.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
OAR batch scheduler MySQL user backend package
oar-user-pgsql (2.5.9-1+b1 [riscv64], 2.5.9-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
OAR batch scheduler PostgreSQL user backend package
oar-web-status (2.5.9-1)
OAR batch scheduler visualization tool package
objcryst-fox (2022.1-1+b3 [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1.9.6.0-2.2 [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32])
FOX – Free Objects for Xtallography
occt-draw (7.6.3+dfsg1-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 7.5.1+dfsg1-3 [ia64], 7.5.1+dfsg1-2 [ppc64])
Open CASCADE Technology command interpreter and graphical test system
oce-draw (0.18.3-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.18.3-2 [ppc64], 0.17.2-2 [hppa])
OpenCASCADE Community Edition CAE platform shared library
octave-bart (0.8.00-3)
liaisons Octave pour BART
octave-biosig (2.5.0-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.4.0-2+b1 [m68k, sh4], 2.4.0-2 [x32])
liaisons Octave à la bibliothèque BioSig
octave-brain2mesh (0.7.9-2)
automated brain tetrahedral mesh generation toolbox for Octave
octave-gdf (0.1.3-11+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4], 0.1.3-11 [m68k, x32], 0.1.2-2+b4 [sparc64])
bibliothèque IO pour GDF – interface pour Octave
octave-iso2mesh (1.9.6+ds-7)
3D surface and volumetric mesh generator for Octave
octave-jnifti (0.6-2)
lecteur rapide NIfTI-1/2 et convertisseur NIfTI vers JNIfTI
octave-jsonlab (2.0-2)
native JSON/UBJSON/MassagePack encoder/decoder for Octave
octave-psychtoolbox-3 (3.0.18.12.dfsg1-1.1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 3.0.18.9.dfsg1-1 [m68k, sh4, x32], 3.0.11.20131017.dfsg1-3 [sparc64])
toolbox for vision research -- Octave bindings
octave-zmat (0.9.8+ds-7)
in-memory data compression for Octave
octomap-tools (1.9.7+dfsg-3+b1)
Tools for 3D occupancy grid mapping
octovis (1.9.7+dfsg-3+b1)
outil de visualisation pour OctoMap
odil (0.12.2-2)
C++11 library for the DICOM standard (application)
odin (2.0.5-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.0.5-3 [alpha, m68k], 2.0.2-0.3 [sparc64], 1.8.4-1 [sh4])
développement, simulation et exécution de séquences de résonance magnétique
ogdi-bin (4.1.0+ds-6)
bibliothèque OGDI ( interface de magasins de données géographiques libre) – utilitaires
ompl-plannerarena (1.5.2+ds1-1)
Open Motion Planning Library (OMPL) plannerarena
ont-fast5-api (4.1.1+dfsg-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4], 4.1.0+dfsg-1 [ia64, x32], 4.0.2+dfsg-1+b1 [hppa])
simple interface to HDF5 files of the Oxford Nanopore .fast5 file format
open3d-gui (0.16.1+ds-2+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 0.15.1+ds-6 [x32])
Library for 3D data processing - GUI
open3d-gui-data (0.16.1+ds-2)
Library for 3D data processing - GUI resources
open3d-tools (0.16.1+ds-2+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 0.15.1+ds-6 [x32])
Library for 3D data processing - tools
openbabel (3.1.1+dfsg-9+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 3.1.1+dfsg-9 [alpha, sh4], 3.1.1+dfsg-7 [m68k, x32], 3.1.1+dfsg-3 [ia64])
boîte à outils de chimie – interface en ligne de commande
openbabel-gui (3.1.1+dfsg-9+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 3.1.1+dfsg-9 [alpha, sh4], 3.1.1+dfsg-7 [m68k, x32], 3.1.1+dfsg-3 [ia64])
boite à outils logicielle dans le domaine de la chimie − interface graphique
opendrop (3.3.1-4+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 3.3.1-4 [hppa, m68k])
fully-featured pendant drop tensiometry software
openfoam (1912.200626-1+b2 [riscv64], 1912.200626-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32])
Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - binaries
openfoam-examples (1912.200626-1)
Open source toolbox for Computational Fluid Dynamics (CFD) - examples
openmolcas (22.10-1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 22.02-6 [sparc64])
Quantum chemistry software package
openmolcas-data (22.10-1)
Quantum chemistry software package (data files)
openmotor (0.5.0-2)
simulateur de balistique intérieure pour l’expérimentation des moteurs-fusées
openms (2.6.0+cleaned1-3)
package for LC/MS data management and analysis
openms-common (2.6.0+cleaned1-3)
package for LC/MS data management and analysis - shared data
openmx (3.8.5+dfsg1-1)
paquet de simulations nanométriques
openmx-data (3.8.5+dfsg1-1)
package for nano-scale material simulations (data)
openrocket (15.03.6) [contrib]
Simulateur de microfusée
openstructure (2.3.1-8+b5 [amd64, mips64el, mipsel], 2.3.1-8+b1 [alpha], 2.2.0-6 [m68k], 2.1.0-1 [x32])
cadriciel de calcul libre pour la bioinformatique structurale
openturns-common (1.20-9)
generic tool to treat and quantify uncertainties (common files)
openturns-examples (1.14-1 [sh4], 1.10-5+b2 [sparc64], 1.10-5 [x32]) [debports]
examples of OpenTURNS functionalities
openuniverse (1.0beta3.1+dfsg-7.1)
simulateur d'univers 3D
openuniverse-common (1.0beta3.1+dfsg-7.1)
fichiers de données du simulateur en 3D de l’univers
optgeo (2.25-2+b1)
simulateur d'optique géométrique
opticalraytracer (9.6-1)
Virtual lens/mirror design workshop
optimir (1.2-1)
Integrating genetic variations in miRNA alignment
origami (1.2.7+really0.7.4-1.1)
command-line management tool for Folding @ Home clients
orthanc (1.10.1+dfsg-2+b5 [amd64, arm64, ppc64, riscv64, sparc64], 1.10.1+dfsg-2+b4 [alpha, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x, x32], 1.10.1+dfsg-2+b2 [ia64, m68k, sh4], 1.5.2+dfsg-1 [hppa])
Lightweight, RESTful DICOM server for medical imaging
orthanc-dicomweb (1.7+dfsg-6 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1.7+dfsg-5 [sparc64, x32], 0.5+dfsg-3 [alpha])
Plugin to extend Orthanc with support of WADO and DICOMweb
orthanc-gdcm (1.5-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1.5-1 [sparc64])
DICOM transcoder/decoder for Orthanc using GDCM (notably for JPEG2k)
orthanc-imagej (1.2+dfsg-3)
ImageJ plugin to import images from Orthanc
orthanc-mysql (4.3-3+b4 [sh4], 4.3-3+b3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 2.0-3+b2 [hppa])
Plugins to use MySQL or MariaDB as a database back-end to Orthanc
orthanc-neuro (1.0-1+b3 [amd64], 1.0-1+b2 [arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.0-1+b1 [m68k])
Neuroimaging plugin for Orthanc
orthanc-postgresql (4.0-7+b2 [sh4], 4.0-7+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 4.0-7 [alpha], 3.2-3+b2 [hppa])
Plugins to use PostgreSQL as a database back-end to Orthanc
orthanc-python (4.0+ds-1+b5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 4.0+ds-1+b4 [m68k], 1.0+ds-2+b1 [hppa])
Develop plugins for Orthanc using the Python programming language
orthanc-webviewer (2.8-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.2-1 [hppa])
Web viewer of medical images for Orthanc
orthanc-wsi (1.1-4+b4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.1-4+b2 [sh4], 1.1-4+b1 [m68k], 0.5-2+b2 [hppa])
Whole-slide imaging support for Orthanc (digital pathology)
ortools-examples (8.2+ds-6)
Google Optimization Tools (examples)
ortools-flatzinc (8.2+ds-6+b1)
Google Optimization Tools (flatzinc)
ortools-samples (8.2+ds-6+b1)
Google Optimization Tools (samples)
oscar (1.4.0-1+b1 [riscv64], 1.4.0-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil d’analyse du trouble du sommeil – OSCAR
osra (2.1.3-2+b1 [amd64, sparc64], 2.1.3-2 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32])
optical structure recognition
otb-bin (8.1.1+dfsg-1)
applications en ligne de commande d’ORFEO Toolbox
otb-bin-qt (8.1.1+dfsg-1)
interface graphique pour les applications d’ORFEO Toolbox
otb-testdriver (8.1.1+dfsg-1)
bibliothèque d’ORFEO Toolbox – OTBTestDriver
otf-trace (1.12.5+dfsg-8+b1 [m68k, sh4], 1.12.5+dfsg-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32])
Open Trace Format support library - development files
otf2-tools (3.0.2-1 [alpha, amd64, arm64, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 3.0-5 [m68k, riscv64, sh4])
Open Trace Format support library - tools
packmol (1:20.14.0-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, ppc64, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1:20.13.0-1 [alpha, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el])
Initial configurations for Molecular Dynamics Simulations
paje.app (1.98-1.1+b1 [riscv64], 1.98-1.1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil générique de visualisation (diagramme de GANTT et autres)
pal2nal (14.1-3)
converts proteins to genomic DNA alignment
paleomix (1.3.7-3)
pipelines and tools for the processing of ancient and modern HTS data
paml (4.9j+dfsg-4)
PAML – analyse de phylogenèse par maximum de vraisemblance
pan-config (0.3)
paquet de configuration de l’assemblage PAN
pan-tasks (0.3)
PAN Blends tasks for tasksel
paraclu (10-1+b1 [riscv64], 10-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Parametric clustering of genomic and transcriptomic features
parafly (0.1.0-4)
parallel command processing using OpenMP
parallel-fastq-dump (0.6.7-3)
parallel fastq-dump wrapper
paraview (5.11.0+dfsg-1+b1 [amd64, arm64, i386, ppc64, ppc64el, s390x], 5.11.0~rc1+dfsg-1 [sparc64], 5.10.1-2+b1 [riscv64], 5.9.0-2+b1 [alpha], 5.7.0-5+b1 [x32], 5.7.0-4 [hppa], 5.4.1+dfsg4-3.1+b1 [m68k], 3.14.1-1 [sh4])
application parallèle de visualisation
parsinsert (1.04-12+b1 [riscv64], 1.04-12 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees
parsinsert-testdata (1.04-12)
Test data for parsinsert
parsnp (1.7.4+dfsg-2)
rapid core genome multi-alignment
patman (1.2.2+dfsg-8+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.2.2+dfsg-8 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
rapid alignment of short sequences to large databases
paw (1:2.14.04.dfsg.2-10 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 1:2.14.04.dfsg.2-1 [m68k])
Physics Analysis Workstation (Station d'analyse pour la physique) - programme d'analyse graphique
paw++ (1:2.14.04.dfsg.2-10 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 1:2.14.04.dfsg.2-1 [m68k])
Outils d'analyse physique (version améliorée avec Lesstif)
paw-common (1:2.14.04.dfsg.2-10)
Physics Analysis Workstation (common files)
paw-demos (1:2.14.04.dfsg.2-10)
Exemples et tests pour PAW
pbbamtools (2.1.0+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64el, riscv64], 1.3.0+dfsg-2 [m68k, sh4])
processing Pacific Biosciences binary alignment/map files
pbdagcon (0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8+b1 [riscv64], 0.3+git20180411.c14c422+dfsg-8 [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64el], 0.3+git20180411.c14c422+dfsg-5 [ia64], 0.3+git20161121.0000000+ds-1.1+b1 [m68k, sh4], 0~20160325+ds-1 [x32])
sequence consensus using directed acyclic graphs
pbhoney (15.8.24+dfsg-7)
genomic structural variation discovery
pbjelly (15.8.24+dfsg-7)
genome assembly upgrading tool
pbsim (1.0.3+git20180330.e014b1d+dfsg-2+b1 [riscv64], 1.0.3+git20180330.e014b1d+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
simulateur pour les lectures de séquences de PacBio
pdb-tools (2.5.0-2)
tools for manipulating and editing PDB files
pdb2pqr (3.5.2+dfsg-2)
Preparation of protein structures for electrostatics calculations
perlprimer (1.2.4-2)
Conception graphique d'amorce de PCR
perm (0.4.0-8+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.4.0-8 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
efficient mapping of short reads with periodic spaced seeds
persalys (13.1.1+ds-1+b1 [amd64, arm64, hppa, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x], 12.0.1+ds-2 [alpha])
GUI for uncertainty treatment and variabilities management
pftools (3.2.12-1)
build and search protein and DNA generalized profiles
phast (1.6+dfsg-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.6+dfsg-3 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64], 1.5+dfsg-2 [sh4, x32])
phylogenetic analysis with space/time models
phipack (0.0.20160614-5+b1 [riscv64], 0.0.20160614-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
PHI test and other tests of recombination
phybin (0.3-6 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 0.3-5+b1 [x32])
binning/clustering newick trees by topology
phylip (1:3.697+dfsg-2+b1 [riscv64], 1:3.697+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
paquet de programmes pour déduire les phylogénies
phylonium (1.6-1+b1 [riscv64], 1.6-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Fast and Accurate Estimation of Evolutionary Distances
phyml (3:3.3.20220408-3)
estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale
physamp (1.1.0-4)
sample sequence alignment corresponding to phylogeny
phyutility (2.7.3+dfsg-4+b1 [riscv64], 2.7.3+dfsg-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 2.7.3-1 [hppa])
simple analyses or modifications on both phylogenetic trees and data matrices
phyx (1.3+ds-2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 1.01+ds-2+b1 [alpha], 1.01+ds-2 [hppa])
UNIX-style phylogenetic analyses on trees and sequences
picard-tools (2.27.5+dfsg-2)
Command line tools to manipulate SAM and BAM files
picopore (1.2.0-2)
lossless compression of Nanopore files
picosat (965-2+b1 [riscv64], 965-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
solveur SAT avec gestion de démonstrations et « core »
pigx-rnaseq (0.1.0-1.1)
pipeline for checkpointed and distributed RNA-seq analyses
piler (0~20140707-3+b1 [riscv64], 0~20140707-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
genomic repeat analysis
pilercr (1.06+dfsg-5+b1 [riscv64], 1.06+dfsg-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
software for finding CRISPR repeats
pilon (1.24-2)
automated genome assembly improvement and variant detection tool
pinfish (0.1.0+ds-3+b1 [riscv64], 0.1.0+ds-3 [alpha, amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32])
outils pour l’annotation de génomes en utilisant des données transcriptomiques de lectures longues
pinfish-examples (0.1.0+ds-3)
Examples and test data for pinfish
pique (1.0-6)
software pipeline for performing genome wide association studies
pirs (2.0.2+dfsg-11+b1 [riscv64], 2.0.2+dfsg-11 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64], 2.0.2+dfsg-6 [x32])
Profile based Illumina pair-end Reads Simulator
pirs-examples (2.0.2+dfsg-11)
profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (example data)
pirs-profiles (2.0.2+dfsg-11)
profile basd Illumina pair-end Reads Simulator (profile data)
pizzly (0.37.3+ds-9)
identification de fusions de gènes dans des données de séquençage d’ARN
pkg-r-autopkgtest (20230121)
Script for the automatic testing of R packages
pktools (2.6.7.6+ds-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 2.6.7.6+ds-3+b3 [sh4])
utilitaires complémentaires pour GDAL pour un traitement efficace d'images matricielles
placnet (1.04-1)
Plasmid Constellation Network project
planetary-system-stacker (0.8.32~git20221019.66d7558-1)
create a sharp image of a planetary system object (moon, sun, planets)
planets (0.1.13-20+b7 [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32], 0.1.13-20+b6 [alpha, riscv64], 0.1.13-20+b5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x])
simulation gravitationnelle de corps planétaires
plasmidid (1.6.5+dfsg-2)
mapping-based, assembly-assisted plasmid identification tool
plasmidseeker (1.3+dfsg-3)
identification of known plasmids from whole-genome sequencing reads
plast (2.3.2+dfsg-10)
Parallel Local Sequence Alignment Search Tool
plast-example (2.3.2+dfsg-10)
Parallel Local Sequence Alignment Search Tool (example data)
plastimatch (1.9.4+dfsg.1-1 [amd64], 1.6.2+dfsg-1 [hppa, sparc64, x32], 1.6.0+dfsg-1 [alpha], 1.5.15+dfsg-1 [ppc64])
reconstruction d’images médicales et recalage
plink (1.07+dfsg-4+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.07+dfsg-4 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
outils d'analyse d'associations sur le génome entier
plink1.9 (1.90~b6.26-220402-1 [amd64, armel, armhf, i386, mipsel], 1.90~b3b-150117-1+b1 [hppa], 1.90~b3b-150117-1 [sh4])
outils d'analyse d'associations sur le génome entier
plink2 (2.00~a3.5-220809+dfsg-1)
whole-genome association analysis toolset
pluto-jpl-eph (0.0~git20180228-1.1)
command line handling of JPL ephemeres data
pluto-lunar (0.0~git20180825.e34c1d1-1+b1 [amd64], 0.0~git20180825.e34c1d1-1 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
routines de prédictions de positions dans le système solaire
pnetcdf-bin (1.12.3-1 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 1.9.0-1 [m68k, sh4], 1.8.1-3 [hppa, x32])
Programs for reading and writing parallel NetCDF files
poa (2.0+20060928-8+b1 [riscv64], 2.0+20060928-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement d'ordre partiel pour les alignements multiples de séquences
populations (1.2.33+svn0120106+dfsg-6+b1 [riscv64], 1.2.33+svn0120106+dfsg-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
logiciel de génétique de populations
porechop (0.2.4+dfsg-4)
adapter trimmer for Oxford Nanopore reads
poretools (0.6.0+dfsg-6)
toolkit for nanopore nucleotide sequencing data
poretools-data (0.6.0+dfsg-6)
toolkit for nanopore nucleotide sequencing data -- sample datasets
pplacer (1.1~alpha19-6)
phylogenetic placement and downstream analysis
praat (6.3.05-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 6.2.14-1 [alpha, m68k], 6.1.34-1 [sh4, x32], 6.1.14-3 [ia64])
programme pour l'analyse et la synthèse de la parole
prank (0.0.170427+dfsg-3+b1 [riscv64], 0.0.170427+dfsg-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Probabilistic Alignment Kit for DNA, codon and amino-acid sequences
predictnls (1.0.20-8)
prédiction et analyse de signaux de localisation nucléaire de protéines
prime-phylo (1.0.11-10+b1 [riscv64], 1.0.11-10 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account
primer3 (2.6.1-4)
outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN
primer3-examples (2.6.1-4)
tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification (examples)
prinseq-lite (0.20.4-6)
PReprocessing and INformation of SEQuence data (lite version)
prinseq-lite-examples (0.20.4-6)
PReprocessing and INformation of SEQuence data (example data)
proalign (0.603-5+b1 [riscv64], 0.603-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.603-3 [hppa])
logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes
probabel (0.5.0+dfsg-6 [amd64, i386, m68k, sh4, x32], 0.5.0+dfsg-5 [hppa, ppc64, sparc64], 0.5.0+dfsg-4 [alpha, ia64])
Toolset for Genome-Wide Association Analysis
probabel-examples (0.5.0+dfsg-6)
Example files for ProbABEL
probalign (1.4-10)
multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities
probcons (1.12-14+b1 [riscv64], 1.12-14 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement de séquences multiples basé sur la cohérence probabiliste
probcons-extra (1.12-14+b1 [riscv64], 1.12-14 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Programmes optionnels pour le paquets probcons
proda (1.0-13+b1 [riscv64], 1.0-13 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Alignement multiple de séquences protéiques
prodigal (1:2.6.3-6)
Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
profbval (1.0.22-8)
prédicteur des résidus de protéine flexibles/rigides à partir d'une séquence
profisis (1.0.11-7)
prédiction des sites d'interaction protéine-protéine à partir d'une séquence
profnet-bval (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for profbval
profnet-chop (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for profchop
profnet-con (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for profcon
profnet-isis (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for profisis
profnet-md (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for metadisorder
profnet-norsnet (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for norsnet
profnet-prof (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for profacc
profnet-snapfun (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for snapfun
profphd-net (1.0.22-8+b1 [riscv64], 1.0.22-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
neural network architecture for profphd
profphd-utils (1.0.10-7+b1 [riscv64], 1.0.10-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
profphd helper utilities convert_seq and filter_hssp
proftmb (1.1.12-11+b1 [riscv64], 1.1.12-11 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
per-residue prediction of bacterial transmembrane beta barrels
progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-5+b2 [riscv64], 1.2.0+4713+dfsg-5+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
multiple genome alignment algorithms
proj-bin (9.1.1-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 9.1.1-1 [sh4])
bibliothèque de projection cartographique (outils)
prokka (1.14.6+dfsg-4)
rapid annotation of prokaryotic genomes
promod3 (3.2.1+ds-6+b1)
protein homology modelling engine
promod3-data (3.2.1+ds-6)
protein homology modelling engine - data files
prooftree (0.13-2+b4 [riscv64], 0.13-2+b3 [hppa, ia64, sh4, sparc64, x32], 0.13-2+b2 [alpha, amd64, arm64, armhf, i386, ppc64, ppc64el], 0.13-2 [s390x], 0.13-1+b6 [m68k])
visualisation d’arbre de preuve pour Proof General
proteinortho (6.1.7+dfsg-1 [amd64, arm64, ppc64el, riscv64, s390x], 6.1.4+dfsg-1 [ppc64], 6.1.0+dfsg-2 [ia64], 6.0.31+dfsg-2 [hppa, m68k, sh4], 6.0.31+dfsg-1 [alpha, x32], 6.0.8+dfsg-1 [sparc64])
Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis
prottest (3.4.2+dfsg-8)
selection of best-fit models of protein evolution
provean (1.1.5+ds-2+b1 [riscv64], 1.1.5+ds-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Protein Variation Effect Analyzer
pscan-chip (1.1-3+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.1-3+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
ChIP-based identifcation of TF binding sites
pscan-chip-data (1.1-3)
auxiliary data for PScan-ChIP
pscan-tfbs (1.2.2-4+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.2.2-4+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
search for transcription factor binding sites
psfex (3.21.1-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 3.17.1+dfsg-6 [alpha, m68k], 3.17.1+dfsg-5+b1 [hppa])
Point Spread Function model extractor
psi3 (3.4.0-6+b5 [mips64el], 3.4.0-6+b4 [ppc64, sparc64], 3.4.0-6+b3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mipsel, ppc64el, s390x, sh4], 3.4.0-6+b1 [ia64, riscv64])
suite de programme de chimie quantique
psi4 (1:1.3.2+dfsg-5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1:1.3.2+dfsg-4 [hppa, sparc64], 1:1.3.2+dfsg-3 [alpha, m68k], 1:1.3.2+dfsg-2.1 [sh4], 1:1.3.2+dfsg-2+b1 [ia64, x32])
Quantum Chemical Program Suite
psi4-data (1:1.3.2+dfsg-5)
suite de programmes de chimie quantique – fichiers de données
psortb (3.0.6+dfsg-3+b2)
bacterial localization prediction tool
psychopy (2022.1.3+dfsg-1)
environnement pour créer des stimuli psychologiques en Python
psychtoolbox-3-common (3.0.18.12.dfsg1-1.1)
toolbox for vision research -- arch/interpreter independent part
psychtoolbox-3-lib (3.0.18.12.dfsg1-1.1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 3.0.18.9.dfsg1-1 [m68k, sh4, x32], 3.0.11.20131017.dfsg1-3 [sparc64])
toolbox for vision research -- arch-specific parts
pullseq (1.0.2-3+b1 [mips64el, mipsel, riscv64], 1.0.2-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Extract sequence from a fasta or fastq
purify (2.0.0-6+b1)
Collection of routines for radio interferometric imaging
pycoqc (2.5.2+dfsg-3)
computes metrics and generates Interactive QC plots
pyensembl (2.2.4+ds-1)
installs data from the Ensembl genome database
pyfai (0.21.3+dfsg1-2)
Fast Azimuthal Integration scripts
pyfastx (0.8.4-2)
fast random access to sequences from FASTA/Q file - command
pyfr (1.5.0-3)
flux reconstruction in Python
pymca (5.8.0+dfsg-2)
applications et boite à outils pour l’analyse de fluorescence de rayons X – scripts
pymca-data (5.8.0+dfsg-2)
fichiers de données indépendantes de l'architecture pour PyMca
pymoctool (0.5.0-5)
Python Multi-Order Coverage maps tool for Virtual Observatory
pymol (2.5.0+dfsg-1)
système de graphismes moléculaires
pymol-data (2.5.0+dfsg-1)
data files for PyMOL
pysatellites (2.6-1)
simulation de lancement de satellites
python-drizzle-testdata (1.13.4-1)
Dithered image combination for Python (Test data)
python-escript-doc (5.6-4)
Documentation for Escript/Finley
python-pairix-examples (0.3.7-6)
1D/2D indexing and querying with a pair of genomic coordinates (examples)
python3-airr (1.3.1-1)
Data Representation Standard library for antibody and TCR sequences
python3-alignlib (0.1.1+dfsg-2+b4)
edit and Hamming distances for biological sequences
python3-amp (0.6.1-1+b8 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 0.6.1-1+b7 [alpha, hppa], 0.6.1-1+b6 [m68k], 0.6.1-1+b4 [sparc64], 0.6.1-1+b2 [x32])
Atomistic Machine-learning Package (python 3)
python3-bioframe (0.3.3-2 [all], 0.3.3-1 [ppc64, riscv64])
library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
python3-bornagain (1.19.0-3+b5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 1.19.0-3+b2 [hppa, m68k], 1.19.0-3+b1 [alpha])
simulation et adaptation GISAS de rayons X et de neutrons – Python 3
python3-cif2cell (2.0.0a5+dfsg-1)
prepare CIF files for electronic structure calculations
python3-cyvcf2 (0.30.18-1+b2)
VCF parser based on htslib (Python 3)
python3-datacache (1.2.1-1)
helpers for transparently downloading datasets
python3-dcmstack (0.9-1)
DICOM to NIfTI conversion - python3 package
python3-deeptools (3.5.1-3)
platform for exploring biological deep-sequencing data
python3-deeptoolsintervals (0.1.9-3+b6 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.1.9-3+b5 [alpha, m68k])
handlig GTF-like sequence-associated interal-annotation
python3-dials (3.12.1+dfsg3-4+b1)
Diffraction Integration for Advanced Light Sources - Python3
python3-dnapilib (1.1-3)
adapter prediction for small RNA sequencing - library
python3-emperor (1.0.3+ds-7)
visualizing high-throughput microbial community data
python3-escript (5.6-4+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 5.6-4+b1 [alpha, ppc64], 5.6-3+b1 [m68k], 5.5-5 [x32], 5.4-1 [ia64], 5.2-1 [sparc64], 5.1-6 [hppa])
Escript/Finley finite elements Python3 system (with OpenMP)
python3-escript-mpi (5.6-4+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 5.6-4+b1 [alpha, ppc64], 5.6-3+b1 [m68k], 5.5-5 [x32], 5.4-1 [ia64], 5.2-1 [sparc64], 5.1-6 [hppa])
Escript/Finley finite elements Python3 system (OpenMP + MPI)
python3-faiss (1.7.3-2+b1)
Python 3 module for efficient similarity search and clustering of dense vectors
python3-ffcv (0.0.3-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x], 0.0.3-2 [mips64el], 0.0.3-1 [hppa])
Fast Forward Computer Vision (and other ML workloads)
python3-freesas (0.9.0-6 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, riscv64], 0.9.0-5 [mips64el, mipsel, ppc64el])
Python libraries for small angle scattering tools
python3-geneimpacts (0.3.7-4)
wraps command line tools to assess variants in gene sequences
python3-gfapy (1.2.3+dfsg-2)
flexible and extensible software library for handling sequence graphs
python3-gffutils (0.11.1-3)
Work with GFF and GTF files in a flexible database framework
python3-gtfparse (1.3.0+ds-1)
parser for gene transfer format (aka GFF2)
python3-harmonypy (0.0.9-1)
is a data integration algorithm
python3-jupyter-sphinx (0.3.2-2)
Jupyter Sphinx Extension - Python3
python3-keras (2.3.1+dfsg2-1)
deep learning framework running on Theano or TensorFlow
python3-louvain (0.0+20181013git3fc1f575-2)
community graph analysis implementing Louvain method
python3-mmtf (1.1.3-1)
binary encoding of biological structures (Python 3)
python3-mpiplus (0.0.1-2)
Python GPU framework for alchemical free energy calculations (Python 3)
python3-nanostat (1.4.0-3)
statistics on long biological sequences
python3-navarp (1.3.0-1)
Navigation tool for ARPES data (Python 3)
python3-noise (1.2.3-4+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.2.3-4+b2 [alpha, m68k])
Perlin noise for image generation
python3-onnx (1.12.0-2+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.12.0-2+b3 [alpha, m68k, sh4], 1.7.0+dfsg-2 [ia64])
Open Neural Network Exchange (ONNX) (Python)
python3-parmed (3.4.3+dfsg-1+b3 [amd64], 3.4.3+dfsg-1+b2 [arm64, ppc64el])
parameter and topology file editor and molecular mechanical simulator
python3-pdbtools (2.5.0-2)
tools for manipulating and editing PDB files (Python 3 package)
python3-peptidebuilder (1.1.0-3)
generate atomic oligopeptide 3D structure from sequence
python3-pomegranate (0.14.8-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 0.14.8-2 [hppa, m68k, sh4], 0.14.8-1 [alpha], 0.12.2-1 [x32], 0.11.1+dfsg2-1+b1 [ia64, sparc64])
Fast, flexible and easy to use probabilistic modelling
python3-prodigy (2.1.1-1)
Protein Binding Affinity Prediction (Python 3)
python3-prody (2.3.1+dfsg-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64], 2.3.1+dfsg-2 [alpha])
paquet de Python pour l’analyse dynamique de protéines
python3-prody-tests (2.3.1+dfsg-3)
Python package for protein dynamics analysis - test data
python3-propka (3.4.0-5)
heuristic pKa calculations with ligands (Python 3)
python3-py2bit (0.3.1-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 0.3.1-1+b1 [alpha], 0.3.0-5+b1 [m68k], 0.3.0-3+b1 [hppa, ppc64, sparc64])
access to 2bit files
python3-pybel (0.14.10-1)
Biological Expression Language
python3-pybigwig (0.3.18+dfsg-1+b3)
Python 3 module for quick access to bigBed and bigWig files
python3-pyimagetool (1.0-2)
Image Tool for multidimensional analysis (Python 3)
python3-pymbar (3.1.0-4)
Python implementation of the multistate Bennett acceptance ratio (MBAR)
python3-pynlpl (1.2.9-1)
PyNLPl is a library for Natural Language Processing (Python 3 version)
python3-pynndescent (0.5.7-1 [amd64, arm64], 0.5.2+dfsg-1 [ppc64el])
nearest neighbor descent for approximate nearest neighbors
python3-pyobjcryst (2.2.5-1+b1)
Object-Oriented Crystallographic Library bindings (Python 3)
python3-pyvkfft (2022.1.1-3+b1) [contrib]
binding to the CUDA and OpenCL backends of VkFFT - Python3
python3-pyxrd (0.8.4-2+b1 [riscv64], 0.8.4-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64])
modeling of X-ray diffraction (XRD) patterns of disordered lamellar structures
python3-qiskit-aer (0.4.1-2+b3 [amd64, armhf, i386, ppc64el], 0.4.1-2+b2 [arm64, mips64el], 0.4.1-2 [riscv64])
Quantum Information Science Kit (Qiskit): Aer
python3-qiskit-ibmq-provider (0.4.6-4)
Qiskit (Quantum Information Science Kit) : « provider » pour IBM Q
python3-qiskit-terra (0.12.0-4+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 0.12.0-4+b1 [alpha, hppa], 0.12.0-1 [x32])
Quantum Information Science Kit (Qiskit) for Python 3
python3-seqcluster (1.2.9+ds-1) [contrib]
analysis of small RNA in NGS data
python3-skorch (0.12.1-1)
scikit-learn compatible neural network library that wraps PyTorch
python3-tinyalign (0.2.1-1+b3)
numerical representation of differences between strings
python3-torch-ignite (0.4.3-1)
High-level library to help with training and evaluating in PyTorch
python3-torchaudio (0.7.2-1+b2)
Data manipulation and transformation for audio signal processing
python3-torchtext (0.14.1-1 [amd64, arm64, ppc64el, riscv64, s390x], 0.8.1-1+b1 [hppa])
Data loaders and abstractions for text and NLP
python3-torchvision (0.14.1-1 [amd64, arm64, ppc64el, riscv64, s390x], 0.8.2-1+b2 [hppa])
Datasets, Transforms and Models specific to Computer Vision
(3.7.12-5)
sequence logo generator
python3-xeus-python-shell (0.14.3+~0.5.0-2)
Native jupyter kernel for python (python library)
python3-xgboost (1.7.3-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.7.2-1 [alpha, m68k])
Scalable and Flexible Gradient Boosting (Python3)
python3-xraydb (4.4.7+ds1-3)
X-ray Reference Data (Python 3)
python3-xraylarch (0.9.58+ds1-5)
X-ray absorption, fluorescence spectroscopy and diffraction data analysis
python3-xrstools (0.15.0+git20210910+c147919d-3+b1)
x-ray Raman scattering tools (Python 3)
python3-xrt (1.4.0-2)
lancer de rayons X et propagation d’ondes – Python 3
pyzo (4.12.3-1)
interactive editor for scientific Python
q2-alignment (2022.11.1-2)
QIIME 2 plugin for generating and manipulating alignments
q2-cutadapt (2022.11.1-2)
QIIME 2 plugin to work with adapters in sequence data
q2-dada2 (2022.11.2-2)
QIIME 2 plugin to work with adapters in sequence data
q2-demux (2022.11.1+dfsg-2)
QIIME 2 plugin for demultiplexing of sequence reads
q2-diversity-lib (2022.11.1-2)
QIIME2 plugin to expose diversity metrics/measures as actions
q2-emperor (2022.11.1-2)
QIIME2 plugin for display of ordination plots
q2-feature-classifier (2022.11.1-2)
classification taxinomique gérant le greffon QIIME 2
q2-feature-table (2022.11.1+dfsg-2)
QIIME 2 plugin supporting operations on feature tables
q2-fragment-insertion (2022.11.1-2)
QIIME 2 plugin for fragment insertion
q2-metadata (2022.8.0-1)
QIIME 2 plugin for working with and visualizing Metadata
q2-phylogeny (2022.11.1-3)
QIIME 2 plugin for phylogeny
q2-quality-control (2022.11.1-2)
QIIME 2 plugin for quality assurance of feature and sequence data
q2-quality-filter (2022.11.1-2)
QIIME2 plugin for PHRED-based filtering and trimming
q2-sample-classifier (2022.11.1-2)
QIIME 2 plugin for machine learning prediction of sample data
q2-taxa (2022.11.1+dfsg-2)
QIIME 2 plugin for working with feature taxonomy annotations
q2-types (2022.11.1-2)
QIIME 2 plugin defining types for microbiome analysis
q2cli (2022.11.1-2)
Click-based command line interface for QIIME 2
q2templates (2022.11.1+ds-2)
Design template package for QIIME 2 Plugins
qcat (1.1.0-6)
demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files
qcat-examples (1.1.0-6)
demultiplexing Oxford Nanopore reads from FASTQ files (examples)
qcumber (2.3.0-2)
quality control of genomic sequences
qemu-web-desktop (22.09.16+ds1-3 [amd64, arm64, ppc64el, riscv64], 21.05.03-1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64])
Remote desktop service with virtual machines in a browser.
qfits-tools (6.2.0-8+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x], 6.2.0-8+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, riscv64, sh4, sparc64, x32])
outils pour manipuler des fichiers FITS
qfitsview (4.1+dfsg-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el, riscv64, s390x], 4.1+dfsg-1+b1 [alpha, hppa, m68k, ppc64, x32], 4.1+dfsg-1 [mips64el, mipsel, sh4])
visualisateur de fichier FITS basé sur DPUSER
qgis (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64], 2.14.19+dfsg-1 [sparc64])
système d'information géographique –⋅SIG
qgis-api-doc (3.22.15+dfsg-1)
documentation de l'API de QGIS
qgis-common (3.22.15+dfsg-1)
QGIS –⋅données indépendantes de l'architecture
qgis-plugin-grass (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64], 2.14.19+dfsg-1 [sparc64])
greffon GRASS pour QGIS
qgis-plugin-grass-common (3.22.15+dfsg-1)
greffon GRASS pour QGIS –⋅données indépendantes de l'architecture
qgis-provider-grass (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64], 2.14.19+dfsg-1 [sparc64])
fournisseur GRASS pour QGIS
qgis-providers (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64], 2.14.19+dfsg-1 [sparc64])
fournisseurs de collections de données pour QGIS
qgis-providers-common (3.22.15+dfsg-1)
fournisseur de collections de données pour QGIS –⋅fichiers indépendants de l'architecture
qgis-server (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64], 2.14.19+dfsg-1 [sparc64])
serveur pour QGIS fournissant divers services de l’OGC
qgis-server-bin (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64])
QGIS server providing various OGC services (executables)
qgis-server-common (3.22.15+dfsg-1)
QGIS server providing various OGC services (data)
qgis-server-dummy (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64])
QGIS server providing various OGC services (dummy)
qgis-server-landingpage (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64])
QGIS server providing various OGC services (landing page)
qgis-server-wcs (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64])
QGIS server providing various OGC services (WCS)
qgis-server-wfs (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64])
QGIS server providing various OGC services (WFS)
qgis-server-wfs3 (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64])
QGIS server providing various OGC services (WFS 3)
qgis-server-wms (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64])
QGIS server providing various OGC services (WMS)
qgis-server-wmts (3.22.15+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x], 3.22.14+dfsg-2 [hppa], 3.22.13+dfsg-1+b1 [x32], 3.22.7+dfsg-1 [alpha], 3.16.16+dfsg-1 [m68k, ppc64])
QGIS server providing various OGC services (WMTS)
qgis3-survex-import (1.3-1)
QGIS3 plugin to read survex 3d files, for cave surveying
qiime (2022.11.1-2)
QIIME, Quantitative Insights Into Microbial Ecology
qmapshack (1.16.1-2 [amd64, arm64, armhf, i386, mips64el, mipsel], 1.11.1-4 [alpha, m68k, ppc64, sh4], 1.11.1-3 [riscv64, x32], 1.11.1-1 [hppa], 1.9.0-1 [sparc64])
cartographie GPS (GeoTiff et vectorielle) et gestion d’appareils GPS
qmc (0.94-4.1)
Outil de simplification Quine McClusky
qrisk2 (0.1.20150729-5+b1 [riscv64], 0.1.20150729-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
calculateur de risque de maladies cardiovasculaires
qthid-fcd-controller (4.1-6+b1 [riscv64], 4.1-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
contrôleur pour le dongle de Funcube
qtltools (1.3.1+dfsg-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.3.1+dfsg-2+b2 [m68k], 1.3.1+dfsg-2+b1 [sh4])
Tool set for molecular QTL discovery and analysis
quantum-espresso (6.7-2+b2 [m68k, riscv64, sh4], 6.7-2+b1 [amd64, arm64, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 6.7-1 [hppa], 6.5-2 [alpha])
suite Electronic-Structure et Ab-Initio Molecular Dynamics
quantum-espresso-data (6.7-2)
Electronic-Structure and Ab-Initio Molecular Dynamics Suite (Documentation)
quicktree (2.5-5)
Neighbor-Joining algorithm for phylogenies
quorum (1.1.1-7+b1 [riscv64], 1.1.1-7 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el], 1.1.1-5 [ia64])
QUality Optimized Reads of genomic sequences
qutemol (0.4.1~cvs20081111-15 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 0.4.1~cvs20081111-14 [alpha, m68k, x32], 0.4.1~cvs20081111-13 [ia64])
visualisation interactive de macromolécules
r-cran-alakazam (1.2.1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 1.0.2-1 [sparc64], 0.3.0-1 [m68k])
lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité
r-cran-sdmtools (1.1-221.2-1+b2 [riscv64], 1.1-221.2-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Species Distribution Modelling Tools
r-cran-shazam (1.1.2-1)
Immunoglobulin Somatic Hypermutation Analysis
r-cran-tigger (1.0.1-1)
Infers new Immunoglobulin alleles from Rep-Seq Data
racon (1.5.0-3 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 1.5.0-2 [hppa, m68k, sh4, x32])
consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads
radiant (2.8.1+dfsg-2)
explore hierarchical metagenomic data with zoomable pie charts
ragout (2.3-4)
Reference-Assisted Genome Ordering UTility
ragout-examples (2.3-4)
Reference-Assisted Genome Ordering UTility (example data)
rambo-k (1.21+dfsg-4)
Read Assignment Method Based On K-mers
rampler (2.1.1-1)
module for sampling genomic sequences
rapmap (0.15.0+dfsg-3)
rapid sensitive and accurate DNA read mapping via quasi-mapping
rapmap-dev (0.15.0+dfsg-3)
rapmap - rapid sensitive and accurate DNA read mapping (some headers)
rapmap-example-data (0.15.0+dfsg-3)
example data for rapmap - rapid sensitive and accurate DNA read mapping
rasmol (2.7.6.0-3+b1 [riscv64], 2.7.6.0-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
visualisation de macromolécules biologiques
raster3d (3.0-7-2+b2 [riscv64], 3.0-7-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outils pour la génération d'images de protéines ou d'autres molécules
rate4site (3.0.0-8+b1 [riscv64], 3.0.0-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
detector of conserved amino-acid sites
rawtran (1.1-1+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, riscv64], 1.1-1+b3 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
RAW photo to FITS converter
raxml (8.2.12+dfsg-8+b1 [riscv64], 8.2.12+dfsg-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques
ray (2.3.1-7)
de novo genome assemblies of next-gen sequencing data
ray-extra (2.3.1-7)
Scripts and XSL sheets for post-processing for ray
rdkit-data (202209.3-1)
Collection of cheminformatics and machine-learning software (data files)
rdp-classifier (2.10.2-6)
extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s
readseq (1-14+b1 [riscv64], 1-14 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
conversion entre formats de séquences
readucks (0.0.3-5)
Nanopore read de-multiplexer (read demux -> readux -> readucks, innit)
reapr (1.0.18+dfsg-5+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 1.0.18+dfsg-5 [hppa, ia64, ppc64, sparc64])
outil universel pour l’évaluation d’assemblage de génomes
recan (0.1.5+dfsg-2)
genetic distance plotting for recombination events analysis
refmac-dictionary (5.41-2)
dictionary for macromolecular refinement and model building
relion (3.1.3-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 3.1.3-3 [alpha])
toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy
relion-cuda (3.1.3-2) [contrib]
parallel toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy
relion-gui (3.1.3-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 3.1.3-3 [alpha])
toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)
relion-gui-cuda (3.1.3-2) [contrib]
toolkit for 3D reconstructions in cryo-electron microscopy (gui apps)
repeatmasker-recon (1.08-7+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.08-7 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
finds repeat families from biological sequences
reprof (1.0.1-8)
prédicteur de structure secondaire de protéines et d'accessibilité
resfinder (4.1.11-2)
identify acquired antimicrobial resistance genes
resfinder-db (0.0+git20220524.fa32d9a-1)
ResFinder database is a curated database of acquired resistance genes
resfinder-example (4.1.11-2)
identify acquired antimicrobial resistance genes (example data)
rna-star (2.7.10b+dfsg-2 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el], 2.5.2a+dfsg-2 [x32], 2.4.2a+dfsg-1+b1 [m68k], 2.4.2a+dfsg-1 [sh4])
aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq
rnahybrid (2.1.2-7)
prédiction rapide et efficace des complexes microARN/cible
roary (3.13.0+dfsg-1)
pipeline de pangénome autonome et très rapide
rocketcea (1.1.18+dfsg-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64], 1.1.18+dfsg-3 [m68k], 1.1.18+dfsg-2+b2 [alpha], 1.1.18+dfsg-1 [x32])
NASA Chemical Equilibrium, wrapped in Python
rockhopper (2.0.3+dfsg2-3)
system for analyzing bacterial RNA-seq data
roguenarok (1.0.1-3+b1 [riscv64], 1.0.1-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
versatile and scalable algorithm for rogue taxon identification
routine-update (0.0.13)
routine updater for a Debian source package
rsem (1.3.3+dfsg-2+b1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64], 1.3.3+dfsg-2 [alpha, hppa, ppc64, s390x, sparc64, x32], 1.3.2+dfsg-2+b1 [sh4], 1.2.26+dfsg-2 [m68k])
RNA-Seq by Expectation-Maximization
rtax (0.984-8)
Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene
ruby-getspg (2.0.2-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 2.0.2-1+b2 [alpha, m68k], 1.16.0-1 [ia64])
C library for crystal symmetry determination - Ruby bindings
ruby-rgfa (1.3.1+dfsg-2)
parse, edit and write GFA format graphs in Ruby
runcircos-gui (0.0+git20200528.82dda8c-1+b1 [riscv64], 0.0+git20200528.82dda8c-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
outil graphique pour exécuter circos
sac2mseed (1.13+ds1-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.13+ds1-1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
Convert SAC waveform data to MiniSEED
saga (8.5.0+dfsg-2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 8.4.1+dfsg-1 [alpha], 8.2.2+dfsg-1 [m68k, x32], 7.3.0+dfsg-7 [sh4], 7.3.0+dfsg-4+b3 [ia64])
système d’analyses automatisées géoscientifiques
saga-common (8.5.0+dfsg-2)
SAGA GIS architecture independent files
saint (2.5.0+dfsg-4+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 2.5.0+dfsg-4+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
Significance Analysis of INTeractome
salmid (0.1.23-5)
rapid Kmer based Salmonella identifier from sequence data
salmon (1.9.0+ds1-1+b1)
wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
sambamba (1.0+dfsg-1)
tools for working with SAM/BAM data
samblaster (0.1.26-4)
marks duplicates, extracts discordant/split reads
samclip (0.4.0-4)
filter SAM file for soft and hard clipped alignments
samtools (1.16.1-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.13-4 [alpha])
traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
samtools-test (1.16.1-1)
test files for the samtools package
saods9 (8.4.1+repack-1)
outil d’affichage d’image pour l’astronomie
sasview (5.0.5-5)
Small Angle Scattering Analysis suite
sat4j (2.3.5-0.3)
bibliothèque de solveurs SAT en Java
savi (1.5.1-5)
représentation de constellations satellitaires
savvy-util (2.1.0-2)
conversion tool for SAV file format
sbmltoolbox (4.1.0-5)
libsbml toolbox for octave and matlab
scamp (2.10.0-2+b1 [riscv64], 2.10.0-2 [alpha, amd64, arm64, m68k, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x], 2.0.4+dfsg-1+b2 [hppa], 2.0.4-3 [sparc64])
Compute astrometric and photometric solutions
science-config (1.14.3)
paquet de configuration pour le projet Debian Science
science-dataacquisition-dev (1.14.3)
Debian Science data acquisition development packages
science-electronics (1.14.3)
paquet de transition pour l’électronique de Debian Science
science-engineering-dev (1.14.3)
Debian Science Engineering-dev packages
science-highenergy-physics (1.14.3)
Debian Science High Energy Physics packages
science-highenergy-physics-dev (1.14.3)
Debian Science High Energy Physics development packages
science-machine-learning (1.14.3)
paquets pour l’apprentissage automatique de Debian Science
science-mathematics-dev (1.14.3)
Debian Science Mathematics-dev packages
science-meteorology-dev (1.14.3)
Debian Science Meteorology-dev packages
science-nanoscale-physics (1.14.3)
paquets Debian pour les nanosciences
science-nanoscale-physics-dev (1.14.3)
paquets de développement Debian pour les nanosciences
science-neuroscience-cognitive (1.14.3)
paquets pour les neurosciences cognitives de Debian Science
science-neuroscience-modeling (1.14.3)
paquets de Debian Science pour la modélisation de systèmes neuronaux
science-physics-dev (1.14.3)
Debian Science Physics-dev packages
science-robotics-dev (1.14.3)
Debian Robotics development packages
science-tasks (1.14.3)
tâches de Debian Science pour tasksel
science-viewing-dev (1.14.3)
Debian Science development of visualisation applications
scoary (1.6.16-5)
pangenome-wide association studies
scram (0.16.2-3+b1 [riscv64], 0.16.2-3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x])
outil d’analyse probabiliste de risque
scram-gui (0.16.2-3+b1 [riscv64], 0.16.2-3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x])
frontal graphique pour SCRAM
scrappie (1.4.2-8+b2 [riscv64], 1.4.2-8+b1 [amd64, arm64, armhf, i386, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64])
basecaller for Nanopore sequencer
scrm (1.7.4-1+b1 [riscv64], 1.7.4-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
simulator of evolution of genetic sequences
sctk (2.4.10-20151007-1312Z+dfsg2-3.1+b1 [riscv64], 2.4.10-20151007-1312Z+dfsg2-3.1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
boite à outils de notation de reconnaissance automatique de la parole
scythe (0.994+git20141017.20d3cff-3+b1 [riscv64], 0.994+git20141017.20d3cff-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Bayesian adaptor trimmer for sequencing reads
sdaps (1.9.8-0.1+b4 [riscv64], 1.9.8-0.1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x], 1.9.8-0.1+b2 [alpha, hppa], 1.9.8-0.1+b1 [sparc64], 1.9.8-0.1 [x32])
scripts for data acquisition with paper-based surveys
seaview (1:5.0.5-2)
interface multiplateforme pour l’alignement de séquences et la phylogénie
secrecy (0.0.5+ds-2+b1)
tool to handle libsecrecy keys and encrypted files
seer (1.1.4-7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.1.4-6 [ia64])
genomic sequence element (kmer) enrichment analysis
segemehl (0.3.4-5+b1 [riscv64], 0.3.4-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
associations de lectures courtes avec des trous
segyio-bin (1.8.3-1.1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.8.3-1+b1 [ia64])
SEG-Y read/write library for seismic processing (shell utilities)
sentencepiece (0.1.97-3+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.1.97-3 [m68k])
Unsupervised text tokenizer and detokenizer
sepp (4.5.1+really4.5.1+dfsg-5)
phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models
seq-gen (1.3.4-2) [non-free]
simulate the evolution of nucleotide or amino acid sequences
seqan-apps (2.4.0+dfsg-15 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 2.4.0+dfsg-14 [alpha], 2.4.0+dfsg-12 [hppa], 2.4.0+dfsg-11 [x32], 2.4.0+dfsg-8 [sh4], 2.3.2+dfsg2-4 [sparc64])
C++ library for the analysis of biological sequences
seqan-needle (1.0.1.0.0.git.3011926+ds-4)
pre-filter for the counting of very large collections of nucleotide sequences
seqan-raptor (2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3)
pre-filter for querying very large collections of nucleotide sequences
seqan-raptor-doc (2.0.0.0.git.fecfbca+ds-3)
HTML & PDF documentation for seqan-raptor and its APIs
seqcluster (1.2.9+ds-1) [contrib]
analysis of small RNA in NGS data
seqkit (2.3.1+ds-1+b1)
cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation
seqkit-examples (2.3.1+ds-1)
examples for seqkit: toolkit for FASTA/Q file manipulation
seqmagick (0.8.4-3)
imagemagick-like frontend to Biopython SeqIO
seqprep (1.3.2-8)
stripping adaptors and/or merging paired reads of DNA sequences with overlap
seqprep-data (1.3.2-8)
ensemble de données d’exemple pour seqprep – pour tests uniquement
seqsero (1.0.1+dfsg-6)
Salmonella serotyping from genome sequencing data
seqtk (1.3-4)
Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format
seriation (0.1+git20210125.fc7b8cb-1+b1 [riscv64], 0.1+git20210125.fc7b8cb-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
finds a suitable linear order for a set of objects
seriation-data (0.1+git20210125.fc7b8cb-1)
test data for seriation
sextractor (2.25.0+ds-3)
paquet factice de transition pour un changement de nom
sga (0.10.15-7+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, x32], 0.10.15-4 [sh4], 0.10.14-2 [alpha, hppa, ppc64, sparc64])
de novo genome assembler that uses string graphs
shapeit4 (4.2.2+dfsg-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 4.2.2+dfsg-1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
fast and accurate method for estimation of haplotypes (phasing)
shasta (0.11.1-1+b1)
nanopore whole genome assembly (binaries and scripts)
shelxle (1.0.1472-1 [amd64, arm64, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.0.1346-1 [alpha])
interface graphique pour SHELXL
shiny-server (1.5.19.995-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.5.19.995-1 [ppc64])
put Shiny web apps online
shovill (1.1.0-9 [amd64], 1.1.0-7 [hppa, ia64, m68k, ppc64, riscv64, sh4, sparc64, x32], 1.1.0-2 [alpha])
Assemble bacterial isolate genomes from Illumina paired-end reads
shovill-examples (1.1.0-9)
Test Data for shovill
sibelia (3.0.7+dfsg-3+b1 [riscv64], 3.0.7+dfsg-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
comparative genomics tool
sibelia-examples (3.0.7+dfsg-3)
comparative genomics tool (example data)
sibsim4 (0.20-5+b1 [riscv64], 0.20-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Alignement de séquences d'ARN sur une séquence d'ADN
sickle (1.33+git20150314.f3d6ae3-2+b1 [riscv64], 1.33+git20150314.f3d6ae3-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
siconos (4.4.0+dfsg-2)
modeling and simulation of nonsmooth dynamical systems (simulation runner tool)
siconos-mechanics-tools (4.4.0+dfsg-2)
modeling and simulation of nonsmooth dynamical systems (mechanics tools)
sift (4.0.3b-6+b1) [non-free]
predicts if a substitution in a protein has a phenotypic effect
sightcalibrator (21.1.1-3+b1)
Camera calibration software
sightviewer (21.1.1-3+b1)
DICOM viewer
sigma-align (1.1.3-8+b1 [riscv64], 1.1.3-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignement de multiples séquences d'ADN non codant
sigviewer (0.6.4-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 0.5.1+svn556-5 [sparc64])
visionneur graphique pour biosignaux tels que EEG, EMG et ECG
silx (1.1.0+dfsg-4)
boite à outils pour l’analyse de données de rayons X – exécutables
sim4 (0.0.20121010-8+b1 [riscv64], 0.0.20121010-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Outil d'alignement d'ADNc et d'ADN génomique
sim4db (0~20150903+r2013-8+b3)
batch spliced alignment of cDNA sequences to a target genome
simgrid-java (3.11.1-10) [debports]
Java bindings for the SimGrid Toolkit
simka (1.5.3-6)
comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets
simkamin (1.5.3-6)
approximate comparative metagenomics method dedicated to NGS datasets
simrisc (15.00.00-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 14.05.00-3 [alpha, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
simulation model for breast cancer risk
siril (1.0.6-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.0.6-1 [alpha], 1.0.3-1+b1 [ppc64], 0.99.10.1-2 [m68k], 0.9.12-2 [x32], 0.9.7-1+b1 [sparc64], 0.9.7-1 [sh4])
outil de traitement d'images astronomiques
siril-common (1.0.6-1)
architecture-independent files for siril
ska (1.0+dfsg-2)
Split Kmer Analysis
skesa (2.4.0-6+b1 [amd64, arm64], 2.4.0-4 [x32])
strategic Kmer extension for scrupulous assemblies
skewer (0.2.2-6+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.2.2-6 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
post-processing of high-throughput DNA sequence reads
skycat (3.1.2+starlink1~b+dfsg-7+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, riscv64], 3.1.2+starlink1~b+dfsg-7+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Image visualization and access to catalogs and data for astronomy
slang-xfig (0.2.0~.136-2)
produce plots and drawings through Xfig's fig2dev in S-Lang
smalt (0.7.6-12+b1 [riscv64], 0.7.6-12 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Sequence Mapping and Alignment Tool
smalt-examples (0.7.6-12)
Sequence Mapping and Alignment Tool (examples)
smiles-scripts (0.2.0+dfsg1-4)
command line tools to handle SMILES descriptors
smithwaterman (0.0+git20160702.2610e25-12+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.0+git20160702.2610e25-12 [m68k])
determine similar regions between two strings or genomic sequences
smrtanalysis (0~20210112)
software suite for single molecule, real-time sequencing
snakemake (7.20.0-1)
pythonic workflow management system
snap (2013-11-29-11+b1 [riscv64], 2013-11-29-11 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
location of genes from DNA sequence with hidden markov model
snap-aligner (2.0.2+dfsg-1 [amd64, arm64, mips64el, ppc64el, riscv64], 1.0.0+dfsg-3 [alpha])
Scalable Nucleotide Alignment Program
snaphu (2.0.5-1) [non-free]
Statistical-Cost, Network-Flow Algorithm for 2D Phase Unwrapping
sniffles (2.0.7-1)
structural variation caller using third-generation sequencing
snippy (4.6.0+dfsg-3)
rapid haploid variant calling and core genome alignment
snippy-examples (4.6.0+dfsg-3)
rapid haploid variant calling and core genome alignment (examples)
snp-sites (2.5.1-2+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 2.5.1-2 [ia64])
code binaire pour le paquet snp-sites
snpomatic (1.0-5+b1 [riscv64], 1.0-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
logiciel de mappage strict et rapide de « lectures courtes »
soapaligner (2.20-5)
aligner of short reads of next generation sequencers
soapdenovo (1.05-6)
short-read assembly method to build de novo draft assembly
soapdenovo2 (242+dfsg-3)
méthode d'assemblage de lectures courtes pour construire un assemblage brouillon de novo
soapsnp (1.03-4+b1 [riscv64], 1.03-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
resequencing utility that can assemble consensus sequence of genomes
solvate (1.0-3) [non-free]
arranges water molecules around protein structures
solvate-doc (1.0-3) [non-free]
Documentation for solvate
sortmerna (4.3.6-2 [amd64, i386], 2.1-5 [x32])
tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads
source-extractor (2.25.0+ds-3+b1 [riscv64], 2.25.0+ds-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64])
extracteur de sources dans des images astronomiques
spaced (1.2.0-201605+dfsg-3+b1 [riscv64], 1.2.0-201605+dfsg-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
alignment-free sequence comparison using spaced words
spades (3.15.5+dfsg-2)
assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »
spaln (2.4.13e+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, ia64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 2.4.7+dfsg-1 [hppa, m68k, sh4, x32])
alignement de transcriptions selon les épissures pour l’ADN génomique
spaln-data (2.4.13e+dfsg-1)
splicing-aware transcript-alignment to genomic DNA (data)
spass (3.9-1.1+b1 [riscv64], 3.9-1.1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
démonstrateur automatique de théorème pour la logique du premier ordre avec égalité
spatialite-bin (5.0.1-2)
extension géospatiale pour SQLite – outils
spd (1.3.0-1+b5 [mips64el], 1.3.0-1+b4 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64el, s390x], 1.3.0-1+b3 [ppc64], 1.3.0-1+b2 [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64, x32], 1.3.0-1+b1 [ia64, riscv64])
Synchrotron image corrections and azimuthal integration
splash (3.6.0-1)
Visualisation tool for Smoothed Particle Hydrodynamics simulation
spoa (4.0.8-1)
SIMD partial order alignment tool
sprai (0.9.9.23+dfsg1-2+b1 [riscv64], 0.9.9.23+dfsg1-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
single-pass sequencing read accuracy improver
spread-phy (1.0.7+dfsg-5)
analyze and visualize phylogeographic reconstructions
spview (2.0.1-1)
Spectrum Viewer
squizz (0.99d+dfsg-3)
convertisseur pour les séquences génétiques et les alignements
sra-toolkit (3.0.3+dfsg-4+b1 [amd64, arm64], 2.3.5-2+dfsg-1 [x32])
utilities for the NCBI Sequence Read Archive
sra-toolkit-libs-dev (2.3.5-2+dfsg-1) [debports]
Development files for the NCBI SRA Toolkit's libraries
sra-toolkit-libs0 (2.3.5-2+dfsg-1) [debports]
Libraries for the SRA Toolkit
srst2 (0.2.0-9+b1 [riscv64], 0.2.0-9 [alpha, amd64, arm64, m68k, mips64el, ppc64, ppc64el, sh4, sparc64], 0.1.8-1 [hppa, x32])
Short Read Sequence Typing for Bacterial Pathogens
ssake (4.0.1-1)
application de génomique pour assembler des millions de séquences très courtes d’ADN
ssake-examples (4.0.1-1)
example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads
sspace (2.1.1+dfsg-7)
scaffolding pre-assembled contigs after extension
ssshtest (0.0+git20220105.0d6df3d-1)
stupid simple (ba)sh testing
ssw-align (1.1-13)
Smith-Waterman aligner based on libssw
stacks (2.62+dfsg-1)
pipeline for building loci from short-read DNA sequences
staden (2.0.0+b11-4+b2 [riscv64], 2.0.0+b11-4+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
DNA sequence assembly (Gap4/Gap5), editing and analysis tools
staden-common (2.0.0+b11-4)
Architecture independent files for Staden
staden-io-lib-examples (1.14.14+dfsg-3)
programs for manipulating DNA sequencing files (usage examples)
staden-io-lib-utils (1.14.14+dfsg-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.14.12-2 [hppa])
programs for manipulating DNA sequencing files
stardata-common (0.8+nmu1)
cadriciel commun de gestion des paquets pour l’astronomie
starplot (0.95.5-8.3+b2 [riscv64], 0.95.5-8.3+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Un afficheur de carte stellaire en perspective 3D
starpu-contrib-examples (1.3.10+dfsg-1) [contrib]
Task scheduler for heterogeneous multicore machines - exs
starpu-examples (1.3.10+dfsg-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.3.9+dfsg-1 [sh4])
Task scheduler for heterogeneous multicore machines - exs
stellarium (0.22.2-1+b1 [riscv64], 0.22.2-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.22.1-1 [ia64])
générateur de ciel photo-réaliste en temps réel
stellarium-data (0.22.2-1)
Stellarium data files
step (4:22.12.1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4], 4:21.12.3-1 [m68k, x32], 4:21.08.0-1+b2 [ia64], 4:19.08.1-1 [sparc64])
simulateur interactif pour la physique de KDE
stiff (2.4.0-7+b1)
convert scientific FITS images to the TIFF format
stilts (3.4.7-4)
Starlink Tables Infrastructure Library Tool Set
stimfit (0.16.0-1.2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 0.16.0-1.1+b1 [alpha, m68k, sh4, x32], 0.16.0-1+b2 [ia64])
Programme pour visualiser et analyser des données d’électrophysiologie
stringtie (2.2.1+ds-2+b1 [riscv64], 2.2.1+ds-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
assemble short RNAseq reads to transcripts
subread (2.0.3+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ppc64el], 1.4.6-p2+dfsg-2 [x32])
toolkit for processing next-gen sequencing data
subread-data (2.0.3+dfsg-1)
data files for subread package
suitename (0.4.130509+git20210223.ebb1325-1+b1 [riscv64], 0.4.130509+git20210223.ebb1325-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
categorize each suite in an RNA backbone
sumaclust (1.0.36+ds-2+b1 [riscv64], 1.0.36+ds-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
fast and exact clustering of genomic sequences
sumatra (1.0.36+ds-2+b1 [riscv64], 1.0.36+ds-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
fast and exact comparison and clustering of sequences
sumo (1.15.0+dfsg-1+b2 [sparc64], 1.15.0+dfsg-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, x32], 1.15.0+dfsg-1 [m68k], 1.12.0+dfsg1-1 [alpha, ia64], 1.8.0+dfsg2-5+b3 [sh4], 1.4.0+dfsg1-1+b1 [hppa])
Simulation of Urban MObility (SUMO)
surankco (0.0.r5+dfsg-3)
Supervised Ranking of Contigs in de novo Assemblies
surpyvor (0.5-2)
modification of VCF files with SURVIVOR
survex (1.4.4-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.4.3-2+b2 [mips64el, mipsel], 1.4.3-2 [alpha], 1.4.3-1+b1 [m68k, x32], 1.2.42-1+b1 [ia64])
logiciel de relevé et de cartographie de grotte
survex-aven (1.4.4-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.4.3-2+b2 [mips64el, mipsel], 1.4.3-2 [alpha], 1.4.3-1+b1 [m68k, x32], 1.2.42-1+b1 [ia64])
visionneur de levé de grotte sophistiqué pour Survex
survivor (1.0.7-4)
tool set for simulating/evaluating SVs
svim (2.0.0-3)
Structural variant caller for long sequencing reads
swarm (3.1.2+dfsg-1)
robust and fast clustering method for amplicon-based studies
swarp (2.41.5-1+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, riscv64, s390x], 2.41.5-1+b1 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, ppc64el, sh4, sparc64, x32])
Resample and co-add together FITS images
swe-standard-data (00004-1.1)
standard data for the Swiss Ephemeris
sweed (3.2.1+dfsg-5+b1 [riscv64], 3.2.1+dfsg-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
assessment of SNPs for their evolutionary advantage
syrthes (4.3.5+20200129-dfsg1-1+b3 [riscv64], 4.3.5+20200129-dfsg1-1+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32], 4.3.0-dfsg1-3 [sparc64], 4.3.0-dfsg1-2 [ia64])
simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide
syrthes-gui (4.3.5+20200129-dfsg1-1)
simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide – interface graphique
syrthes-tests (4.3.5+20200129-dfsg1-1)
cas à tester pour SYRTHES
syrthes-tools (4.3.5+20200129-dfsg1-1+b3 [riscv64], 4.3.5+20200129-dfsg1-1+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32], 4.3.0-dfsg1-3 [sparc64], 4.3.0-dfsg1-2 [ia64])
simulations de thermique transitoire pour des géométries complexes de solide – outils
t-coffee (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1)
alignement multiple de séquences
t-coffee-examples (13.45.0.4846264+really13.41.0.28bdc39+dfsg-1)
exemples annotés pour l'utilisation de T-Coffee
tabix (1.16+ds-3)
indexeur générique pour fichiers de positions de génome, délimités par des tabulations
tandem-mass (1:201702011-1+b1 [amd64], 1:201702011-1 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
mass spectrometry software for protein identification
tantan (40-1)
masqueur de répétitions en tandem peu complexes pour bioséquences
tcd-utils (20061127-2.1)
convertisseur de fichiers TCD (Tide Constituent Database)
tclfitsy (8.4.1+repack-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 8.3+repack-1+b1 [alpha])
extension Tcl pour FITS
tcliis (8.3+repack-1+b1) [debports]
Tcl IIS protocol package
terraintool (1.16-3)
création de modèles de terrain au format survex ou therion à partir de données SRTM ou NASADEM
theli (3.1.4-1+b2 [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 3.1.4-1 [alpha], 3.1.3-1 [m68k])
pipeline de réduction des données d’images d’astronomie
therion (6.1.6-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 6.1.4-1+b2 [hppa], 6.1.3-2 [alpha], 6.0.6-1 [m68k], 5.5.1ds1-1 [x32], 5.4.1ds1-2 [sh4])
levé de cavité souterraine – logiciel de dessin en 2D et 3D
therion-viewer (6.1.6-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 6.1.4-1+b2 [hppa], 6.1.3-2 [alpha], 6.0.6-1 [m68k], 5.5.1ds1-1 [x32], 5.4.1ds1-2 [sh4])
levé de grotte – visualisateur 3D pour les modèles de Therion
theseus (3.3.0-14 [amd64, i386], 3.3.0-13 [hppa, ia64, m68k, ppc64, riscv64, sh4, sparc64, x32], 3.3.0-8+b1 [alpha])
superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance
theseus-examples (3.3.0-14)
superposition de macromolécules par maximum de vraisemblance – exemples
thesias (3.1.1-1)
test des effets d’haplotypes dans les études d’associations
threeb (0.0~git20220106110332.a3144e0-5)
3B Microscopy Analysis Software - command-line tool
threeb-imagej (0.0~git20220106110332.a3144e0-5)
3B Microscopy Analysis Software - ImageJ plugin
tiddit (3.5.1+dfsg-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 2.12.2+dfsg-1+b1 [alpha, hppa, ppc64])
structural variant calling
tigr-glimmer (3.02b-6+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 3.02b-6 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
Détection de gènes dans des archées et des bactéries
timbl (6.5-3)
apprentissage automatique – Tilburg Memory Based Learner
timblserver (1.14-3)
extensions de serveur pour TiMBL
tiny-dnn (1.0.0a3+ds-3)
header only deep learning framework in C++
tipp (1.0+dfsg-3)
tool for Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling
tksao (8.4.1+repack-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 8.3+repack-1+b1 [alpha])
Tk widgets for astronomical imaging and data visualization
tm-align (20190822+dfsg-2)
alignement structurel de protéines
tnseq-transit (3.2.7-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 3.1.0-2 [alpha, x32], 2.3.2-1 [ia64, sh4, sparc64])
statistical calculations of essentiality of genes or genomic regions
tombo (1.5.1-4+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4], 1.5.1-4 [m68k, x32])
identification of modified nucleotides from raw nanopore sequencing data
topcat (4.8.7-3)
Tool for OPerations on Catalogues And Tables
tophat-recondition (1.4-3)
post-processor for TopHat unmapped reads
topp (2.6.0+cleaned1-3+b3 [alpha, amd64, arm64, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 2.6.0+cleaned1-3+b2 [hppa], 2.6.0+cleaned1-3 [m68k])
ensemble de programmes implémentant The OpenMS Proteomic Pipeline
topparser (1.3-1)
Conversion utility from pockettopo to therion, for cave surveying
toppic (1.5.3+dfsg1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.3.0+dfsg1-4+b1 [m68k, sh4])
caractérisation et identification des protéoformes (approche descendante) – programmes
toppic-common (1.5.3+dfsg1-1)
Top-down proteoform identification and characterization (common data)
toppred (1.10-10 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 1.10-9 [m68k, x32])
transmembrane topology prediction
tortoize (2.0.11-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 2.0.10-1 [m68k, mips64el], 2.0.5-2 [alpha, hppa, sh4])
Application to calculate ramachandran z-scores
toulbar2 (1.1.1+dfsg-1+b1 [hppa, m68k, riscv64, sparc64], 1.1.1+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32])
Exact combinatorial optimization for Graphical Models
toulbar2-doc (1.1.1+dfsg-1)
Exact combinatorial optimization for Graphical Models - documentation
trace2dbest (3.0.1-2)
bulk submission of chromatogram data to dbEST
trace2dbest-doc (3.0.1-2)
Documentation and sample files for trace2dbest
tracetuner (3.0.6~beta+dfsg-3+b1 [riscv64], 3.0.6~beta+dfsg-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
interpretation of DNA Sanger sequencing data
transcalc (0.14-7+b1 [riscv64], 0.14-7 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.14-6 [alpha])
calculateur de ligne de transmission RF et micro-ondes
transdecoder (5.0.1-5)
find coding regions within RNA transcript sequences
transfuse (0.5.8-1+b2)
Runs formatted documents through transformations/translation
transrate-tools (1.0.0-5)
assistant pour Transrate
transtermhp (2.09-5+b1 [riscv64], 2.09-5 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
trouve les terminateurs de transcription dans les génomes bactériens
travis (220729-1)
analyse et visualisation de trajectoires
tree-ppuzzle (5.3~rc16+dfsg-9+b1 [riscv64], 5.3~rc16+dfsg-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
Reconstruction d'arbres phylogéniques par ressemblance maximum
tree-puzzle (5.3~rc16+dfsg-9+b1 [riscv64], 5.3~rc16+dfsg-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
reconstruction d’arbres phylogénétiques par la vraisemblance maximale
treeview (1.2.0+dfsg-1)
réimplémentation en Java de TreeView de Michael Eisen
treeviewx (0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 0.5.1+git20100823.7e4d0e9-4 [alpha], 0.5.1+git20100823.7e4d0e9-3 [m68k, x32], 0.5.1+git20100823.7e4d0e9-2 [ia64])
affiche et imprime les arbres phylogénétiques
trf (4.09.1-6)
locate and display tandem repeats in DNA sequences
trf-examples (4.09.1-6)
locate and display tandem repeats in DNA sequences (examples)
triangle-bin (1.6-4) [non-free]
High-quality 2-D mesh generator binary programs
trim-galore (0.6.7-1)
automate quality and adapter trimming for DNA sequencing
trimmomatic (0.39+dfsg-2)
outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS
trinculo (0.96+dfsg-4+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.96+dfsg-4 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
toolkit to carry out genetic association for multi-category phenotypes
trinityrnaseq (2.13.2+dfsg-3+b1)
assemblage de novo de séquences d’Arn
trinityrnaseq-examples (2.13.2+dfsg-3)
assemblage de novo de séquences d’Arn – fichiers de test et d’exemple
trnascan-se (2.0.10+ds-1) [non-free]
detection of transfer RNA genes in genomic sequence
trnascan-se-common (2.0.10+ds-1) [non-free]
detection of transfer RNA genes in genomic sequence (common files)
tunnelx (20190701-1)
logiciel pour le levé de caverne
tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5)
genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms
twms (0.07z+git20201202+bb7c3f8-1.1)
minuscule service de cartographie web
twopaco (1.0.0+dfsg-1)
construction des graphes de de Bruijn à partir de plusieurs génomes complets
ubertooth (2018.12.R1-5)
plateforme de développement pour sans fil 2,4 GHz et pour expérimentation Bluetooth
ubertooth-firmware (2018.12.R1-5)
micrologiciels pour Ubertooth
ubertooth-firmware-source (2018.12.R1-5)
code source du micrologiciel d’Ubertooth
uc-echo (1.12-16+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 1.12-16 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
algorithme de correction d'erreurs pour les lectures courtes réalisées à partir de NGS
ucto (0.21.1-2+b3)
analyseur lexical pour Unicode
uctodata (0.8-2)
fichiers de données pour Ucto
ucx-utils (1.13.1-1)
Utilities for the UCX messaging library
ugene (40.1+dfsg-1) [non-free]
integrated bioinformatics toolkit
ugene-data (40.1+dfsg-1) [non-free]
required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit
uhd-doc (4.3.0.0+ds1-4)
universal hardware driver for Ettus Research products - doc
uhd-host (4.3.0.0+ds1-4+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 4.3.0.0+ds1-4+b1 [m68k], 4.3.0.0+ds1-2 [sh4], 4.2.0.1+ds1-1+b1 [alpha])
pilote matériel universel pour les produits Ettus Research – applications hôtes
umap-learn (0.4.5+dfsg-3)
Uniform Manifold Approximation and Projection
umis (1.0.8-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 1.0.3-1 [alpha, hppa, ppc64, sparc64])
tools for processing UMI RNA-tag data
umis-examples (1.0.8-3)
tools for processing UMI RNA-tag data (examples)
uncalled (2.2+ds1-1+b3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64], 2.2+ds1-1+b2 [m68k])
Utility for Nanopore Current Alignment to Large Expanses of DNA
unicycler (0.5.0+dfsg-1)
hybrid assembly pipeline for bacterial genomes
unicycler-data (0.5.0+dfsg-1)
hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)
unifrac-tools (1.2-2)
high-performance phylogenetic diversity calculations (binaries)
unikmer (0.19.1-1)
Toolkit for nucleic acid k-mer analysis
units-filter (4.2-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 4.2-3 [alpha, hppa, ppc64, x32], 4.0-1 [ia64, m68k, sh4, sparc64])
analyseur d'expressions concernant des valeurs physiques
units-master (4.2-3)
Powerful units converter with a GUI
v-sim (3.7.2-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 3.7.2-8+b7 [hppa])
visualisation de structures atomiques
v-sim-common (3.7.2-9)
visualisation de structures atomiques – fichiers de prise en charge
v-sim-plugins (3.7.2-9 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 3.7.2-8+b7 [hppa])
greffons pour V_Sim (paquet de visualisation 3D)
varna (3-93+ds-4)
appliquette de visualisation d’ARN
varscan (2.4.3+dfsg-4) [non-free]
variant detection in next-generation sequencing data
vcfanno (0.3.5+ds-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.3.3+ds-2 [alpha, ppc64, sparc64, x32])
annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files
vcfanno-examples (0.3.5+ds-1)
examples for vcfanno: annotate a VCF with other VCFs/BEDs/tabixed files
vcftools (0.1.16-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 0.1.16-3 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF
vdjtools (1.2.1+git20190311+repack-1) [non-free]
framework for post-analysis of B/T cell repertoires
velvet (1.2.10+dfsg1-8)
assembleur de séquences d'acides nucléiques pour de très courtes lectures
velvet-example (1.2.10+dfsg1-8)
données d’exemples pour l’assembleur génomique Velvet
velvet-long (1.2.10+dfsg1-8)
assembleur de séquences d’acide nucléique pour des très courtes lectures, version longue
velvet-tests (1.2.10+dfsg1-8)
données de test pour l’assembleur de séquences Velvet
velvetoptimiser (2.2.6-5)
optimisation automatique de paramètres pour Velvet, assembleur génomique de type de novo
veusz (3.5.3-2)
application de préparations scientifique 2D et 3D en mode graphique
veusz-helpers (1.21.1-1+b1) [debports]
modules d’assistance spécifiques aux architectures pour Veusz
vg (1.30.0+ds-1+b2)
tools for working with genome variation graphs
vg-docs (1.30.0+ds-1)
tools for working with genome variation graphs -- docs
vienna-rna (2.4.17+dfsg-2+b2) [non-free]
RNA sequence analysis
virulencefinder (2.0.4-3)
identify virulence genes in total or partial sequenced isolates of bacteria
virulencefinder-examples (2.0.4-3)
example data for virulencefinder
visp-images-data (3.5.0-1)
bibliothèque pour asservissement visuel – ensembles de données de référence
vistrails (3.0~git+9dc22bd.dfsg.1-1)
boîte à outils de visualisation de flux de travail scientifique
vitables (3.0.2-4)
outil graphique pour éditer ou parcourir des fichiers PyTables et HDF5
vmatch (2.3.1+dfsg-8)
large scale sequence analysis software
voro++ (0.5+revert-to-0.4.6+dfsg1-1+b1 [riscv64], 0.5+revert-to-0.4.6+dfsg1-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
library for the computation of the Voronoi diagram
voro++-examples (0.5+revert-to-0.4.6+dfsg1-1)
library for the computation of the Voronoi diagram (examples)
voronota (1.22.3149-2)
Voronoi diagram-based tool to find atom contacts
votca (2022.1-1)
Molecular dynamics analysis - coarse-graining and charge transport
votca-data (2022.1-1)
VOTCA molecular dynamics analysis - basis sets and scripts
votca-tutorials (2022.1-1)
VOTCA molecular dynamics analysis - tutorials
vowpal-wabbit (8.6.1.dfsg1-1+b3 [amd64, i386], 8.6.1.dfsg1-1+b2 [x32], 7.3-1.1+b3 [alpha, ppc64], 7.3-1.1+b2 [armel, armhf, hppa, m68k, mipsel, s390x, sh4, sparc64], 7.3-1.1+b1 [arm64, mips64el, ppc64el])
algorithme rapide et extensible d’apprentissage automatique en ligne
vsearch (2.22.1-1)
outil pour le traitement de séquences métagénomiques
vsearch-examples (2.22.1-1)
Test Data for vsearch tool for processing metagenomic sequences
vt (0.57721+ds-3+b1 [riscv64], 0.57721+ds-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
toolset for short variant discovery in genetic sequence data
vt-examples (0.57721+ds-3)
toolset for short variant discovery in genetic sequence data (examples)
wannier90 (3.1.0+ds-7)
Maximally Localized Wannier Functions - executables
wannier90-data (3.1.0+ds-7)
Maximally Localized Wannier Functions - documentation and examples
wcslib-tools (7.12+ds-1+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 7.12+ds-1 [hppa])
Command line tools utilizing wcslib
wcstools (3.9.7-1)
gestion du WCS d’une image FITS
weightwatcher (1.12+dfsg-3)
association de cartes et polygones pour le traitement d’images astronomiques
weka (3.6.14-3)
algorithmes d'apprentissage automatique pour l’exploration de données
wham-align (0.1.5-8+b1 [riscv64], 0.1.5-8 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, x32])
méthode Wisconsin d’alignement à haut débit
wigeon (20101212+dfsg1-5)
réimplémentation de l'utilitaire de détection d'anomalies de l'ADN 16S Pintail
wise (2.4.1-23+b1 [riscv64], 2.4.1-23 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
comparaison de biopolymères, tels les séquences d'ADN et de protéines
wsclean (3.1-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, x32], 3.1-2 [hppa, sparc64])
imageur générique rapide à grand champ pour l’interférométrie
wtdbg2 (2.5-9 [amd64], 2.5-8 [ia64])
assembleur de séquences de novo pour les lectures longues bruitées
wtdbg2-examples (2.5-9)
Examples for wtdbg - de novo sequence assembler
wxastrocapture (1.8.1+git20140821.796e1a1+dfsg-2+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4], 1.8.1+git20140821.796e1a1+dfsg-1 [m68k, x32])
Windows linuX Astronomy Capture
x13as (1.1-b59-1) [non-free]
seasonal adjustment software for modeling time series
xbs (0-11+b1 [riscv64], 0-11 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
modèles 3D et animations de molécules
xcas (1.9.0.35+dfsg2-1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, riscv64], 1.6.0.25+dfsg1-2+b1 [m68k], 1.6.0.25+dfsg1-2 [alpha], 1.5.0.87+dfsg1-7 [ppc64, sparc64], 1.2.3.57+dfsg1-2 [sh4])
système de calcul formel – calculateur graphique et en console
xcrysden (1.6.2-4+b1 [riscv64], 1.6.2-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
visualisation de structure cristalline et moléculaire
xcrysden-data (1.6.2-4)
visualisation de structure cristalline et moléculaire – fichiers de données
xdrawchem (1:1.11.0-3+b1 [riscv64], 1:1.11.0-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
éditeur de structures chimiques et de réactions
xeus-python-dev (0.14.3+~0.5.0-2+b1)
Native jupyter kernel for python (headers)
xfoil (6.99.dfsg+1-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, s390x], 6.99.dfsg+1-3 [alpha, hppa, ia64, m68k, ppc64, sh4, sparc64, x32])
programme d’analyse et de conception de profil d'élément aérodynamique subsonique
xgboost (1.7.3-1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.7.2-1 [alpha, m68k])
Scalable and Flexible Gradient Boosting (Executable)
xgterm (2.1+dfsg-1+b1 [riscv64], 2.1+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, x32])
Terminal emulator to work with IRAF
ximtool (2.1+dfsg-1+b1 [riscv64], 2.1+dfsg-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64el, x32])
Interactive image display program for the X Window System
xmakemol (5.16-10+b1)
programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires
xmakemol-gl (5.16-10+b1)
programme pour visualiser les systèmes atomiques et moléculaires – OpenGL
xmds2 (3.1.0+dfsg2-3)
simulateur extensible multidimensionnel
xmpsolve (3.2.1-7)
résolveur multiprécision de polynômes – version graphique
xpa-tools (2.1.20-1)
outils pour une communication ininterrompue entre des programmes Unix
xplot (1.19-9.1)
simple traceur de données en coordonnées cartésiennes sur un écran
xplot-xplot.org (0.90.7.1-4+b1 [amd64], 0.90.7.1-4 [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
Outil rapide pour tracer et visualiser de nombreuses données
xpore (2.1-1)
Nanopore analysis of differential RNA modifications
xppaut (6.11b+1.dfsg-1.1+b1 [riscv64], 6.11b+1.dfsg-1.1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
résolution de différentes sortes d’équation avec Phase Plane Plus Auto
xpython (0.14.3+~0.5.0-2+b1)
Native jupyter kernel for python (binary)
xtb (6.5.1-3)
semiempirical extended tight-binding program package
xtide (2.15.2-1.1)
prévisions des courants et marées
xtide-coastline (20020202-1.2)
données de littoral pour xtide
xtide-data (20191229-1.1)
données d’harmoniques pour xtide
xtide-data-nonfree (20100529-1.1) [non-free]
Harmonics data for xtide (Canada, Netherlands, Germany and UK)
xtpcpp (0.4.54-1)
paquet de transition de xtpcpp vers i2masschroq
xtpcpp-tools (0.4.54-1)
Transitional package from xtpcpp-tools to i2masschroq-tools
xyscan (4.64-1+b1 [riscv64], 4.64-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, x32], 4.50-1 [m68k, sh4], 4.30-2+b3 [sparc64])
pilleur de données pour les scientifiques
yade (2022.01a-13 [amd64, arm64, i386, ppc64el, s390x], 2018.02b-5 [ppc64], 2018.02b-1 [x32], 2018.02a-2 [hppa], 2017.01a-9 [sparc64], 1.00.0-2 [alpha])
plateforme pour la modélisation d'élément discret
yagv (0.4~20171211.r234ef16+dfsg-2)
encore un autre visionneur de G-code
yaha (0.1.83-3+b1 [riscv64], 0.1.83-3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
find split-read mappings on single-end queries
yale (5.0.95-2) [non-free]
stellar data set from the Yale Bright Star Catalog
yanagiba (1.0.0-5)
filter low quality Oxford Nanopore reads basecalled with Albacore
yanosim (0.1-5 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64el, riscv64, sh4, x32], 0.1-2 [alpha, hppa, ppc64, sparc64])
read simulator nanopore DRS datasets
yorick (2.2.04+dfsg1-12+b1 [riscv64], 2.2.04+dfsg1-12 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
langage interprété et graphiques scientifiques
yorick-av (0.0.6-1+b2 [riscv64], 0.0.6-1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 0.0.5-1+b1 [m68k, sh4])
production de vidéos dans divers formats depuis Yorick
yorick-cubeview (2.2-2.2)
afficheur de données 3D FITS spécialisé en imagerie spectrale
yorick-curses (0.1-6+b3 [mipsel, ppc64], 0.1-6+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mips64el, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 0.1-6+b1 [ia64])
Interface avec la bibliothèque (n)curses pour le langage Yorick
yorick-data (2.2.04+dfsg1-12)
bibliothèque interprétée pour le langage Yorick
yorick-dev (2.2.04+dfsg1-12+b1 [riscv64], 2.2.04+dfsg1-12 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
fichiers de développement pour le langage interprété Yorick
yorick-full (2.2.04+dfsg1+full+b1 [amd64], 2.2.04+dfsg1+full [alpha, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32])
installation complète de l'interprèteur Yorick et ses greffons
yorick-gl (1.1+cvs20070922+dfsg-6.1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1.1+cvs20070922+dfsg-6.1 [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32])
gestion graphique OpenGL 3D pour le langage Yorick
yorick-gy (0.0.5-2+b1 [riscv64], 0.0.5-2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 0.0.5-1 [m68k, sh4])
introspection GObject et interfaces Gtk pour Yorick
yorick-gyoto (1.4.4-8+b2 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 1.4.4-8 [alpha], 1.4.4-7+b2 [ia64], 1.4.4-7+b1 [m68k], 1.4.4-7 [sh4], 1.2.0-4+b5 [x32])
intégration géodésique de la relativité générale pour le langage Yorick
yorick-hdf5 (0.8.0-8+b3 [riscv64], 0.8.0-8+b2 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64el, s390x, x32], 0.8.0-8+b1 [m68k, ppc64, sh4, sparc64])
Interface avec le format de fichiers HDF5 pour le langage Yorick
yorick-imutil (0.5.7-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 0.5.7-3 [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32])
routines de manipulations d'images rapides pour le langage Yorick
yorick-mira (1.1.0+git20170124.3bd1c3~dfsg1-2)
reconstruction d'image d'interferométrie optique avec Yorick
yorick-ml4 (0.6.0-4+b1 [riscv64], 0.6.0-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 0.6.0-3 [m68k, sh4])
prise en charge du format de fichier Matlab pour le langage Yorick
yorick-mpeg (0.1-4+b1 [riscv64], 0.1-4 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 0.1-3 [m68k, sh4])
gestion de la sortie MPEG pour le langage Yorick
yorick-mpy-common (2.2.04+dfsg1-12)
Message Passing Yorick - fichiers communs
yorick-mpy-mpich2 (2.2.04+dfsg1-12)
Message Passing Yorick - basé sur MPICH2
yorick-mpy-openmpi (2.2.04+dfsg1-12)
Message Passing Yorick - basé sur OpenMPI
yorick-optimpack (1.3.2+dfsg+1.4.0-1+b1 [riscv64], 1.3.2+dfsg+1.4.0-1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
optimization of large scale problems for the Yorick language
yorick-soy (1.4.0-3+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1.4.0-3 [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32])
opérations sur les matrices creuses pour le langage Yorick
yorick-svipc (0.16-5+b7 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64], 0.16-5+b4 [x32], 0.16-5+b3 [m68k], 0.16-5+b2 [sh4])
interprocess communication (shared memory...) for Yorick
yorick-yeti (6.4.0-1.1+b2 [riscv64], 6.4.0-1.1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 6.4.0-1 [m68k, sh4])
module utilitaire pour le langage Yorick
yorick-yeti-fftw (6.4.0-1.1+b2 [riscv64], 6.4.0-1.1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 6.4.0-1 [m68k, sh4])
greffon FFT pour le langage Yorick
yorick-yeti-regex (6.4.0-1.1+b2 [riscv64], 6.4.0-1.1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 6.4.0-1 [m68k, sh4])
expressions rationnelles POSIX pour le langage Yorick
yorick-yeti-tiff (6.4.0-1.1+b2 [riscv64], 6.4.0-1.1+b1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sparc64, x32], 6.4.0-1 [m68k, sh4])
lecture du format d’image TIFF pour le langage Yorick
yorick-ygsl (1.2.1-1+b5 [mips64el], 1.2.1-1+b3 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, m68k, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 1.2.1-1+b2 [ia64, sh4])
greffon pour des fonctions GSL spéciales, pour le langage Yorick
yorick-ynfft (1.0.3-1+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x], 1.0.3-1 [alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32])
transformation de Fourier rapide non uniforme pour Yorick
yorick-yutils (1.5.2-2)
divers utilitaires pour le langage Yorick
yorick-z (1.2.0+cvs20080115-5.1+b1 [mips64el, mipsel, riscv64], 1.2.0+cvs20080115-5.1 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.2.0+cvs20080115-5+b1 [m68k])
prise en charge de zlib, jpeg et png par le langage Yorick
z3 (4.8.12-3.1 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sparc64, x32], 4.8.12-3 [alpha, m68k])
theorem prover from Microsoft Research
z88 (13.0.0+dfsg2-6+b1 [riscv64], 13.0.0+dfsg2-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, m68k, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, s390x, sh4, sparc64, x32])
programme d'analyse d'éléments finis - exécution
z88-data (13.0.0+dfsg2-6)
programme d'analyse d'éléments finis - données
zegrapher (3.1.1-3 [amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 3.1.1-2 [alpha, m68k])
tracé de courbes planes pour des fonctions et des suites mathématiques
zfp (1.0.0-6 [alpha, amd64, arm64, armel, armhf, hppa, i386, ia64, mips64el, mipsel, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x, sh4, sparc64, x32], 1.0.0-5 [m68k])
Fixed-Rate Compressed Floating-Point Arrays - binary programs
ztex-bmp (20120314-2+b1 [amd64, arm64, armel, armhf, i386, mipsel, ppc64], 20120314-2 [m68k, ppc64el, sparc64])
analyseur universel de macro