Paketti: examl (3.0.22-5)

[ Source: examl  ]

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) code for phylogenetic inference

Exascale Maximum Likelihood (ExaML) is a code for phylogenetic inference using MPI. This code implements the popular RAxML search algorithm for maximum likelihood based inference of phylogenetic trees.

ExaML is a strapped-down light-weight version of RAxML for phylogenetic inference on huge datasets. It can only execute some very basic functions and is intended for computer-savvy users that can write little perl-scripts and have experience using queue submission scripts for clusters. ExaML only implements the CAT and GAMMA models of rate heterogeneity for binary, DNA, and protein data.

ExaML uses a radically new MPI parallelization approach that yields improved parallel efficiency, in particular on partitioned multi-gene or whole-genome datasets. It also implements a new load balancing algorithm that yields better parallel efficiency.

It is up to 4 times faster than its predecessor RAxML-Light and scales to a larger number of processors.

Muut pakettiin examl liittyvät paketit

• dep: libc6 (>= 2.34) [ei alpha, ia64, sh4, x32]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1) [sparc64]

  GCC OpenMP (GOMP) support library

• dep: libopenmpi3t64 (>= 4.1.6)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: openmpi-bin

  high performance message passing library -- binaries

Imuroi examl

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
alpha (epävirallinen siirros)	834.3 kt	1,919.0 kt	[tiedostoluettelo]
amd64	931.6 kt	5,969.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	780.5 kt	1,663.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	796.9 kt	1,872.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	785.1 kt	1,520.0 kt	[tiedostoluettelo]
hppa (epävirallinen siirros)	813.5 kt	1,750.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	1,078.8 kt	7,035.0 kt	[tiedostoluettelo]
ia64 (epävirallinen siirros)	955.5 kt	2,818.0 kt	[tiedostoluettelo]
m68k (epävirallinen siirros)	763.5 kt	1,780.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	816.6 kt	1,811.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64 (epävirallinen siirros)	836.8 kt	1,919.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	845.9 kt	1,919.0 kt	[tiedostoluettelo]
riscv64	840.2 kt	1,591.0 kt	[tiedostoluettelo]
s390x	818.0 kt	1,995.0 kt	[tiedostoluettelo]
sh4 (epävirallinen siirros)	889.8 kt	1,852.0 kt	[tiedostoluettelo]
sparc64 (epävirallinen siirros)	826.9 kt	3,716.0 kt	[tiedostoluettelo]
x32 (epävirallinen siirros)	782.7 kt	1,744.0 kt	[tiedostoluettelo]