Paquet : mapdamage (2.2.3+dfsg-2)

[ Paquet source : mapdamage  ]

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

MapDamage is a computational framework written in Python and R, which tracks and quantifies DNA damage patterns among ancient DNA sequencing reads generated by Next-Generation Sequencing platforms.

MapDamage is developed at the Centre for GeoGenetics by the Orlando Group.

Autres paquets associés à mapdamage

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libopenblas-dev

  Optimized BLAS (linear algebra) library (dev, meta)

  ou libblas-dev

  Basic Linear Algebra Subroutines 3, bibliothèque statique

  ou libatlas-base-dev

  Paquet indisponible

  ou libblas.so

  paquet virtuel fourni par libblas-dev, libopenblas-openmp-dev, libopenblas-pthread-dev, libopenblas-serial-dev

• dep: libopenblas-dev

  Optimized BLAS (linear algebra) library (dev, meta)

  ou liblapack-dev

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version statique

  ou libatlas-base-dev

  Paquet indisponible

  ou liblapack.so

  paquet virtuel fourni par liblapack-dev, libopenblas-openmp-dev, libopenblas-pthread-dev, libopenblas-serial-dev

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (<< 3.15)

  dep: python3 (>= 3.13~)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-gam

  modèle additif généralisé (GAM) pour R

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-inline

  paquet de GNU R pour « inline » des fonctions de C, C++ et Fortran à partir de R

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-rcppgsl

  paquet de GNU R pour une intégration avec GNU GSL

• dep: seqtk

  Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger mapdamage

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	49,0 ko	242,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	48,7 ko	346,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	48,5 ko	344,0 ko	[liste des fichiers]
i386	48,9 ko	240,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	49,4 ko	346,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	48,7 ko	234,0 ko	[liste des fichiers]