Paket: mapdamage (2.2.3+dfsg-2)

[ Quellcode: mapdamage  ]

tracking and quantifying damage patterns in ancient DNA sequences

MapDamage is a computational framework written in Python and R, which tracks and quantifies DNA damage patterns among ancient DNA sequencing reads generated by Next-Generation Sequencing platforms.

MapDamage is developed at the Centre for GeoGenetics by the Orlando Group.

Andere Pakete mit Bezug zu mapdamage

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libopenblas-dev

  Optimized BLAS (linear algebra) library (dev, meta)

  oder libblas-dev

  Basic Linear Algebra Subroutines 3, statische Bibliothek

  oder libatlas-base-dev

  Paket nicht verfügbar

  oder libblas.so

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libblas-dev, libopenblas-openmp-dev, libopenblas-pthread-dev, libopenblas-serial-dev

• dep: libopenblas-dev

  Optimized BLAS (linear algebra) library (dev, meta)

  oder liblapack-dev

  Bibliothek mit Routinen zur linearen Algebra, Version 3 - statische Version

  oder libatlas-base-dev

  Paket nicht verfügbar

  oder liblapack.so

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch liblapack-dev, libopenblas-openmp-dev, libopenblas-pthread-dev, libopenblas-serial-dev

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.15)

  dep: python3 (>= 3.13~)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: r-base-core

  GNU R - System für statistische Berechnungen und Grafik - Kern

• dep: r-cran-gam

  Generalized Additive Models for R

• dep: r-cran-ggplot2

  Implementierung der »Grammar of Graphics«

• dep: r-cran-inline

  GNU R package to inline C, C++, Fortran functions from R

• dep: r-cran-rcpp

  GNU-R-Paket für die nahtlose Verflechtung von R und C++

• dep: r-cran-rcppgsl

  GNU R package for integration with the GNU GSL

• dep: seqtk

  Fast and lightweight tool for processing sequences in the FASTA or FASTQ format

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	49,0 kB	242,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	48,7 kB	346,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	48,5 kB	344,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	48,9 kB	240,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	49,4 kB	346,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	48,7 kB	234,0 kB	[Liste der Dateien]