Пакет: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 и другие)

[ Источник: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Другие пакеты, относящиеся к proteinortho

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [не alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libblas3 [sparc64]

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [не alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Пакет недоступен

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [не alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [не alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: ncbi-blast+

  поиск первичных биологических последовательностей

• dep: perl [не sparc64]

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: procps [не sparc64]

  утилиты для файловой системы /proc

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

Загрузка proteinortho

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	6.0.31+dfsg-1	210,9 Кб	832,0 Кб	[список файлов]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341,5 Кб	1 177,0 Кб	[список файлов]
arm64	6.3.1+dfsg-1	312,1 Кб	1 181,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	6.0.31+dfsg-2	207,9 Кб	780,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	6.3.1+dfsg-1	397,3 Кб	1 577,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	6.0.31+dfsg-2	207,1 Кб	771,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	6.3.1+dfsg-1	337,2 Кб	1 245,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334,7 Кб	1 245,0 Кб	[список файлов]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341,6 Кб	1 033,0 Кб	[список файлов]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310,6 Кб	1 125,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	6.0.31+dfsg-2	221,7 Кб	764,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	6.0.8+dfsg-1	187,0 Кб	834,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	6.3.1+dfsg-1	346,8 Кб	1 162,0 Кб	[список файлов]