Пакет: ncbi-blast+ (2.16.0+ds-7 и другие)

[ Источник: ncbi-blast+  ]

поиск первичных биологических последовательностей

Популярная программа для поиска гомологичных последовательностей. Есть варианты BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), которые сравнивают нуклеотидные последовательности с базой данных секвенированных нуклеиновых кислот и их участков, есть, которые сравнивают аминокислотные последовательности белка с имеющейся базой данных белков и их участков, а также есть варианты способные транслировать нуклеотидные последовательности в аминокислотные и потом выполнять поиск по соответствующим базам. PSI-BLAST создаёт PSSM (Position Specific Scoring Matrix) при поиске белковых гомологов и использует её для дальнейших поисков. Можно также выполнять поиск белков и нуклеотидов по базе данных PSSM. NCBI поддерживает веб-страницу BLAST по адресу blast.ncbi.nlm.nih.gov, а также сетевой сервис поиска известных последовательностей.

Теги: Область: Биология, Биоинформатика, Реализовано на: implemented-in::c++, interface::commandline, Роль: Программа, Цель: use::analysing, works-with::biological-sequence

Другие пакеты, относящиеся к ncbi-blast+

• dep: libatomic1 (>= 4.8) [armel, m68k, sh4]

  библиотека для атомарного выполнения кода

• dep: libbz2-1.0

  библиотека сжатия по алгоритму Барроуза—Уилера (динамическая версия)

• dep: libc6 (>= 2.38) [не alpha, ia64, loong64, sh4]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.41) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 14.2.0-19) [loong64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [s390x]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64, ppc64, ppc64el, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: liblmdb0 (>= 0.9.7)

  Lightning Memory-Mapped Database shared library

• dep: libmbedcrypto16 (>= 3.6.0) [не alpha, ia64]

  lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library

• dep: libmbedcrypto7t64 (>= 2.28.0) [alpha, ia64]

  lightweight crypto and SSL/TLS library - crypto library

• dep: libmbedtls14t64 (>= 2.28.0) [alpha, ia64]

  lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library

• dep: libmbedtls21 (>= 3.6.0) [не alpha, ia64]

  lightweight crypto and SSL/TLS library - tls library

• dep: libmbedx509-7 (>= 3.6.0) [не alpha, ia64]

  lightweight crypto and SSL/TLS library - x509 certificate library

• dep: libncbi-vdb3 (>= 3.2.1+dfsg) [amd64, arm64]

  libraries for using data in the INSDC Sequence Read Archives

• dep: libnghttp2-14 (>= 1.28.0) [не alpha, ia64]

  реализация протокола HTTP/2 (разделяемая библиотека)

• dep: libpcre2-8-0 (>= 10.22) [не alpha, ia64]

  новая библиотека поддержки регулярных выражений Perl — 8-битный вариант

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.6.12) [не alpha, ia64]

  динамически подключаемая библиотека SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [alpha, ia64, m68k]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [не alpha, ia64, m68k]

• dep: libunwind8 [ia64]

  библиотека для выявления цепочки вызовов функций в программе

• dep: libuv1 (>= 1.33.1) [x32]

  asynchronous event notification library - runtime library

• dep: libuv1t64 (>= 1.33.1) [не alpha, ia64, x32]

  asynchronous event notification library - runtime library

• dep: libzstd1 (>= 1.5.5) [amd64, arm64]

  быстрый алгоритм сжатия без потерь

• dep: ncbi-data

  Platform-independent data for the NCBI toolkit

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• dep: python3

  интерактивный высокоуровневый объектно-ориентированный язык (версия python3 по умолчанию)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.11.dfsg)

  библиотека сжатия

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

Загрузка ncbi-blast+

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	2.12.0+ds-4+b1	11 414,4 Кб	59 755,0 Кб	[список файлов]
amd64	2.16.0+ds-7	15 609,3 Кб	70 546,0 Кб	[список файлов]
arm64	2.16.0+ds-7	14 119,1 Кб	73 195,0 Кб	[список файлов]
armel	2.16.0+ds-7	12 852,0 Кб	60 567,0 Кб	[список файлов]
armhf	2.16.0+ds-7	13 117,6 Кб	50 136,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	2.16.0+ds-7	14 764,6 Кб	70 293,0 Кб	[список файлов]
i386	2.16.0+ds-7	16 216,4 Кб	68 340,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	2.12.0+ds-4+b1	13 417,0 Кб	85 192,0 Кб	[список файлов]
loong64 (неофициальный перенос)	2.16.0+ds-7	13 977,1 Кб	68 362,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	2.16.0+ds-7	14 127,3 Кб	61 838,0 Кб	[список файлов]
mips64el	2.16.0+ds-7	11 851,5 Кб	87 015,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	2.16.0+ds-7	14 665,2 Кб	86 223,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	2.16.0+ds-7	14 625,5 Кб	79 183,0 Кб	[список файлов]
riscv64	2.16.0+ds-7	14 369,6 Кб	56 126,0 Кб	[список файлов]
s390x	2.16.0+ds-7	14 171,8 Кб	66 162,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	2.16.0+ds-7	25 847,0 Кб	177 196,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	2.16.0+ds-7	12 226,9 Кб	149 925,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	2.16.0+ds-6+b1	14 955,6 Кб	60 947,0 Кб	[список файлов]