Pakiet: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Inne pakiety związane z proteinortho

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [nie alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libblas3 [sparc64]

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Pakiet niedostępny

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [nie alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nie alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Biblioteka do ustalania łańcucha wywołań programu - środowisko uruchomieniowe

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl [nie sparc64]

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: procps [nie sparc64]

  Narzędzia systemu plikowego /proc

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

Pobieranie proteinortho

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	6.0.31+dfsg-1	210,9 KiB	832,0 KiB	[lista plików]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341,5 KiB	1 177,0 KiB	[lista plików]
arm64	6.3.1+dfsg-1	312,1 KiB	1 181,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	6.0.31+dfsg-2	207,9 KiB	780,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	6.3.1+dfsg-1	397,3 KiB	1 577,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	6.0.31+dfsg-2	207,1 KiB	771,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	6.3.1+dfsg-1	337,2 KiB	1 245,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334,7 KiB	1 245,0 KiB	[lista plików]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341,6 KiB	1 033,0 KiB	[lista plików]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310,6 KiB	1 125,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	6.0.31+dfsg-2	221,7 KiB	764,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	6.0.8+dfsg-1	187,0 KiB	834,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	6.3.1+dfsg-1	346,8 KiB	1 162,0 KiB	[lista plików]