Pakiet: samtools (1.19.2-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: samtools  ]

Przetwarzanie dopasowań sekwencji w formatach SAM, BAM i CRAM

Samtools to zestaw narzędzi zarządzających dopasowaniami sekwencji nukleotydów w binarnym formacie BAM. Importuje i eksportuje do formatów ascii SAM (Sequence Alignment/Map) i CRAM, sortuje, łączy i indeksuje, a także umożliwia szybkie pobieranie odczytów z dowolnych regionów. Został zaprojektowany do pracy na strumieniu i może otwierać plik BAM lub CRAM (ale nie w formacie SAM) na zdalnym serwerze FTP lub HTTP.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, Bioinformatyka, Zaimplementowane w: implemented-in::c, interface::commandline, Sieć: Klient, Protokół sieciowy: FTP, protocol::http, role::program, Zakres: Narzędzie, Pakiet narzędziowy interfejsu: Ncurses (terminalowy), Przeznaczenie: use::analysing, use::calculating, Filtrowanie, Działa z: Sekwencje biologiczne

Inne pakiety związane z samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  Biblioteki współdzielone przeznaczone do obsługi terminala

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  Współdzielona, niskopoziomowa biblioteka terminfo do obsługi terminala

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Pobieranie samtools

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	626,8 KiB	1 800,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.19.2-1+b1	630,1 KiB	1 393,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.19.2-1+b1	602,6 KiB	1 669,0 KiB	[lista plików]
armel	1.19.2-1+b1	596,5 KiB	1 318,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.19.2-1+b1	599,6 KiB	1 134,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	627,8 KiB	1 355,0 KiB	[lista plików]
i386	1.19.2-1+b1	665,6 KiB	1 518,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	716,1 KiB	2 112,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	607,6 KiB	1 342,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.19.2-1+b1	609,1 KiB	1 819,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	647,0 KiB	1 925,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.19.2-1+b1	656,9 KiB	1 925,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.19.2-1+b1	640,5 KiB	1 265,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.19.2-1+b1	637,7 KiB	1 469,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	687,0 KiB	1 600,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	596,4 KiB	7 761,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.19.2-1+b1	635,4 KiB	1 358,0 KiB	[lista plików]