Balík: samtools (1.19.2-1 a iné)

[ Zdroj: samtools  ]

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

Značky: Pole: Biológia, Bioinformatika, Implementované v: implemented-in::c, interface::commandline, Networking: Klient, Network Protocol: FTP, protocol::http, role::program, Scope: Utility, Sada nástrojov používateľského rozhrania: Ncurses TUI, Purpose: use::analysing, use::calculating, Filtrovanie, Works with: Biologické sekvencie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom samtools

• dep: libc6 (>= 2.34) [nie alpha, ia64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libncurses6 (>= 6)

  zdieľané knižnice na obsluhu terminálu

• dep: libtinfo6 (>= 6)

  zdieľaná nízkoúrovňová knižnica terminfo na obsluhu terminálu

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [nie armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, i386, m68k, sh4]

• sug: cwltool

  Common Workflow Language reference implementation

Stiahnuť samtools

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	626.8 kB	1,800.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.19.2-1+b1	630.1 kB	1,393.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.19.2-1+b1	602.6 kB	1,669.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.19.2-1+b1	596.5 kB	1,318.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.19.2-1+b1	599.6 kB	1,134.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	627.8 kB	1,355.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.19.2-1+b1	665.6 kB	1,518.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	716.1 kB	2,112.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	607.6 kB	1,342.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.19.2-1+b1	609.1 kB	1,819.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	647.0 kB	1,925.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.19.2-1+b1	656.9 kB	1,925.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.19.2-1+b1	640.5 kB	1,265.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.19.2-1+b1	637.7 kB	1,469.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	687.0 kB	1,600.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	596.4 kB	7,761.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	1.19.2-1+b1	635.4 kB	1,358.0 kB	[zoznam súborov]