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パッケージ: samtools (1.13-2)

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processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

Samtools is a set of utilities that manipulate nucleotide sequence alignments in the binary BAM format. It imports from and exports to the ascii SAM (Sequence Alignment/Map) and CRAM formats, does sorting, merging and indexing, and allows one to retrieve reads in any regions swiftly. It is designed to work on a stream, and is able to open a BAM or CRAM (not SAM) file on a remote FTP or HTTP server.

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, ネットワークの利用方法: クライアント, ネットワークプロトコル: FTP, protocol::http, role::program, 対象範囲: ユーティリティ, インタフェースツールキット: Ncurses TUI, 目的: use::analysing, use::calculating, フィルタリング, 取り扱い対象: 生物学的配列

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アーキテクチャ パッケージサイズ インストールサイズ ファイル
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arm64 535.3 kB1,187.0 kB [ファイル一覧]
armel 525.0 kB1,176.0 kB [ファイル一覧]
armhf 528.9 kB1,016.0 kB [ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版) 564.2 kB1,226.0 kB [ファイル一覧]
i386 585.4 kB1,352.0 kB [ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版) 644.9 kB1,922.0 kB [ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版) 539.5 kB1,200.0 kB [ファイル一覧]
mips64el 541.6 kB1,331.0 kB [ファイル一覧]
mipsel 549.2 kB1,283.0 kB [ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版) 577.8 kB1,751.0 kB [ファイル一覧]
ppc64el 584.3 kB1,751.0 kB [ファイル一覧]
riscv64 (非公式の移植版) 544.5 kB1,069.0 kB [ファイル一覧]
s390x 534.0 kB1,275.0 kB [ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版) 609.8 kB1,141.0 kB [ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版) 527.0 kB1,234.0 kB [ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版) 558.2 kB1,220.0 kB [ファイル一覧]