[ ソース: pairtools ]
パッケージ: python3-pairtools (1.1.3-2 など)
python3-pairtools に関するリンク
Debian の資源:
pairtools ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment
Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.
Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:
- Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
sequences of Hi-C DNA molecules
- Sort .pairs files for downstream analyses
- Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
- Generate extensive statistics of Hi-C datasets
- Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
- Restore .sam alignments from Hi-C pairs
その他の python3-pairtools 関連パッケージ
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- dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- C-Extensions for Python 3
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- dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.16) [x32]
- dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]
- dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]
- dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]
- dep: libc6 (>= 2.32) [ppc64el]
- dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, ppc64, sparc64]
- dep: libc6 (>= 2.40) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [hppa, ia64, m68k, ppc64, sparc64, x32 以外]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, m68k, sh4]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 5.2) [amd64, arm64, loong64, ppc64el, riscv64]
-
- dep: python3
- 対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
- dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]
- dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]
- dep: python3 (<< 3.14) [alpha, m68k, sh4]
- dep: python3 (<< 3.15) [amd64, arm64, loong64, ppc64el, riscv64]
- dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- dep: python3 (>= 3.12~) [m68k, sh4]
- dep: python3 (>= 3.13~) [alpha, amd64, arm64, loong64, ppc64el, riscv64]
-
- dep: python3-bioframe [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes
-
- dep: python3-click
- Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x
-
- dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- パッケージは利用できません
-
- dep: python3-numpy [alpha, amd64, arm64, loong64, ppc64el, riscv64]
- Python library for numerical computations (Python 3)
- dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]
- dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [m68k, sh4]
-
- dep: python3-numpy-abi9 [alpha, amd64, arm64, loong64, ppc64el, riscv64 以外]
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy
-
- dep: python3-numpy2-abi0 [alpha, amd64, arm64, loong64, ppc64el, riscv64]
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy
- または python3-numpy-abi9
- 以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python3-numpy
-
- dep: python3-pandas [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- data structures for "relational" or "labeled" data
-
- dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
-
- dep: python3-scipy [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- scientific tools for Python 3
-
- dep: python3-standard-pipes [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- pipes Standard Python Lib (Python 3)
-
- dep: python3-yaml [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32 以外]
- YAML parser and emitter for Python3
-
- sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)
- Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)
python3-pairtools のダウンロード
| アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
|---|---|---|---|---|
| alpha (非公式の移植版) | 1.1.3-2 | 188.6 kB | 927.0 kB | [ファイル一覧] |
| amd64 | 1.1.3-2+b1 | 248.5 kB | 1,243.0 kB | [ファイル一覧] |
| arm64 | 1.1.3-2+b1 | 224.2 kB | 1,457.0 kB | [ファイル一覧] |
| hppa (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b2 | 144.6 kB | 640.0 kB | [ファイル一覧] |
| ia64 (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b1 | 137.3 kB | 612.0 kB | [ファイル一覧] |
| loong64 | 1.1.3-2+b1 | 234.2 kB | 1,456.0 kB | [ファイル一覧] |
| m68k (非公式の移植版) | 1.1.2-1 | 216.9 kB | 1,096.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64 (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b2 | 146.6 kB | 752.0 kB | [ファイル一覧] |
| ppc64el | 1.1.3-2+b1 | 237.3 kB | 1,585.0 kB | [ファイル一覧] |
| riscv64 | 1.1.3-2+b1 | 245.8 kB | 1,049.0 kB | [ファイル一覧] |
| sh4 (非公式の移植版) | 1.1.2-1 | 279.6 kB | 1,312.0 kB | [ファイル一覧] |
| sparc64 (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b2 | 125.9 kB | 2,292.0 kB | [ファイル一覧] |
| x32 (非公式の移植版) | 0.3.0-3.2+b1 | 121.6 kB | 405.0 kB | [ファイル一覧] |