Balík: python3-pairtools (1.0.3-1 a iné)

[ Zdroj: pairtools  ]

Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Ostatné balíky súvisiace s balíkom python3-pairtools

• dep: cython3 [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  rozšírenia v jazyku C pre Python 3

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.3.4) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armel, armhf, i386, m68k, mips64el, ppc64, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [ia64]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.4) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, amd64, arm64, i386, mips64el, ppc64el, riscv64, sh4]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.11) [ia64, x32]

  dep: python3 (<< 3.12) [hppa, ppc64, sparc64]

  dep: python3 (<< 3.13) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.10~) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  dep: python3 (>= 3.11~) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

• dep: python3-bioframe [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  wrapper optparse na tvorbu mocných nástrojov príkazového riadka - Python 3.x

• dep: python3-nose [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  objavovanie testov a spúšťanie unit testov Pythonu 3

• dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0) [hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

  dep: python3-numpy (>= 1:1.22.0) [nie hppa, ia64, ppc64, sh4, sparc64, x32]

  dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0) [sh4]

• dep: python3-numpy-abi9

  virtuálny balík poskytovaný balíkom python3-numpy

• dep: python3-pandas [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  údajové štruktúry „relačných“ dát alebo dát „s označením“

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~) [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  vedecké nástroje pre Python 3

• dep: python3-yaml [nie hppa, ia64, ppc64, sparc64, x32]

  spracovanie a tvorbu YAML v jazyku Python 3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  Process sequencing data from a Hi-C experiment (examples)

Stiahnuť python3-pairtools

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	1.0.3-1	207.9 kB	1,177.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	1.0.3-1	226.4 kB	1,021.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.0.3-1	202.3 kB	1,043.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.0.3-1	199.0 kB	903.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.0.3-1	203.9 kB	763.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.3.0-3.2+b2	144.6 kB	640.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.0.3-1	226.5 kB	1,007.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.3.0-3.2+b1	137.3 kB	612.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	1.0.3-1	202.5 kB	923.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.0.3-1	194.3 kB	1,191.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.3.0-3.2+b2	146.6 kB	752.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.0.3-1	217.0 kB	1,171.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	1.0.3-1	221.6 kB	871.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	1.0.3-1+b1	309.0 kB	1,152.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.3.0-3.2+b2	125.9 kB	2,292.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.3.0-3.2+b1	121.6 kB	405.0 kB	[zoznam súborov]