パッケージ: bifrost (1.3.5-2 など)

[ ソース: bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

その他の bifrost 関連パッケージ

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1) [ia64]

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

  dep: libbifrost0 (>= 1.3.5) [ia64 以外]

• dep: libc6 (>= 2.38) [alpha, ia64, loong64 以外]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [alpha, ia64, riscv64, sparc64 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

bifrost のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	1.3.5-2	511.2 kB	1,369.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	1.3.5-2	533.0 kB	1,310.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	1.3.5-2	504.5 kB	1,238.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	1.3.1-1	563.5 kB	1,966.0 kB	[ファイル一覧]
loong64	1.3.5-2	514.2 kB	1,237.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	1.3.5-2	545.9 kB	1,494.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	1.3.5-2	548.9 kB	1,430.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	1.3.5-2	533.8 kB	1,014.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	1.3.5-2	552.2 kB	1,382.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	1.3.5-2	501.6 kB	1,311.0 kB	[ファイル一覧]