Paquet : bifrost (1.3.5-2 et autres)

[ Paquet source : bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Autres paquets associés à bifrost

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1) [ia64]

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

  dep: libbifrost0 (>= 1.3.5) [non ia64]

• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non alpha, ia64, riscv64, sparc64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

Télécharger bifrost

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.3.5-2	511,2 ko	1 369,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.3.5-2	533,0 ko	1 310,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.3.5-2	504,5 ko	1 238,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.3.1-1	563,5 ko	1 966,0 ko	[liste des fichiers]
loong64	1.3.5-2	514,2 ko	1 237,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.3.5-2	545,9 ko	1 494,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.3.5-2	548,9 ko	1 430,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.3.5-2	533,8 ko	1 014,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.3.5-2	552,2 ko	1 382,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.3.5-2	501,6 ko	1 311,0 ko	[liste des fichiers]