Пакунок: bifrost (1.3.1-1)

[ Source: bifrost  ]

parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

Bifrost is a command-line tool for sequencing that features a broad range of functions, such as indexing, editing, and querying the graph, and includes a graph coloring method that maps each k-mer of the graph to the genomes it occurs in.

 * Build, index, color and query the compacted de Bruijn graph
 * No need to build the uncompacted de Bruijn graph
 * Reads or assembled genomes as input
 * Output graph in GFA (can be visualized with Bandage), FASTA or binary
 * Graph cleaning: short tip clipping, etc.
 * Multi-threaded
 * No parameters to estimate with other tools
 * Exact or approximate k-mer search of queries

Інші пакунки пов'язані з bifrost

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1)

  library for parallel construction, indexing and querying of de Bruijn graphs

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, ia64, riscv64, sparc64]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

Завантажити bifrost

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	481.4 kB	1,305.0 kB	[список файлів]
amd64	500.0 kB	1,222.0 kB	[список файлів]
arm64	470.1 kB	1,173.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	563.5 kB	1,966.0 kB	[список файлів]
mips64el	462.5 kB	1,326.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	504.8 kB	1,366.0 kB	[список файлів]
ppc64el	510.8 kB	1,366.0 kB	[список файлів]
riscv64	505.7 kB	1,006.0 kB	[список файлів]
s390x	510.2 kB	1,273.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	468.5 kB	1,311.0 kB	[список файлів]