Package: bifrost (1.3.5-2 and others)

[ Source: bifrost  ]

Parallel konstruktion, indeksering og forespørgsel af de Bruijn-grafer

Bifrost er et kommandolinjeværktøj for sekventering, der har en bred vifte af funktioner, såsom indeksering, redigering og forespørgsel af grafen samt inkluderer en farvemetode for grafen, der oversætter hver k-mer for grafen til genomerne de fremgår af.

 * Bygge, indeksere, farvelægge og forespørge de kompakte de Bruijn-grafer
 * Intet behov for at bygge de udpakkede de Bruijn-grafer
 * Læsninger eller samlede genomer som inddata
 * Resultatgraf i GFA (kan visualiseres med Bandage), FASTA eller binært
 * Grafrensning: kort fif-klipning etc.
 * Flere tråde
 * Ingen parametre at estimere med andre værktøjer
 * Præcis eller tilnærmelsesvis k-mer-søgning for forespørgsler

Other Packages Related to bifrost

• dep: libbifrost0 (>= 1.3.1) [ia64]

  Bibliotek for parallel konstruktion, indeksering og forespørgsel af de Bruijn-grafer

  dep: libbifrost0 (>= 1.3.5) [not ia64]

• dep: libc6 (>= 2.38) [not alpha, ia64, loong64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.42) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not alpha, ia64, riscv64, sparc64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [sparc64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download bifrost

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.3.5-2	511.2 kB	1,369.0 kB	[list of files]
amd64	1.3.5-2	533.0 kB	1,310.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.5-2	504.5 kB	1,238.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.3.1-1	563.5 kB	1,966.0 kB	[list of files]
loong64	1.3.5-2	514.2 kB	1,237.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.3.5-2	545.9 kB	1,494.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.5-2	548.9 kB	1,430.0 kB	[list of files]
riscv64	1.3.5-2	533.8 kB	1,014.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.5-2	552.2 kB	1,382.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.3.5-2	501.6 kB	1,311.0 kB	[list of files]