Paket: proteinortho (6.3.1+dfsg-1 und andere)

[ Quellcode: proteinortho  ]

Detection of (Co-)orthologs in large-scale protein analysis

Proteinortho is a stand-alone tool that is geared towards large datasets and makes use of distributed computing techniques when run on multi-core hardware. It implements an extended version of the reciprocal best alignment heuristic. Proteinortho was applied to compute orthologous proteins in the complete set of all 717 eubacterial genomes available at NCBI at the beginning of 2009. Authors succeeded identifying thirty proteins present in 99% of all bacterial proteomes.

Andere Pakete mit Bezug zu proteinortho

• dep: diamond-aligner [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  accelerated BLAST compatible local sequence aligner

  dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~) [nicht alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: libblas3 [sparc64]

  Grundlegende Unterprogramme für Lineare Algebra, gemeinsame Bibliothek

  oder libblas.so.3

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.32) [m68k, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.7) [hppa, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.7) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC Support-Bibliothek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4) [sparc64]

  Paket nicht verfügbar

• dep: libgomp1 (>= 4.9) [nicht alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

  dep: libgomp1 (>= 6) [alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

• dep: liblapack3

  Bibliothek von Routinen für Lineare Algebra (3) - gemeinsame Version

• dep: libstdc++6 (>= 11) [hppa, m68k, sh4]

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [nicht alpha, hppa, m68k, sh4, sparc64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [alpha, sparc64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliothek zur Ermittlung der Aufrufkette eines Programms - Laufzeit

• dep: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• dep: perl [nicht sparc64]

  Larry Wall's Practical Extraction und Report Language

• dep: procps [nicht sparc64]

  Hilfswerkzeuge für das /proc-Dateisystem

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

proteinortho herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	6.0.31+dfsg-1	210,9 kB	832,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	6.3.1+dfsg-1	341,5 kB	1.177,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	6.3.1+dfsg-1	312,1 kB	1.181,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	6.0.31+dfsg-2	207,9 kB	780,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	6.3.1+dfsg-1	397,3 kB	1.577,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	6.0.31+dfsg-2	207,1 kB	771,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	6.3.1+dfsg-1	337,2 kB	1.245,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	6.3.1+dfsg-1	334,7 kB	1.245,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	6.3.1+dfsg-1	341,6 kB	1.033,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	6.3.1+dfsg-1	310,6 kB	1.125,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	6.0.31+dfsg-2	221,7 kB	764,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	6.0.8+dfsg-1	187,0 kB	834,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	6.3.1+dfsg-1	346,8 kB	1.162,0 kB	[Liste der Dateien]