Paket: kalign (1:3.4.0-1)

[ Quellcode: kalign  ]

Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

Das Befehlszeilenwerkzeug Kalign gleicht mehrere biologische Sequenzen ab. Für die Erhöhung von Präzision und Geschwindigkeit nutzt es den Muth-Manber-Algorithmus, der in großen Datenmengen sich wiederholende Muster ermittelt. Das Programm verwendet einen globalen, fortschreitenden Alignment-Ansatz, ergänzt durch den Einsatz eines annähernden Musterabgleich-Algorithmus zur Berechnung von Sequenzabständen und durch die Einbeziehung lokaler Übereinstimmungen in ein ansonsten globales Alignment.

Markierungen: Biologie: Clustal/ALN, Proteine, Feld: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implementiert in: implemented-in::c, interface::commandline, Rolle: Programm, Zweck: Hilfswerkzeug, Zweck: use::comparing, works-with-format::plaintext, Arbeitet mit: Benötige eine zusätzliche Markierung

Andere Pakete mit Bezug zu kalign

• dep: libc6 (>= 2.34) [nicht alpha, ia64, sh4]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Unterstützungsbibliothek für GCC OpenMP (GOMP)

• enh: bioperl-run

  BioPerl-Hüllen: Skripte

• enh: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

kalign herunterladen

Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
alpha (inoffizielle Portierung)	85,7 kB	408,0 kB	[Liste der Dateien]
amd64	134,4 kB	1.126,0 kB	[Liste der Dateien]
arm64	83,7 kB	406,0 kB	[Liste der Dateien]
armel	79,2 kB	304,0 kB	[Liste der Dateien]
armhf	76,9 kB	244,0 kB	[Liste der Dateien]
hppa (inoffizielle Portierung)	83,3 kB	323,0 kB	[Liste der Dateien]
i386	88,1 kB	340,0 kB	[Liste der Dateien]
ia64 (inoffizielle Portierung)	105,1 kB	557,0 kB	[Liste der Dateien]
m68k (inoffizielle Portierung)	80,4 kB	292,0 kB	[Liste der Dateien]
mips64el	82,0 kB	420,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64 (inoffizielle Portierung)	91,3 kB	470,0 kB	[Liste der Dateien]
ppc64el	99,4 kB	470,0 kB	[Liste der Dateien]
riscv64	88,3 kB	286,0 kB	[Liste der Dateien]
s390x	96,2 kB	370,0 kB	[Liste der Dateien]
sh4 (inoffizielle Portierung)	88,4 kB	277,0 kB	[Liste der Dateien]
sparc64 (inoffizielle Portierung)	75,2 kB	2.137,0 kB	[Liste der Dateien]
x32 (inoffizielle Portierung)	91,4 kB	328,0 kB	[Liste der Dateien]