Paket: python3-pairtools (0.3.0-3.2 und andere) [debports]

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Framework to process sequencing data from a Hi-C experiment

Simple and fast command-line framework to process sequencing data from a Hi-C experiment.

Process pair-end sequence alignments and perform the following operations:

  - Detect ligation junctions (a.k.a. Hi-C pairs) in aligned paired-end
    sequences of Hi-C DNA molecules
  - Sort .pairs files for downstream analyses
  - Detect, tag and remove PCR/optical duplicates
  - Generate extensive statistics of Hi-C datasets
  - Select Hi-C pairs given flexibly defined criteria
  - Restore .sam alignments from Hi-C pairs

Andere Pakete mit Bezug zu python3-pairtools

• dep: cython3

  C-Extensions for Python 3

• dep: libc6 (>= 2.3.4)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.12)

  dep: python3 (>= 3.10~)

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-nose

  Paket nicht verfügbar

• dep: python3-numpy (>= 1:1.20.0)

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-numpy-abi9

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch python3-numpy

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Download für alle verfügbaren Architekturen

Architektur	Version	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
hppa (inoffizielle Portierung)	0.3.0-3.2+b2	144,6 kB	640,0 kB	[Liste der Dateien]