Balík: concavity (0.1+dfsg.1-5 a iné)

[ Zdroj: concavity  ]

predictor of protein ligand binding sites from structure and conservation

ConCavity predicts protein ligand binding sites by combining evolutionary sequence conservation and 3D structure.

ConCavity takes as input a PDB format protein structure and optionally files that characterize the evolutionary sequence conservation of the chains in the structure file.

The following result files are produced by default:

 * Residue ligand binding predictions for each chain (*.scores).
 * Residue ligand binding predictions in a PDB format file (residue
   scores placed in the temp. factor field, *_residue.pdb).
 * Pocket prediction locations in a DX format file (*.dx).
 * PyMOL script to visualize the predictions (*.pml).

Ostatné balíky súvisiace s balíkom concavity

• dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf, hppa, ia64, m68k, sh4]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  podporná knižnica GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  podporná knižnica GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libunwind8 [ia64]

  nnižnica na určenie na určenie postupnosti volania programu - dynamické súbory

• sug: conservation-code

  protein sequence conservation scoring tool

• sug: pymol

  systém na vykresľovanie molekúl

Stiahnuť concavity

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
alpha (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	237.3 kB	1,051.0 kB	[zoznam súborov]
amd64	0.1+dfsg.1-5	238.5 kB	973.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	0.1+dfsg.1-5	224.0 kB	941.0 kB	[zoznam súborov]
armel	0.1+dfsg.1-5	224.9 kB	933.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	0.1+dfsg.1-5	222.9 kB	809.0 kB	[zoznam súborov]
hppa (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	236.6 kB	981.0 kB	[zoznam súborov]
i386	0.1+dfsg.1-5	252.5 kB	1,020.0 kB	[zoznam súborov]
ia64 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	266.8 kB	1,406.0 kB	[zoznam súborov]
m68k (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	235.2 kB	976.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	0.1+dfsg.1-5	252.7 kB	1,168.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	252.3 kB	1,194.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	0.1+dfsg.1-5	252.8 kB	1,130.0 kB	[zoznam súborov]
riscv64	0.1+dfsg.1-5+b1	242.3 kB	885.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	0.1+dfsg.1-5	224.1 kB	969.0 kB	[zoznam súborov]
sh4 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	273.7 kB	1,001.0 kB	[zoznam súborov]
sparc64 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	218.0 kB	971.0 kB	[zoznam súborov]
x32 (neoficiálny port)	0.1+dfsg.1-5	238.1 kB	948.0 kB	[zoznam súborov]