Paket: hisat2 (2.2.1-5~0exp)
Länkar för hisat2
Debianresurser:
Hämta källkodspaketet hisat2:
Ansvariga:
Externa resurser:
- Hemsida [daehwankimlab.github.io]
Liknande paket:
Experimentellt paket
Varning: Paketet är från den experimentella utgåvan. Det innebär att det med stor sannolikhet är instabilt eller innehåller fel, och kanske till och med kan orsaka dataförluster. Se till att läsa ändringsloggen och annan dokumentation innan du använder det.
graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).
Andra paket besläktade med hisat2
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64]
- GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb
-
- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
-
- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]
- GCC stödbibliotek
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]
-
- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC stödbibliotek
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC stödbibliotek
-
- dep: libstdc++6 (>= 11) [ej m68k, riscv64]
- GNU standardbibliotek v3 för C++
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k, riscv64]
-
- dep: libunwind8 [ia64]
- library to determine the call-chain of a program - runtime
-
- dep: perl
- Larry Wall's Practical Extraction and Report Language
-
- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
-
- rec: bcftools
- genomic variant calling and manipulation of VCF/BCF files
-
- rec: python3-hisat2
- Python scripts accompanying hisat2
-
- rec: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
Hämta hisat2
| Arkitektur | Paketstorlek | Installerad storlek | Filer |
|---|---|---|---|
| alpha (inofficiell anpassning) | 3.934,8 kbyte | 14.837,0 kbyte | [filförteckning] |
| amd64 | 3.572,3 kbyte | 14.153,0 kbyte | [filförteckning] |
| arm64 | 3.396,6 kbyte | 13.161,0 kbyte | [filförteckning] |
| armel | 3.367,2 kbyte | 13.247,0 kbyte | [filförteckning] |
| armhf | 3.316,2 kbyte | 11.697,0 kbyte | [filförteckning] |
| hppa (inofficiell anpassning) | 3.886,4 kbyte | 14.485,0 kbyte | [filförteckning] |
| i386 | 3.491,8 kbyte | 14.725,0 kbyte | [filförteckning] |
| ia64 (inofficiell anpassning) | 4.648,6 kbyte | 20.828,0 kbyte | [filförteckning] |
| m68k (inofficiell anpassning) | 3.452,9 kbyte | 14.587,0 kbyte | [filförteckning] |
| mips64el | 3.470,2 kbyte | 14.427,0 kbyte | [filförteckning] |
| ppc64 (inofficiell anpassning) | 3.515,1 kbyte | 14.249,0 kbyte | [filförteckning] |
| ppc64el | 3.594,6 kbyte | 14.057,0 kbyte | [filförteckning] |
| riscv64 | 3.775,5 kbyte | 12.695,0 kbyte | [filförteckning] |
| s390x | 3.193,2 kbyte | 13.675,0 kbyte | [filförteckning] |
| sparc64 (inofficiell anpassning) | 3.290,7 kbyte | 15.873,0 kbyte | [filförteckning] |