パッケージ: hisat2 (2.2.1-5~0exp)
hisat2 に関するリンク
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hisat2 ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [daehwankimlab.github.io]
類似のパッケージ:
試験的な (experimental の) パッケージ
警告: このパッケージは experimental ディストリビューションのものです。つまり、おそらく不安定でバグがあり、それどころかデータの損失を起こすかもしれません。使用前には、変更履歴やその他の参照可能なドキュメントを必ず調べてください。
graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
HISAT2 is a fast and sensitive alignment program for mapping next-generation sequencing reads (both DNA and RNA) to a population of human genomes (as well as against a single reference genome). Based on an extension of BWT for graphs a graph FM index (GFM) was designed and implementd. In addition to using one global GFM index that represents a population of human genomes, HISAT2 uses a large set of small GFM indexes that collectively cover the whole genome (each index representing a genomic region of 56 Kbp, with 55,000 indexes needed to cover the human population). These small indexes (called local indexes), combined with several alignment strategies, enable rapid and accurate alignment of sequencing reads. This new indexing scheme is called a Hierarchical Graph FM index (HGFM).
その他の hisat2 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.34) [alpha, ia64 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.36) [ia64]
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x]
- GCC 共有ライブラリ
- dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]
- dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]
- dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]
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- dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 11) [m68k, riscv64 以外]
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
- dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k, riscv64]
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- dep: libunwind8 [ia64]
- プログラムのコールチェーン測定ライブラリ - ランタイム版
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- dep: perl
- Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
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- rec: bcftools
- ゲノムの variant call と VCF/BCF ファイルの操作
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- rec: python3-hisat2
- Python scripts accompanying hisat2
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- rec: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
hisat2 のダウンロード
アーキテクチャ | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
---|---|---|---|
alpha (非公式の移植版) | 3,934.8 kB | 14,837.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 3,572.3 kB | 14,153.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 3,396.6 kB | 13,161.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 3,367.2 kB | 13,247.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 3,316.2 kB | 11,697.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 3,886.4 kB | 14,485.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 3,491.8 kB | 14,725.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 4,648.6 kB | 20,828.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 3,452.9 kB | 14,587.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 3,470.2 kB | 14,427.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 3,515.1 kB | 14,249.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 3,594.6 kB | 14,057.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 3,775.5 kB | 12,695.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 3,193.2 kB | 13,675.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 3,290.7 kB | 15,873.0 kB | [ファイル一覧] |