Balík: prime-phylo (1.0.11-9 a iné)

[ Zdroj: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom prime-phylo

• dep: libblas3

  referenčné implementácie základnej lineárnej algebry - zdieľaná knižnica

  alebo libblas.so.3

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libatlas3-base, libblas3, libblis3-openmp, libblis3-pthread, libblis3-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0)

  rozhranie jazyka C++ ku MPI (Message Passing Interface)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  knižnica na serializáciu pre C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, mipsel, s390x]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: liblapack3

  knižnica rutín lineárnej algebry, verzia 3 - zdieľaná knižnica

  alebo liblapack.so.3

  virtuálny balík poskytovaný balíkom libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3 (>= 4.0.5)

  knižnica na vyskokovýkonné odovzdávanie správ - zdieľaná knižnica

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  knižnica GNOME XML

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  program na kreslenie fylogenetických stromov

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Stiahnuť prime-phylo

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Verzia	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	1.0.11-9+b1	802.3 kB	3,138.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	1.0.11-9+b1	719.1 kB	2,938.0 kB	[zoznam súborov]
armel	1.0.11-9+b1	676.5 kB	2,527.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	1.0.11-9+b1	689.1 kB	2,007.0 kB	[zoznam súborov]
i386	1.0.11-9+b1	867.4 kB	3,131.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	1.0.11-9+b1	685.2 kB	3,519.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	1.0.11-9+b1	689.8 kB	3,245.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	1.0.11-9+b1	810.2 kB	3,882.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	1.0.11-9+b1	717.4 kB	3,170.0 kB	[zoznam súborov]