Balík: gmap (2021-02-22+ds-1)

[ Zdroj: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Značky: Pole: Biológia, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analyzovanie

Ostatné balíky súvisiace s balíkom gmap

• dep: libbz2-1.0

  kvalitná knižnica na komprimáciu súborov s triedením blokov - dynamická knižnica

• dep: libc6 (>= 2.29)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: perl

  Practical Extraction and Report Language od Larryho Walla

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť gmap

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	11,332.0 kB	86,543.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	6,976.6 kB	57,915.0 kB	[zoznam súborov]
armel	5,605.3 kB	43,621.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	5,756.4 kB	41,853.0 kB	[zoznam súborov]
i386	5,907.0 kB	43,773.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	5,324.5 kB	54,666.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	5,291.6 kB	45,235.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	7,219.0 kB	60,727.0 kB	[zoznam súborov]