Paketti: gmap (2021-02-22+ds-1)

[ Source: gmap  ]

spliced and SNP-tolerant alignment for mRNA and short reads

This package contains the programs GMAP and GSNAP as well as utilities to manage genome databases in GMAP/GSNAP format. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) is a tool for aligning EST, mRNA and cDNA sequences. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) is a tool for aligning single-end and paired-end transcriptome reads. Both tools can use a database of

 * known splice sites and identify novel splice sites.
 * known single-nucleotide polymorphisms (SNPs).

GSNAP can align bisulfite-treated DNA.

Tagit: Field: Biology, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Role: Program, Purpose: Analysing

Muut pakettiin gmap liittyvät paketit

• dep: libbz2-1.0

  high-quality block-sorting file compressor library - runtime

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU-C-kirjasto: jaetut kirjastot
  myös näennäispaketti, jonka toteuttaa libc6-udeb

• dep: perl

  Larry Wallin kieli tekstitiedostojen analysointia ja raportointia varten

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  pakkauskirjaston ajonaikaistiedostot

Imuroi gmap

Imurointi kaikille saataville arkkitehtuureille

Arkkitehtuuri	Paketin koko	Koko asennettuna	Tiedostot
amd64	11,332.0 kt	86,543.0 kt	[tiedostoluettelo]
arm64	6,976.6 kt	57,915.0 kt	[tiedostoluettelo]
armel	5,605.3 kt	43,621.0 kt	[tiedostoluettelo]
armhf	5,756.4 kt	41,853.0 kt	[tiedostoluettelo]
i386	5,907.0 kt	43,773.0 kt	[tiedostoluettelo]
mips64el	5,324.5 kt	54,666.0 kt	[tiedostoluettelo]
mipsel	5,291.6 kt	45,235.0 kt	[tiedostoluettelo]
ppc64el	7,219.0 kt	60,727.0 kt	[tiedostoluettelo]