Pakiet: gmap (2021-02-22+ds-1)

[ Pakiet źródłowy: gmap  ]

Dopasowanie splicingowe i tolerancyjne SNP dla mRNA i krótkich odczytów

Pakiet ten zawiera programy GMAP i GSNAP oraz narzędzia do zarządzania bazami danych genomów w formacie GMAP/GSNAP. GMAP (Genomic Mapping and Alignment Program) to narzędzie służące do dopasowywania sekwencji EST, mRNA i cDNA. GSNAP (Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program) to narzędzie do dopasowywania odczytów transkryptomu z pojedynczym i sparowanym końcem. Obydwa narzędzia mogą korzystać z bazy danych:

 * znanych miejsc splotów i zidentyfikować nowe tego typu miejsca.
 * znanych polimorfizmów pojedynczych nukleotydów (SNP).

GSNAP może wyrównać DNA poddanemu działaniu wodorosiarczynu.

Znaczniki: Dziedzina: Biologia, field::biology:bioinformatics, field::biology:structural, Rola: Program, Przeznaczenie: Analizowanie

Inne pakiety związane z gmap

• dep: libbz2-1.0

  Wysokiej jakości biblioteka kompresji plików - wersja uruchomieniowa

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: perl

  praktyczny język ekstrakcji i raportowania Larry'ego Walla

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Biblioteka kompresyjna - pliki wykonawcze

Pobieranie gmap

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	11 332,0 KiB	86 543,0 KiB	[lista plików]
arm64	6 976,6 KiB	57 915,0 KiB	[lista plików]
armel	5 605,3 KiB	43 621,0 KiB	[lista plików]
armhf	5 756,4 KiB	41 853,0 KiB	[lista plików]
i386	5 907,0 KiB	43 773,0 KiB	[lista plików]
mips64el	5 324,5 KiB	54 666,0 KiB	[lista plików]
mipsel	5 291,6 KiB	45 235,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	7 219,0 KiB	60 727,0 KiB	[lista plików]