Temas de Ordem Variável Interpolados para identificar DNA adquirido horizontalmente
Alien_hunter é uma aplicação para a predição de eventos putativos de
Transferência Horizontal de Genes (HGT -- Horizontal Gene Transfer)
com a implementação de Temas de Ordem Variável Interpolados
(IVOM -- Interpolated Variable Order Motifs). A abordagem IVOM explora
tendências composicionais usando distribuições de temas de ordem variável
e captura, mais confiavelmente quando comparado a métodos de ordem fixa,
a composição local de uma sequencia. Opcionalmente as predições podem ser
analisadas em um Modelo Markov Oculto (HMM - Hidden Markov Model) de
2-estados de 2a. ordem, usando uma infraestrutura de detecção de ponto de
mudança, para otimizar a localização dos limites das regiões de predição.
As predições (formato embl) podem ser automaticamente carregadas
no visualizador de genoma Artemis que está livremente disponível em:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
