Paket: alien-hunter (1.7-7)

[ Quellcode: alien-hunter  ]

Interpolated Variable Order Motifs zur Identifizierung horizontal erhaltener DNA

Die Anwendung alien_hunter sagt vermutlichen Horizontalen Gentransfer (HGT) mit der Implementierung der Interpolated Variable Order Motifs (IVOMs) voraus. Ein IVOM-Ansatz nutzt ergänzende Tendenzen mittels variablen Anordnungen von Sequenzmotiv-Verteilungen und entdeckt verlässlicher die lokale Zusammenstellung einer Sequenz verglichen mit Methoden mit fester Anordnung. Optional können Voraussagen überführt werden in ein Hidden Markov Model (HMM) zweiter Ordnung mit zwei Zuständen, um die Lokalisierung der Grenzen der vorausgesagten Regionen zu optimieren. Die Voraussagen (embl-Format) können automatisch in den Genombetrachter Artemis geladen werden. Er ist frei unter http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/ verfügbar.

Markierungen: Feld: Biologie, Strukturelle Biologie, Implementiert in: implemented-in::java, implemented-in::perl, Benutzer-Schnittstellen: Kommandozeile, Rolle: role::program, scope::utility, Zweck: Analyse

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