Pakiet: parsnp (2.0.5+dfsg-1)

[ Pakiet źródłowy: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Inne pakiety związane z parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [nie armel, armhf]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  Interaktywny, wysokopoziomowy i obiektowy język programowania (domyślna wersja Python 3)

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  Randomizowane maksymalne prawdopodobieństwo drzew filogenetycznych

• dep: time

  Program GNU time do pomiaru wykorzystania zasobów procesora

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Pobieranie parsnp

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	200,9 KiB	1 947,0 KiB	[lista plików]
arm64	191,2 KiB	1 947,0 KiB	[lista plików]
armel	187,0 KiB	1 906,0 KiB	[lista plików]
armhf	182,4 KiB	1 826,0 KiB	[lista plików]
i386	200,6 KiB	1 942,0 KiB	[lista plików]
mips64el	203,2 KiB	2 022,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	212,7 KiB	2 011,0 KiB	[lista plików]
s390x	184,6 KiB	1 947,0 KiB	[lista plików]