Paquet : parsnp (2.0.5+dfsg-1)

[ Paquet source : parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Autres paquets associés à parsnp

• dep: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• dep: harvest-tools

  archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• dep: time

  programme GNU time pour mesurer l'utilisation des ressources CPU

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Télécharger parsnp

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	200,9 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	191,2 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]
armel	187,0 ko	1 906,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	182,4 ko	1 826,0 ko	[liste des fichiers]
i386	200,6 ko	1 942,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	203,2 ko	2 022,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	212,7 ko	2 011,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	184,6 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]