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パッケージ: tree-puzzle (5.2-11)

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最尤法による系統樹の再構築

TREE-PUZZLE (PUZZLE の新たな名前) は対話式のコンソールプログラムで、巨大な データセットを解析して、個々の内分枝の支持の推定を自動的に割り当てる高速な ツリー検索アルゴリズム quartet puzzling を実装しています。TREE-PUZZLE はま た、ユーザが指定した系統樹に対して、その枝長だけでなく、ペアワイズ最尤距離 も計算します。枝長は分子時計の仮定の下でも計算することができます。さらに、 TREE-PUZZLE は、仮定した内分枝の支持をツリー全体を計算することなく調査し、 配列アライメントの系統学的な内容を視覚化する、尤度マッピングという新たな方 法を提供します。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::analysing, use::comparing, サポート形式: プレーンテキスト, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

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