Paket: tree-puzzle (5.3~rc16+dfsg-9 och andra)

[ Källkod: tree-puzzle  ]

Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood

TREE-PUZZLE (the new name for PUZZLE) is an interactive console program that implements a fast tree search algorithm, quartet puzzling, that allows analysis of large data sets and automatically assigns estimations of support to each internal branch. TREE-PUZZLE also computes pairwise maximum likelihood distances as well as branch lengths for user specified trees. Branch lengths can also be calculated under the clock-assumption. In addition, TREE-PUZZLE offers a novel method, likelihood mapping, to investigate the support of a hypothesized internal branch without computing an overall tree and to visualize the phylogenetic content of a sequence alignment.

Märken: Field: Biologi, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::analysing, use::comparing, Supports Format: Plain Text, Works with: Behöver ett märke till

Andra paket besläktade med tree-puzzle

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  Paketet inte tillgängligt

Hämta tree-puzzle

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Version	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	166,5 kbyte	493,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	5.3~rc16+dfsg-9+b1	165,3 kbyte	397,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	5.3~rc16+dfsg-9+b1	150,5 kbyte	428,0 kbyte	[filförteckning]
armel	5.3~rc16+dfsg-9+b1	160,0 kbyte	412,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	5.3~rc16+dfsg-9+b1	150,9 kbyte	304,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	158,1 kbyte	401,0 kbyte	[filförteckning]
i386	5.3~rc16+dfsg-9+b1	177,7 kbyte	484,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	214,9 kbyte	785,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	152,7 kbyte	420,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	5.3~rc16+dfsg-9+b1	164,8 kbyte	508,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	176,8 kbyte	493,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	5.3~rc16+dfsg-9+b1	175,0 kbyte	493,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	5.3~rc16+dfsg-9+b2	166,1 kbyte	345,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	5.3~rc16+dfsg-9+b1	175,4 kbyte	440,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	178,0 kbyte	365,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	152,5 kbyte	1.070,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	5.3~rc16+dfsg-9+b1	161,8 kbyte	376,0 kbyte	[filförteckning]